Basic Information
Symbol
ASPN
RNA class
mRNA
Alias
Asporin
SLRR1C
PLAP-1
Asporin (LRR Class 1)
Asporin Proteoglycan
FLJ20129
PLAP1
Periodontal Ligament Associated Protein 1
Periodontal Ligament-Associated Protein 1
Small Leucine-Rich Protein 1C
OS3
Location (GRCh38)
9:92456205-92492208
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_017680.6
Sequence length
2467.0 nt
GC content
0.3445
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-541.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-586.92 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
595.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUACUAACAUGGACUAAUCUGUGGGAGCAGUUUAUUCCAGUAUCACCC… | 2234 nt | 0.3433 | |
| AGUACUAACAUGGACUAAUCUGUGGGAGCAGUUUAUUCCAGUAUCACCC… | 2467 nt | 0.3445 |
Summary
This gene encodes a cartilage extracellular protein that is member of the small leucine-rich proteoglycan family. The encoded protein may regulate chondrogenesis by inhibiting transforming growth factor-beta 1-induced gene expression in cartilage. This protein also binds collagen and calcium and may induce collagen mineralization. Polymorphisms in the aspartic acid repeat region of this gene are associated with a susceptibility to osteoarthritis, and also with intervertebral disc disease. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Jul 2014]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the ASPN exhibited high expression in an "apoptotic fibroblast" cluster within radiation-induced skin injury, as identified via single-cell RNA sequencing [Yu et al. DOI:10.1186/s40164-025-00596-w]. In human heart tissue, a meta-analysis of microarray datasets found the ASPN was significantly up-regulated across multiple structural heart diseases, with a mean fold change of 3.1542, and was part of a 62-gene signature achieving approximately 95% classification accuracy for distinguishing diseased from control samples [Fajarda et al. DOI:10.1186/s13040-020-00217-8].