Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_017680.6
Sequence Length
2467 nt
GC Content
0.3445
AGUACUAACAUGGACUAAUCUGUGGGAGCAGUUUAUUCCAGUAUCACCCAGGGUGCAGCCACACCAGGACUGUGUUGAAGGGUGUUUUUUUUCUUUUAAAUGUAAUACCUCCUCAUCUUUUCUUCUUACACAGUGUCUGAGAACAUUUACAUUAUAGAUAAGUAGUACAUGGUGGAUAACUUCUACUUUUAGGAGGACUACUCUCUUCUGACAGUCCUAGACUGGUCUUCUACACUAAGACACCAUGAAGGAGUAUGUGCUCCUAUUAUUCCUGGCUUUGUGCUCUGCCAAACCCUUCUUUAGCCCUUCACACAUCGCACUGAAGAAUAUGAUGCUGAAGGAUAUGGAAGACACAGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAUGAGGACAACUCUCUUUUUCCAACAAGAGAGCCAAGAAGCCAUUUUUUUCCAUUUGAUCUGUUUCCAAUGUGUCCAUUUGGAUGUCAGUGCUAUUCACGAGUUGUACAUUGCUCAGAUUUAGGUUUGACCUCAGUCCCAACCAACAUUCCAUUUGAUACUCGAAUGCUUGAUCUUCAAAACAAUAAAAUUAAGGAAAUCAAAGAAAAUGAUUUUAAAGGACUCACUUCACUUUAUGGUCUGAUCCUGAACAACAACAAGCUAACGAAGAUUCACCCAAAAGCCUUUCUAACCACAAAGAAGUUGCGAAGGCUGUAUCUGUCCCACAAUCAACUAAGUGAAAUACCACUUAAUCUUCCCAAAUCAUUAGCAGAACUCAGAAUUCAUGAAAAUAAAGUUAAGAAAAUACAAAAGGACACAUUCAAAGGAAUGAAUGCUUUACACGUUUUGGAAAUGAGUGCAAACCCUCUUGAUAAUAAUGGGAUAGAGCCAGGGGCAUUUGAAGGGGUGACGGUGUUCCAUAUCAGAAUUGCAGAAGCAAAACUGACCUCAGUUCCUAAAGGCUUACCACCAACUUUAUUGGAGCUUCACUUAGAUUAUAAUAAAAUUUCAACAGUGGAACUUGAGGAUUUUAAACGAUACAAAGAACUACAAAGGCUGGGCCUAGGAAACAACAAAAUCACAGAUAUCGAAAAUGGGAGUCUUGCUAACAUACCACGUGUGAGAGAAAUACAUUUGGAAAACAAUAAACUAAAAAAAAUCCCUUCAGGAUUACCAGAGUUGAAAUACCUCCAGAUAAUCUUCCUUCAUUCUAAUUCAAUUGCAAGAGUGGGAGUAAAUGACUUCUGUCCAACAGUGCCAAAGAUGAAGAAAUCUUUAUACAGUGCAAUAAGUUUAUUCAACAACCCGGUGAAAUACUGGGAAAUGCAACCUGCAACAUUUCGUUGUGUUUUGAGCAGAAUGAGUGUUCAGCUUGGGAACUUUGGAAUGUAAUAAUUAGUAAUUGGUAAUGUCCAUUUAAUAUAAGAUUCAAAAAUCCCUACAUUUGGAAUACUUGAACUCUAUUAAUAAUGGUAGUAUUAUAUAUACAAGCAAAUAUCUAUUCUCAAGUGGUAAGUCCACUGACUUAUUUUAUGACAAGAAAUUUCAACGGAAUUUUGCCAAACUAUUGAUACAUAAGGGUUGAGAGAAACAAGCAUCUAUUGCAGUUUCUUUUUGCGUACAAAUGAUCUUACAUAAAUCUCAUGCUUGACCAUUCCUUUCUUCAUAACAAAAAAGUAAGAUAUUCGGUAUUUAACACUUUGUUAUCAAGCACAUUUUAAAAAGAACUGUACUGUAAAUGGAAUGCUUGACUUAGCAAAAUUUGUGCUCUUUCAUUUGCUGUUAGAAAAACAGAAUUAACAAAGACAGUAAUGUGAAGAGUGCAUUACACUAUUCUUAUUCUUUAGUAACUUGGGUAGUACUGUAAUAUUUUUAAUCAUCUUAAAGUAUGAUUUGAUAUAAUCUUAUUGAAAUUACCUUAUCAUGUCUUAGAGCCCGUCUUUAUGUUUAAAACUAAUUUCUUAAAAUAAAGCCUUCAGUAAAUGUUCAUUACCAACUUGAUAAAUGCUACUCAUAAGAGCUGGUUUGGGGCUAUAGCAUAUGCUUUUUUUUUUUUAAUUAUUACCUGAUUUAAAAAUCUCUGUAAAAACGUGUAGUGUUUCAUAAAAUCUGUAACUCGCAUUUUAAUGAUCCGCUAUUAUAAGCUUUUAAUAGCAUGAAAAUUGUUAGGCUAUAUAACAUUGCCACUUCAACUCUAAGGAAUAUUUUUGAGAUAUCCCUUUGGAAGACCUUGCUUGGAAGAGCCUGGACACUAACAAUUCUACACCAAAUUGUCUCUUCAAAUACGUAUGGACUGGAUAACUCUGAGAAACACAUCUAGUAUAACUGAAUAAGCAGAGCAUCAAAUUAAACAGACAGAAACCGAAAGCUCUAUAUAAAUGCUCAGAGUUCUUUAUGUAUUUCUUAUUGGCAUUCAACAUAUGUAAAAUCAGAAAACAGGGAAAUUUUCAUUAAAAAUAUUGGUUUGAAAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-541.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -586.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 595.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((..((((((....))))))..))...((((..(((((((((((...)))).((((....(((((((((((.((((((((((..(((......)))...))))))............))))..))))))).)))).((((((((((......((((((..((((.((.(((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((.(((((...)))))(((((.......)))))..)).))))))))).)).))))))....((((((((((((((((..(((((..(((((.((..((((((..(((((............))))).)))))).)).)))))...(..((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).))..).....(((((((........)))))))....(((((.((((..((((.(((((..........((((((((.((((((.(((((..(((.....((((........)))).....)))..))))).))(((((............(((((((...)))))))((((((...............))))))(((((((.......)))))))...)))))..(((.(((((((..(((((..((((..........(((((.((((((.........(((((((.((((.........)))).)))))))....................((((((......))))))))))))........))))).....))))...))).))..))))))).)))......)))).))))))))))))))))).)))))))))......)))))....)))))))..(((.............)))...)))))))))(((.((((((((((((.((.........((((..((((....))))..))))....(((((((((((............)))))..))))))......(((((((......((((((((..(((((((((((((((((...(((((.............((((...)))).(....)..............)))))...(((..(((...)))..))).(((.(((((.......))))).))).................)))))))..))))).)).)))..))))))))........))))))).)).)))))))..))))).))).)))))))))))..........)))))).))))))..(((((((..(((......((((((((..((((((..........(((((((...)))))))...........((((.(((((((((.((((((((((.......))))).(((((((((...((((.(((.....((.(((....((((((.(((((....(((.(((((((...(((........)))....))))).)))))....)))))...))))))...)))))....))))))))))))))))((((((((....)))))))).........)))))..))))))))).))))...((((..((...((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((((.....(((((.................(((((((...............(((((((...((.((((((...)))))).))..))))))))))))))))))))))))))))....))))).))))).))))))).))))))......(((((((((.(((((((((((....................)))))))).)))))))))))).........))))))))..))))))))))....)))))))).....)))..)))))))..((((.((((......)))).))))........))))))........(((...(.((((((.(((((..........)))))))))))).))).))))))))))....((((..........(((((((....))).))))))))))))..(((....))).....(((((.(((((.....))))).)))))(((((((......((((((.(..(((((((((.((.....)).))))).))))..)(((((((........))))))).....(((((((((((...........))).((((......((((.((((((...)))))).))))..)))).((..((((....))))..))....)))))))))))))).........(((.....((((((((...(((((..(..(((((((.((((..((.((..((((....(((((((...........................))))........))))))).)).))..)))).)))))))..)..))))).)))))))).....)))..)))))))..............)))))))..))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((..((((((....})))))..))...{(((..((((((({{{(,..||||.{{{{.,,,((({(((((((.((((((((((..,({......}))...))))))............})))..))))))).}))).((((((((((..,,,.,,,,,|,,{{{{.{(,(((({{{{{|||||{{{((((((.(((((((.((((((.(((((...)))))(((((.......)))))..)).))))))))).)).))))))....((((((((((((((((..(((((,.(((((.((..((((((..(((({............))))).)))))).)).)))))...,..((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).))..|,....(((((((........)))))))....(((({,((((..((((.(((((..........((((((((.((((((.(((({..(((.,,..((((........)))).},..)))..})))).))(((((............(((((((...)))))))((((((..,............})))))(((((((.......)))))))...)))))..(((.(((((((..(((((,.((((..........(((({.((((((.........(((((((.((((.........)))).))))))).....{{,...,,.......((((((......))))))))))))........))))).,...))))...))).))..))))))).)))......)))).))))))))))))))))).)))))))))....}.)))))....))))))}..(((.............)))...))))))))){{{.{(((((((((((.((....,,...((((..((((....))))..)))),,,,(((((({{{((,...........}}}}}..))))))......{(((({{......{{{{{{{{..{|||||{{||||(((((...,{,,..............((((.,,||||,{{............,...|,|,||,...{{(.,{{({{,|||..|||.{,,.||||{.,.,,..,,}||{|||,........,,,,....}}}||||..}}})),)).}}}.,)))}}}}}...,,,,,))}}))).)}.))))})}..}}}}}.})),))))))))))).....,....))))}}.}}}}}}..(((((((.,({{|,,,,.((((((((..{{{({{..........(((((((...)))))))...,{({..,|||{({(((((((({{(((,{{{|||,||}|||}))))}|{|||{{{{,,,{{{,{(((,.,,,,{{((,.,((((({,,,(({{({{,{{..{({(((((..,({(,.......))},,..))))),)})}}}}..}}}}},.{|||,,...}))).,....||,|||,}}}|||}}}((((((((....)))))))}...,},..,}},}},,},,.)))}}.))))}}}}}|}}}|,}||||{{{|({{(((({...((((((((((((((((((((((((({.......{{(......,........,,{((((({..............,(((((({...((.((((((...)))))).}}..)))))))))))))},,,,,}))))))))....)))))}})))),,)))))).,,}}}}......(((((((((((((((((((((....................)))))))).)))))))))))).....,,,,}}}}},}},})))))}}))),,,.)))))))),,},}}}}..}}}}})}..{|{||{{({,{|{{.,,||.}}}}}}...},.}}})))}}}}}}}}|,|}}}|,|||{{{,|||{{..........})))}))}}}}}}}}},))))))))))....{{{,..,.......((({(((....))).)))),})))))}..(((....))).....,((((,(((({.....}))}).))))}(((((((......((((((,(..(((((((((.((.....}).))))),})))..}(((((((........))))))).....{{(((((((((...........)))...,,...(((((((.((((({...}))))).))))}))).}.((..((((....))))..))....)))))))}}}}}}}....,||..{{{.....((((((((...(((((..(..(((((((.((((..((.,,..((({...,(((((((.,,....................,,..))))}.......,)))))).}}.))..)))).)))))))..)..))))).)))))))).....}}}..)))))))..............)))))))..)))}......
Back