Basic Information

Symbol
ATG13
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 13 KIAA0652 Autophagy-Related Protein 13 ATG13 Autophagy Related 13 Homolog (S. Cerevisiae) ATG13 Autophagy Related 13 Homolog PARATARG8
Location (GRCh38)
11:46617251-46674818
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001346311.2
Sequence length
4246.0 nt
GC content
0.5278

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1557.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1633.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 919.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....((((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((.((((....((((((((.(((((((.....)))).((((((((......((.((((((..((((((((.(..((((((((((.((((((((.(.....).)))))))))))))).(((((.((.(((((..((((((((.((((..(((.(((.......))).)))....((((.....))))...(((((((((((((((.(((.((..((((...(((((.((((((......))).))).)).))).......((((.((......)).))))((((....)))).))))..)).))).).))))))))....)))))).....)))).)))).))))...((((..((....)).)))).....))))).)).)))))..............((((((((((((..(..((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..))))..)..))))...........))))))))(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((.((((((.............(((((((((.(((((..........))))).))))..........((((....((((......))))...))))....(((((.(.....).)))))...((((((((..(((((((..(......)..)))).)))...((((....))))(((.((((.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.((((((((((((((....((((((((((....((((.....))))((((..(((((.....((((((((((..............))))))))))......(((((............))))).....(((((((((.((((.......((((((((....))))).))).))))...)))).(((.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).)))........((((.....)))))))))(((.(((.....))).)))...........)))))..))))(((((((.(((........))).))))))).............((((((.(((..((((.((....)))))).))).))))))..)))))))))).......(((.((((((((..(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...(((((((.((((((((....))))))))..)))..))))...........))))))))......(((((.(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..)))))))..((((((...((.(((((((.((((((........(((((.(((((......)).)))..(((((.......)))))...)))))(((((((.........)))))))(((((((...))).)))))))))).)))....))))))..))))))(((((..(((((..((((....))))........((......)).(((((((..((((((((........((((((((((((((((........)))..))))))))).))))...((((.....))))........((.((((...........))))))...))))))))..)))))))......)))))..)))))...((((((.......((((.(((.((..((((......))))..)).))).))))......)))))))))))))).)))..))).)))))))))))....)))))).......(((.....((((((.(........).)))))).....)))...(((((.((.(.((((.......)))).))).))))).))))))))))((....))(((.......))))))).)))...))))))))..)))))..((.((((((((((.(.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..)))))))).)))).)))).))))).))))))))))))))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..).))))))))..))))..)...))))))))))))))))(((.(((((((((...)))).................(((((((((....)).)))))))))))).)))..)))))))).(((((...)))))))).))))))))...(((((.......))))).)))).)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)).))).))))))))))..((((..(((.(((((.........(((((.((((...(((((((((((((((((..(((((.....((((..........................)))).......)))))))))))).))))...(((((((((((.........))).))).))..)))((((..........(((((.........((.((((((((......))).))))))))))))))))((((((.(((((((((....))))....)))))))).))).........))))))............((((((((.(((((((((.((((((...(.((((.....((((((((...(.((((((...((((((...(((..((((((....))))))..))).....))))))(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.................)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((((((((..(((((......)))))..))).))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((((.((((((....))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((((.........)))))).(((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..((((.((((......)))).(((((((..((((..((((.....((((((((((((..........(((((((((.....((((..(((.(((.....((.((((........((((((((.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))).)))))))))))).))(((((.((((..(((((..((((((.....)).....))))..)))))))))))))).....))).)))..))))....)))))))))..((((((.((((....))))))))))((((((.((.....)).))))))((((((....((.(((((..........))))).))..)))))).)))).))))))))((((((((((((((((.((((.(((((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...))))))))..........).))))))).).)))))))...))))..))))))).))))...........))))))))....))..))))).)))..))).))).)))).....)))))))........((((((.(((((......(((((((.......))))))).((((..(..((......))..)..))))...(((((((((....((((((.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))).)))..))).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).)...))))))))..)))).).)))))..).))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))........((((((.(((((..(((((.((((........)))))))..))..))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({{,,,..{(((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((,(((({,.{((((((((.(.((({.....(((.((((((((((......||.((((((..((((((((.(..(({(((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))|(((((.((.(((((..((((((((.((((..,((,{{(.,,..,,||}.|||,.{.({{{.,|,|))}}..,(((((((((((((({.(((.((..((((...(((,({(({(((......)}).)}),)).))).......((((.((......)).)))){{{|,...}}}).))))..)).))).}.))))))))....)))))).....}))).)))}.})))...{{||..|{....}}.}},}||,..))))}.)).)))))..............{(((((((((((..{,.((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((({.............})))))).))))))..)))}.....)))))))..)))).,}..))))...........)))))))}(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((,(((({(.,,,..{,,{{{|{,{{({{{{,{{{{{,,,.,{,,.,|||||{|||||...,,...,,,.,..,.{{,,...,,.})))..)))))..,}||{{{||.....,.}}))),,,{(((((((.,((({{{,..{,,,...,.,|||},|,,..,|{||....)}}}(((.((({.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.((((((((((((((....((((((((({..,{((((.....}}}|((((..(((((.....((((((((((.,............))))))))))......{{{((.,....,||,..}}))).....,((((((,{{(((,......}||}(((((....))))}.,,..||||,..|}}}.,,{.((((.(((((..({{.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).|||...,,,..{(((.....))))}}},||({.({(,|...))).)))}..........)))))..))))|((((((.(((........))).)))))).....,........((((((.(((..((((.((....)))))).))).)))))),,)))))))))).......(((.(((((((({.(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...((((,{{.((((((((....))))))))..}},..))))...........))))))))......((((,,(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..)))))))...{{{,..,|||.,...,,,|,.||},..{{{{|||((((((.,.,{({{{....},)}}(((((.,.....)))))..{{{...(((((((.........)))))))..))).,(((((.((((((..({......{((((({{{..,,|}}......)))))}...(((((..(((((..(((..,((,,,....,,{{{|||...,,((({{{{,....,,|||||(((((((((((,......,))),.,)))))))}.},,..,,|||,..}.}))),)))..)))))..))))).}}..)))))))))))}.)))))))))})))).......{{{{(({,,...)))))|(((((.......((((.(({.((..((((......))))..)).})).))))......)))))))))))))).)))..))),}))))))))))....))))))......,(((.....((((((.(........).)))))).....))),..(((((.((.(.((((.......)))),})).))))).)))))))))){{....))|||,,.....))})))).))),..)))))))}..,,,,,,,{{.((((((((((.,.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..))))))))},))).,))).))))).)))))))))))}))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..)}))))))))..))))..)...))))))))))))))}|(((.(((((((((...))))....,.....,......(((((((({....}).)))))))))))).))),.)))))))}.(((({...}))))....})))))..}.}))))))))))))}))))}),,,.)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..))}))).)))))))))).{((({..(((.(((((..{..{...(((({{((((...((((((((((({(((((({(((((.....((((..........................))))....}}}))))))))))))},}}}||,({{{,,,{(((.{.......)))}.,,.,}||))),(((,.......,.((((,........{((.((((((((......))).))))))))))))}}}}((((((.(((((((((....))))....}))))))).))).........}))))}.,,}........((((((((.(((((((((.((((((...(,((({..{{.{{((((((...{.((((((...((((((.,.(((..((((((....,}})))..))).....)))))}(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.,.........,...}.)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((..{,(((((((....)))))))}..))))).(((((((((((..(((((......)))))..)))}))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((({,((((((....))))))))))))))).)}{((((((.....))))))}(((((({,......,)))))).{((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..,,{(.((({.....,||||.(((((((,,((((,,((({....,(({(((((((((..........,{{||||||,,...((((..(((.(((....,((.((((........((((((({.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))),)))))))))))).)}(((((.((((,.{((((..((((((.....})..,..))))..)))))))))))))).....))).)))..)))),,,.}}})))))}..((((((.((((....))))))))))|(((((.((,...,)).)))))}((((((....((.(((((..........))))).))..))))))..}}),)))}))))}|||(((((((|((((.((((.(({((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...)))))))},........,)}))))))).,.}},)))),}.))}}..))))))).})))....,,,.,,.))))))))....))..))))).)))..))).))),,))}.....)))))))........(({,,({(({((,,,,,.(((((((.......))))))).(((({{(.{((...}}})),.,..)))).,,{((((((((....{(((({.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))),)))}.})).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).,...))))))))..)))),..))))}.,).))))))))).))))))))))))))))).,},..,..)))}}}}}...{{({,(((((((,.(({{(.((((........))))}})..)).,)))))))}})}....,,,,,........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142673.3 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4145 nt 0.5276
NM_001205119.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4188 nt 0.5277
NM_001205120.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4089 nt 0.5275
NM_001205121.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4029 nt 0.5254
NM_001205122.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 3896 nt 0.5298
NM_001346311.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4246 nt 0.5278
NM_001346312.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4304 nt 0.5258
NM_001346313.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4295 nt 0.5264
NM_001346314.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4360 nt 0.5259
NM_001346315.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4458 nt 0.5267
Showing 1 to 10 of 51 entries
Summary

The protein encoded by this gene is an autophagy factor and a target of the TOR kinase signaling pathway. The encoded protein is essential for autophagosome formation and mitophagy. [provided by RefSeq, Oct 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the ATG13 in microglia, indicating its involvement in autophagy pathway disruption associated with methamphetamine-induced neurotoxicity [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].