Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346312.2
Sequence Length
4304 nt
GC Content
0.5258
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGGGAAGCGACCGGCUGCUGGGCUUAAGGCGGGAGUGACCGCUUAACCAGUGAGGGAAGCACUGAAGAGCGCCAGUCGACGUGGGUGCGACAACUCGCGGAGUCUUAGGAGCAAAACGUCUGGGGCCUGCGAGCCAGGACCCUUCUGAAGCCUUAGGUGUCUAUCGGCGACGUGUACGGUCACUGCAGCUCCGGAGCGCGGAACCCUCAGCCAGGAGGCGCGGCUGGUCGGUCCCAGGUCCCGGCCUCCGUAAUGAGAGCCCGGAACCACUCUUUGUGCCGCAGCUUCGCAGGUGAGGGUGACUGUUGACUAGUGAAAAAAGGGACCCAUGGUUCACGACUGUCUUCUUACUGGCAGUGGAACGACCUGUGGAAACCUGUGAUCCAUUCUCAUUAAAUAAAUCUCUGGAUUCCUAUAGGCAAUGGAAACUGAUCUCAAUUCCCAGGACAGAAAGGACCUGGACAAGUUUAUUAAAUUUUUUGCCCUCAAGACUGUCCAAGUGAUUGUCCAGGCUCGGCUUGGUGAAAAGAUUUGCACUCGUUCAUCAUCUUCUCCAACGGGUUCAGAUUGGUUCAACUUAGCAAUCAAAGACAUCCCAGAGGUUACACAUGAAGCAAAGAAGGCACUGGCAGGACAGCUGCCUGCAGUCGGGAGGUCCAUGUGUGUGGAGAUUUCACUUAAGACUUCUGAGGGAGAUUCCAUGGAGCUGGAAAUAUGGUGUCUUGAAAUGAAUGAAAAGUGUGAUAAAGAAAUCAAAGUUUCCUACACGGUGUACAACAGACUGUCAUUGCUGCUGAAGUCCCUUCUUGCUAUAACUAGGGUGACACCAGCCUAUAGGCUCUCCAGGAAACAAGGGCAUGAAUAUGUCAUAUUAUACAGGAUAUAUUUUGGAGAAGUUCAGCUGAGUGGCUUAGGAGAAGGCUUCCAGACAGUUCGUGUUGGGACAGUGGGCACCCCUGUGGGCACCAUCACUCUUUCUUGUGCUUACAGAAUUAACUUGGCAUUCAUGUCUACCAGGCAAUUUGAGAGGACCCCACCUAUCAUGGGGAUUAUUAUUGAUCACUUUGUGGACCGUCCCUAUCCCAGCUCCUCUCCCAUGCACCCCUGCAAUUACAGAACUGCUGGUGAGGACACUGGAGUAAUAUACCCGUCUGUAGAAGACUCUCAAGAAGUGUGUACCACCUCUUUUUCCACCUCCCCACCAUCCCAGUGUGUGUUUACUGUCACAAAGGCACAUUUUCAGACCCCUACUCCUGUGGUGACGGACACCCUGAGGGUCCCCAUGGCAGGACUGGCCUUUUCCCAUCAACUCUCAAGCUCUCGCCUUUCCUAUCAGCCUGCUGCCCUGGGCGUUGGAUCAGCUGACCUGGCUUAUCCAGUAGUGUUUGCUGCUGGCUUAAAUGCUACACACCCUCACCAGCUGAUGGUUCCUGGGAAGGAAGGUGGGGUACCCCUUGCUCCCAACCAGCCUGUCCAUGGUACCCAGGCUGACCAGGAGAGACUGGCAACCUGCACCCCUUCUGACAGAACCCACUGUGCUGCCACACCCUCCAGUAGUGAGGAUACUGAAACCGUAUCAAACAGCAGUGAGGGACGGGCCUCCCCUCACGAUGUCUUGGAGACCAUCUUUGUCCGAAAAGUGGGGGCUUUUGUCAACAAACCCAUUAACCAGGUGACCCUGACGAGUUUGGAUAUACCCUUUGCCAUGUUUGCUCCCAAGAAUUUGGAGCUGGAGGAUACCGAUCCAAUGGUGAAUCCUCCAGAUUCCCCAGAGACUGAAUCUCCUCUCCAGGGCAGCCUGCACUCAGAUGGCUCCAGCGGGGGCAGCAGUGGCAAUACCCAUGAUGACUUUGUUAUGAUAGACUUUAAACCAGCUUUUUCUAAAGAUGACAUUCUUCCGAUGGACCUGGGGACCUUCUAUCGGGAGUUUCAGAACCCACCUCAGCUGAGCAGCCUCUCCAUAGAUAUUGGAGCACAGUCCAUGGCUGAAGACUUGGACUCAUUACCAGAGAAGCUGGCUGUGCAUGAGAAGAAUGUCCGCGAGUUUGAUGCCUUUGUGGAAACCCUGCAGUAAAAGUAUCCUUGAGUCCCAGCAGCACCCCCUUUUUGUGGCCCCAGGGCAUAAGCAGCCUCCCAUGCAUCAGCUGCUCCCACCCCUCAUCCUGCUCUGAGCCAGGUGGAAGGGAGGCUGGCUUCUCCCAUGGGGACCCAGAAGUCCCUACUCUUGGACCUCCUGGAGACUCCGUGGCGGCAGUCAAGCCCAGUGCCCAGUUGGAGAAGACUCACGUGCUGGCCUUGGAGAUGGGAAGAACCUUCGUACGAAAAAGCCCUCAGCAGGGCCAUCUGUGUGCCCUGCCCAUCACCAACUGCUUCCCAAGGGUGUCAUCCUGUUCCUCCUGCUGCCGGCCUCCUGCCUGGGCCUGCCUUGCAGCUGGCCCCUUCCCUGCCUGCUGUCACCAUCCACUGUUUGACAUUCCAGCUGGUGGCCAAGAGAUUGGUGUGGAGGCAGAAAGAGGAAGGAGACAGUGCCAGGAGGAAGAAGGAAGGAGUCCCUUAGCUCUCUUCAUUGUCCCCUUUACUUCCUGCUAUCUUCUUCUCCUCUUCUUCUCUCUCUUGCCUCUAUGCCUGUAUUUCUGGCAAUAUGACAGGCCUGCCUACCCAAGAUCAGAACUCCAAAACCACUCCCACCCCUGAAGGUCGGGAGGGUCUGAGCAGCCCUGGUGGCUGCCUGUGCUCAGGUCCUCAGCUCCAUGGGAAAUAAAAAUGGCACCCUGAAUCUCUAGGAUUUUGUCACUUGGAGUCACAGCAAAGUUCUCUUCCUCUUGUCCCCCCGUUGCUGCUCCUUGGUUAUAGAACAUGGUAAAUAUUUAUUACUUUCAGAGAAACCAGAUAUUUUAUAGAGGAAAUAUGUUUGAGGUGAGUUGUUUUUCACUUGGAGAAGGCGGAGGGCUCUUCCUGGGACGGAGACCUCCUCCUCCGGAGGUUAUUGAGAAUCCGGGCUGCUGCUUUGAGGAUCUUCCCACCAUACAGACAGCGAGAUCCAAGAAGAGGGCUGGCCGGGGGCAAAGUCACCUCCCAGUGUGGCUGCACUGGAACUGACUAAAGGCUUUACCUUGGAUAGUUGCGUAUUCCUGGUGAGAGCCUUACAUCUCCCACAGUUUCUGCAGAGUGACUGACUCCAUUCUGGCAGCCCAGGAAGUCCUGGGUGCUAAAUGUGAUGGCCACAUGUAGUGGUUAGGGGAUGUUGUGUGUGUCCCCCAACUGCCUGGGUACUUGUUCCUGAUCCCUGGGGCUGUCCUGUGGAGCUUUUCCUCCUGCUUGGGCCUAGCUACCAUCUCCCUCUAAUCCCAGGUUCUCUACACUGCCCUGGGGUUUACCAGCUGGAUUGGCUUCUGGUUGAGAAAUCAAAGCUGGGCGUAUGAUUGACUUAACCCUUCAGGUAUUGUUACUUGAAUAAGUCAAGUGCCUAGCCUCACCCACCUAUGAUCUGUCCUUUCCCAGCCUCGCUGGUAGUCCUGGUCAAGGAGAUCUAGGUCUACUCCAUUCCUCCUGGCCCACCUGGGGCAUUCACUGGCAGCAGCUGUGCUUCAGUGGAGCAGGUGGUUCUCAGCUGCUUGUUAGUAUACUGCAUGUGACACUGUUCCCACAUACAAGGCUGACUUCUGAGGAUUGGAGCAGGCUCUGGCGGGGACCAGAGCUCUGCGUGCUGCUGCUGCCACCAAGAAGUGUUAGCAGAAGCAGUAGCAGCCAACUGGCCCUCCUGACUUUGGCCCAGAGCACAUGCGUGGCUUGCUGAACCCAGGCUCAGGUUUAUCCCCAAGGCCCCAGCUUUGAGAAGGGGGAAGGCCCCUGGUAAGUUAUUGAUGCCCCCAUAUUUCAGCUACUGCUCUCUUUCCAAGGCCUUGCAUGGAAAGGCCUAGCCAUUGUCUGAGGCAGCAAUCUUUGGCAUCUACAGGUGGCAGCAGCCUUUCACCAGGGCUCCAUCUGUGAAGAGUCUCAGCCAUGACUUUGAGCUGAGCUUGGGAGAAGUAAAGCAACUGUUAAGGCCAGCCCUUGCCCCUCAGACCUGCCAUGAAAGGAAUGAGCCCUAGACUGACUCCUGCAGCACCCCCGGGACAGGCUGGGACCAGCUGUUUGUCUCCAGGUGUCAGAGUCCCUCCUCCUCCUCCAACCUCUCCAACCUACUUUGUUUGGAAAUACCGAGCUACACUUCAAAAUGUAUUCAAGGGAUUUCCAAUAAAUUUUUUUCUGUACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1579.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1655.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 931.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....((((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((.((((....((((((((.(((((((.....)))).((((((((......((.((((((..((((((((.(..((((((((((.((((((((.(.....).)))))))))))))).(((((.((.(((((..(((.(((....)))..)))...((..(((((((((.((.((.((((((((((....((((....((((((.(((((((......))))...)))))))))....))))..........(((.....))))))).)))))).)).))..)))))))))..))............(((((...))))).(.((((((........)))))).).....((((.((((...((.((((..(((.((((...((((((....))))....))...)))))))...)))).)).)))))))).))))).)).)))))..............((((((((((((..(..((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..))))..)..))))...........))))))))(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((.((((((.............(((((((((.(((((..........))))).))))..........((((....((((......))))...))))....(((((.(.....).)))))...((((((((..(((((((..(......)..)))).)))...((((....))))(((.((((.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.((((((((((((((....((((((((((....((((.....))))((((..(((((.....((((((((((..............))))))))))......(((((............))))).....(((((((((.((((.......((((((((....))))).))).))))...)))).(((.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).)))........((((.....)))))))))(((.(((.....))).)))...........)))))..))))(((((((.(((........))).))))))).............((((((.(((..((((.((....)))))).))).))))))..)))))))))).......(((.((((((((..(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...(((((((.((((((((....))))))))..)))..))))...........))))))))......(((((.(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..)))))))..((((((...((.(((((((.((((((........(((((.(((((......)).)))..(((((.......)))))...)))))(((((((.........)))))))(((((((...))).)))))))))).)))....))))))..))))))(((((..(((((..((((....))))........((......)).(((((((..((((((((........((((((((((((((((........)))..))))))))).))))...((((.....))))........((.((((...........))))))...))))))))..)))))))......)))))..)))))...((((((.......((((.(((.((..((((......))))..)).))).))))......)))))))))))))).)))..))).)))))))))))....)))))).......(((.....((((((.(........).)))))).....)))...(((((.((.(.((((.......)))).))).))))).))))))))))((....))(((.......))))))).)))...))))))))..)))))..((.((((((((((.(.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..)))))))).)))).)))).))))).))))))))))))))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..).))))))))..))))..)...))))))))))))))))(((.(((((((((...)))).................(((((((((....)).)))))))))))).)))..)))))))).(((((...)))))))).))))))))...(((((.......))))).)))).)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)).))).)))))))))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.(((((((..((((((((((((......)))).)))........))))).))))))).)).))...))))))....)))))).)).)))))))))))).(((((......)))))..((((..((((.........(((((.........((.((((((((......))).))))))))))))....((((((.(((((((((....))))....)))))))).)))..........)))).))))))))))).((((((((.(((((((((.((((((...(.((((.....((((((((...(.((((((...((((((...(((..((((((....))))))..))).....))))))(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.................)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((((((((..(((((......)))))..))).))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((((.((((((....))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((((.........)))))).(((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..((((.((((......)))).(((((((..((((..((((.....((((((((((((..........(((((((((.....((((..(((.(((.....((.((((........((((((((.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))).)))))))))))).))(((((.((((..(((((..((((((.....)).....))))..)))))))))))))).....))).)))..))))....)))))))))..((((((.((((....))))))))))((((((.((.....)).))))))((((((....((.(((((..........))))).))..)))))).)))).))))))))((((((((((((((((.((((.(((((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...))))))))..........).))))))).).)))))))...))))..))))))).))))...........))))))))....))..))))).)))..))).))).)))).....)))))))........((((((.(((((......(((((((.......))))))).((((..(..((......))..)..))))...(((((((((....((((((.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))).)))..))).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).)...))))))))..)))).).)))))..).))))))))).)))))))).............................((((((.(((((..(((((.((((........)))))))..))..))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,{,{{..{(((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((,(((({,.{((((((((.(.((({.....(((.((((((((((......|{.((((((..((((((((.(..((((((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))|(((((.((.(((((..((((((((.(((({..{{,.,,{{..(((((({(({({{((.{{,|||||||.{((((((.{,.{((((({(((((((......)))|{{,||{|||||,....,))).),}.)).,}}{{.....}}))))).))))),.,),))}})))))))))..}).,|||,....{((...((({(({(,.(.((((((........)))))).)...))}),))))...))},.{{,...,,.,}}},.......,,..})))).)))).))))..,(({{..{{....)}.))})}}...))))).)).)))))..............{(((((((((((..(,.((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..)))).,,..))))...........)))))))}(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((,(((({(.,,,..{,,{{{|{,{{({{{{,{{{{{,,,.,{,,.,|||||{|||||...,,...,,,.,..,.{{,,...,,.})))..)))))..,}||{{{||.....,.}}))),,,{(((((((.,((({{{,..{,,,...,.,|||},|,,..,|{||....)}}}(((.((({.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.((((((((((((((....((((((((({..,{((((.....}}}|((((..(((((.....((((((((((.,............))))))))))......{{{((.,....,||,..}}))).....,((((((,{{(((,......}||}(((((....))))}.,,..||||,..|}}}.,,{.((((.(((((..({{.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).|||...,,,..{(((.....))))}}},||({.({(,|...))).)))}..........)))))..))))|((((((.(((........))).)))))).....,........((((((.(((..((((.((....)))))).))).)))))),,)))))))))).......(((.(((((((({.(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...((((,{{.((((((((....))))))))..}},..))))...........))))))))......((((,,(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..)))))))...{{{,..,|||.,...,,,|,.||},..{{{{|||((((((.,.,{({{{....},)}}(((((.,.....)))))..{{{...(((((((.........)))))))..))).,(((((.((((((..({......{((((({{{..,,|}}......)))))}...(((((..(((((..(((..,((,,,....,,{{{|||...,,((({{{{,....,,|||||(((((((((((,......,))),.,)))))))}.},,..,,|||,..}.}))),)))..)))))..))))).}}..)))))))))))}.)))))))))})))).......{{{{(({,,...)))))|(((((.......((((.(({.((..((((......))))..)).})).))))......)))))))))))))).)))..))),}))))))))))....))))))......,(((.....((((((.(........).)))))).....))),..(((((.((.(.((((.......)))),})).))))).)))))))))){{....))|||,,.....))})))).))),..)))))))}..,,,,,,,{{.((((((((((.,.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..))))))))},))).,))).))))).)))))))))))}))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..)}))))))))..))))..)...))))))))))))))}|(((.(((((((((...))))....,............(((((((({....}).)))))))))))).))),.)))))))).(((((...)))))....,)))))..}.}))))))))))))}))))}),,,.)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)),))).)))))))))).(((((((((((((((((((((,((((((((((((.{(,(.{((((((,{((((((((((((......)))).))),.......,}))}.))))))),)}.,,,}}))))))}}),))}},,.)},})))))))}|||,{,,,,...}}},..,..,{(((,.((((.......,.{(((,........{((.((((((((......))).))))))))}))),,.,((((((.(((((((((....)))),...}))))))).)))..........)))).)))),,}}}},.((((((((.(((((((((.((((((...(,((({..{{.{{((((((...{.((((((...((((((.,.(((..((((((....,}})))..))).....)))))}(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.,.........,...}.)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((..{,(((((((....)))))))}..))))).(((((((((((..(((((......)))))..)))}))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((({,((((((....))))))))))))))).)}{((((((.....))))))}(((((({,......,)))))).{((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..,,{(.((({.....,||||.(((((((,,((((,,((({....,(({(((((((((..........,{{||||||,,...((((..(((.(((....,((.((((........((((((({.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))),)))))))))))).)}(((((.((((,.{((((..((((((.....})..,..))))..)))))))))))))).....))).)))..)))),,,.}}})))))}..((((((.((((....))))))))))|(((((.((,...,)).)))))}((((((....((.(((((..........))))).))..))))))..}}),)))}))))}|||(((((((|((((.((((.(({((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...)))))))},........,)}))))))).,.}},)))),}.))}}..))))))).})))....,,,.,,.))))))))....))..))))).)))..))).))),,))}.....)))))))........(({,,({(({((,,,,,.(((((((.......))))))).(((({{(.{((...}}})),.,..)))).,,{((((((((....{(((({.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))),)))}.})).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).,...))))))))..)))),..))))}.,).))))))))).))))))))...........,,,,.,,,,.........,(({,(((((((,.(({{(.((((........))))}})..)).,)))))))}})}.................
Back