Basic Information

Symbol
ATG13
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 13 KIAA0652 Autophagy-Related Protein 13 ATG13 Autophagy Related 13 Homolog (S. Cerevisiae) ATG13 Autophagy Related 13 Homolog PARATARG8
Location (GRCh38)
11:46617251-46674818
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001346311.2
Sequence length
4246.0 nt
GC content
0.5278

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1557.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1633.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 919.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001346326.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4206 nt 0.5276
NM_001346327.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4140 nt 0.5261
NM_001346328.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4321 nt 0.5265
NM_001346329.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4313 nt 0.5263
NM_001346330.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4196 nt 0.5262
NM_001346331.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4262 nt 0.5277
NM_001346332.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4429 nt 0.5272
NM_001346333.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4332 nt 0.5265
NM_001346334.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4118 nt 0.5277
NM_001346335.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4062 nt 0.5276
Showing 21 to 30 of 51 entries
Summary

The protein encoded by this gene is an autophagy factor and a target of the TOR kinase signaling pathway. The encoded protein is essential for autophagosome formation and mitophagy. [provided by RefSeq, Oct 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the ATG13 in microglia, indicating its involvement in autophagy pathway disruption associated with methamphetamine-induced neurotoxicity [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].