Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346329.2
Sequence Length
4313 nt
GC Content
0.5263
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGGGAAGCGACCGGCUGCUGGGCUUAAGGCGGGAGUGACCGCUUAACCAGUGAGGGAAGCACUGAAGAGCGCCAGUCGACGUGGGUGCGACAACUCGCGGAGUCUUAGGAGCAAAACGUCUGGGGCCUGCGAGCCAGGACCCUUCUGAAGCCUUAGGUGUCUAUCGGCGACGUGUACGGUCACUGCAGCUCCGGAGCGCGGAACCCUCAGCCAGGAGGCGCGGCUGGUCGGUCCCAGGUCCCGGCCUCCGUAAUGAGAGCCCGGAACCACUCUUUGUGCCGCAGCUUCGCAGUGGAACGACCUGUGGAAACCUGUGAUCCAUUCUCAUUAAAUAAAUCUCUGGGGUUUUGCUUUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGACAUGAUCACAGCUCACUGCAGCCAUACCUCCUGGGUUCGAGUGAUCUUCCCACAUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUAUAGCAUCUUGGACUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGAUUCCUAUAGGCAAUGGAAACUGAUCUCAAUUCCCAGGACAGAAAGGACCUGGACAAGUUUAUUAAAUUUUUUGCCCUCAAGACUGUCCAAGUGAUUGUCCAGGCUCGGCUUGGUGAAAAGAUUUGCACUCGUUCAUCAUCUUCUCCAACGGGUUCAGAUUGGUUCAACUUAGCAAUCAAAGACAUCCCAGAGGUUACACAUGAAGCAAAGAAGGCACUGGCAGGACAGCUGCCUGCAGUCGGGAGGUCCAUGUGUGUGGAGAUUUCACUUAAGACUUCUGAGGGAGAUUCCAUGGAGCUGGAAAUAUGGUGUCUUGAAAUGAAUGAAAAGUGUGAUAAAGAAAUCAAAGUUUCCUACACGGUGUACAACAGACUGUCAUUGCUGCUGAAGUCCCUUCUUGCUAUAACUAGGGUGACACCAGCCUAUAGGCUCUCCAGGAAACAAGGGCAUGAAUAUGUCAUAUUAUACAGGAUAUAUUUUGGAGAAGUUCAGCUGAGUGGCUUAGGAGAAGGCUUCCAGACAGUUCGUGUUGGGACAGUGGGCACCCCUGUGGGCACCAUCACUCUUUCUUGUGCUUACAGAAUUAACUUGGCAUUCAUGUCUACCAGGCAAUUUGAGAGGACCCCACCUAUCAUGGGGAUUAUUAUUGAUCACUUUGUGGACCGUCCCUAUCCCAGCUCCUCUCCCAUGCACCCCUGCAAUUACAGAACUGCUGGUGAGGACACUGGAGUAAUAUACCCGUCUGUAGAAGACUCUCAAGAAGUGUGUACCACCUCUUUUUCCACCUCCCCACCAUCCCAGCUCUCAAGCUCUCGCCUUUCCUAUCAGCCUGCUGCCCUGGGCGUUGGAUCAGCUGACCUGGCUUAUCCAGUAGUGUUUGCUGCUGGCUUAAAUGCUACACACCCUCACCAGCUGAUGGUUCCUGGGAAGGAAGGUGGGGUACCCCUUGCUCCCAACCAGCCUGUCCAUGGUACCCAGGCUGACCAGGAGAGACUGGCAACCUGCACCCCUUCUGACAGAACCCACUGUGCUGCCACACCCUCCAGUAGUGAGGAUACUGAAACCGUAUCAAACAGCAGUGAGGGACGGGCCUCCCCUCACGAUGUCUUGGAGACCAUCUUUGUCCGAAAAGUGGGGGCUUUUGUCAACAAACCCAUUAACCAGGUGACCCUGACGAGUUUGGAUAUACCCUUUGCCAUGUUUGCUCCCAAGAAUUUGGAGCUGGAGGAUACCGAUCCAAUGGUGAAUCCUCCAGAUUCCCCAGAGACUGAAUCUCCUCUCCAGGGCAGCCUGCACUCAGAUGGCUCCAGCGGGGGCAGCAGUGGCAAUACCCAUGAUGACUUUGUUAUGAUAGACUUUAAACCAGCUUUUUCUAAAGAUGACAUUCUUCCGAUGGACCUGGGGACCUUCUAUCGGGAGUUUCAGAACCCACCUCAGCUGAGCAGCCUCUCCAUAGAUAUUGGAGCACAGUCCAUGGCUGAAGACUUGGACUCAUUACCAGAGAAGCUGGCUGUGCAUGAGAAGAAUGUCCGCGAGUUUGAUGCCUUUGUGGAAACCCUGCAGUAAAAGUAUCCUUGAGUCCCAGCAGCACCCCCUUUUUGUGGCCCCAGGGCAUAAGCAGCCUCCCAUGCAUCAGCUGCUCCCACCCCUCAUCCUGCUCUGAGCCAGGUGGAAGGGAGGCUGGCUUCUCCCAUGGGGACCCAGAAGUCCCUACUCUUGGACCUCCUGGAGACUCCGUGGCGGCAGUCAAGCCCAGUGCCCAGUUGGAGAAGACUCACGUGCUGGCCUUGGAGAUGGGAAGAACCUUCGUACGAAAAAGCCCUCAGCAGGGCCAUCUGUGUGCCCUGCCCAUCACCAACUGCUUCCCAAGGGUGUCAUCCUGUUCCUCCUGCUGCCGGCCUCCUGCCUGGGCCUGCCUUGCAGCUGGCCCCUUCCCUGCCUGCUGUCACCAUCCACUGUUUGACAUUCCAGCUGGUGGCCAAGAGAUUGGUGUGGAGGCAGAAAGAGGAAGGAGACAGUGCCAGGAGGAAGAAGGAAGGAGUCCCUUAGCUCUCUUCAUUGUCCCCUUUACUUCCUGCUAUCUUCUUCUCCUCUUCUUCUCUCUCUUGCCUCUAUGCCUGUAUUUCUGGCAAUAUGACAGGCCUGCCUACCCAAGAUCAGAACUCCAAAACCACUCCCACCCCUGAAGGUCGGGAGGGUCUGAGCAGCCCUGGUGGCUGCCUGUGCUCAGGUCCUCAGCUCCAUGGGAAAUAAAAAUGGCACCCUGAAUCUCUAGGAUUUUGUCACUUGGAGUCACAGCAAAGUUCUCUUCCUCUUGUCCCCCCGUUGCUGCUCCUUGGUUAUAGAACAUGGUAAAUAUUUAUUACUUUCAGAGAAACCAGAUAUUUUAUAGAGGAAAUAUGUUUGAGGUGAGUUGUUUUUCACUUGGAGAAGGCGGAGGGCUCUUCCUGGGACGGAGACCUCCUCCUCCGGAGGUUAUUGAGAAUCCGGGCUGCUGCUUUGAGGAUCUUCCCACCAUACAGACAGCGAGAUCCAAGAAGAGGGCUGGCCGGGGGCAAAGUCACCUCCCAGUGUGGCUGCACUGGAACUGACUAAAGGCUUUACCUUGGAUAGUUGCGUAUUCCUGGUGAGAGCCUUACAUCUCCCACAGUUUCUGCAGAGUGACUGACUCCAUUCUGGCAGCCCAGGAAGUCCUGGGUGCUAAAUGUGAUGGCCACAUGUAGUGGUUAGGGGAUGUUGUGUGUGUCCCCCAACUGCCUGGGUACUUGUUCCUGAUCCCUGGGGCUGUCCUGUGGAGCUUUUCCUCCUGCUUGGGCCUAGCUACCAUCUCCCUCUAAUCCCAGGUUCUCUACACUGCCCUGGGGUUUACCAGCUGGAUUGGCUUCUGGUUGAGAAAUCAAAGCUGGGCGUAUGAUUGACUUAACCCUUCAGGUAUUGUUACUUGAAUAAGUCAAGUGCCUAGCCUCACCCACCUAUGAUCUGUCCUUUCCCAGCCUCGCUGGUAGUCCUGGUCAAGGAGAUCUAGGUCUACUCCAUUCCUCCUGGCCCACCUGGGGCAUUCACUGGCAGCAGCUGUGCUUCAGUGGAGCAGGUGGUUCUCAGCUGCUUGUUAGUAUACUGCAUGUGACACUGUUCCCACAUACAAGGCUGACUUCUGAGGAUUGGAGCAGGCUCUGGCGGGGACCAGAGCUCUGCGUGCUGCUGCUGCCACCAAGAAGUGUUAGCAGAAGCAGUAGCAGCCAACUGGCCCUCCUGACUUUGGCCCAGAGCACAUGCGUGGCUUGCUGAACCCAGGCUCAGGUUUAUCCCCAAGGCCCCAGCUUUGAGAAGGGGGAAGGCCCCUGGUAAGUUAUUGAUGCCCCCAUAUUUCAGCUACUGCUCUCUUUCCAAGGCCUUGCAUGGAAAGGCCUAGCCAUUGUCUGAGGCAGCAAUCUUUGGCAUCUACAGGUGGCAGCAGCCUUUCACCAGGGCUCCAUCUGUGAAGAGUCUCAGCCAUGACUUUGAGCUGAGCUUGGGAGAAGUAAAGCAACUGUUAAGGCCAGCCCUUGCCCCUCAGACCUGCCAUGAAAGGAAUGAGCCCUAGACUGACUCCUGCAGCACCCCCGGGACAGGCUGGGACCAGCUGUUUGUCUCCAGGUGUCAGAGUCCCUCCUCCUCCUCCAACCUCUCCAACCUACUUUGUUUGGAAAUACCGAGCUACACUUCAAAAUGUAUUCAAGGGAUUUCCAAUAAAUUUUUUUCUGUACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1588.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1660.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 936.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....((((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((.((((...(((((((((.(.((((.....(((.((((((.((.((....)).))..((((((....)).))))..(((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))).((((((((((..(((((....((((......(((....(((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((.(((...((((((.(((((((......))))...))))))))).(((((((((...(((..(((.....))).(((((.(((((((.(......))))))))...))))).))).))))))))).........))))))))))))..((((((((.(((((.(((((..(((.....)))..))..))).)))))...((((..(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((((.........((.((((....))))))....(((((((...((((...((((...(((((...(((.((((..........)))).))).)))))))))(((((.(......).)))))...............(((((((((((..(..((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..))))..)..))))...........)))))))))))...))))))))))))))......)))))))))..))))).).)))))..))))))..)))))..))))(((((.(((((..........))))).))))).........((((....((((......))))...)))).....(((((.(((......))))))))..((.((((...))))..))........))))))))..((((....))))((((((((.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((((...(((((((((((..(((((.....((((((((((..............))))))))))......(((((............))))).....(((((((((.((((.......((((((((....))))).))).))))...)))).(((.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).)))........((((.....)))))))))(((.(((.....))).)))...........)))))..)))))))......((....))(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...(((((((.((((((((....))))))))..)))..))))...........))))))))......(((((.(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..)))))))..((((((...((.(((((((.((((((........(((((.(((((......)).)))..(((((.......)))))...)))))(((((((.........)))))))(((((((...))).)))))))))).)))....))))))..))))))..............((((....)))))))))))))))........(((((((..((((((((........((((((((((((((((........)))..))))))))).))))...((((.....))))........((.((((...........))))))...))))))))..)))))))....((((((......))))))..............)))))))))).))).(((....(((((((((((...((...)).)))))))))))..)))....))).)))))))))))....)))))).......(((.....((((((.(........).)))))).....)))...(((((.((.(.((((.......)))).))).))))).))))))))))((.....((((.(...(((....)))....)...)))).....)).(((((.((((((((((.(.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..)))))))).)))).)))).))))).)))))))((((........)))).)))))))).))))).))).)))))((((.(((((((..((((......))))...))))))).)))).....((......)).))))))).....)))....(((((((((....)).)))))))....))))....)))))..))))).....))))))))))))))..).)))))))))))))......)))).)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)).))).)))))))))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.(((((((..((((((((((((......)))).)))........))))).))))))).)).))...))))))....)))))).)).)))))))))))).(((((......)))))..((((..((((.........(((((.........((.((((((((......))).))))))))))))....((((((.(((((((((....))))....)))))))).)))..........)))).))))))))))).((((((((.(((((((((.((((((...(.((((.....((((((((...(.((((((...((((((...(((..((((((....))))))..))).....))))))(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.................)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((((((((..(((((......)))))..))).))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((((.((((((....))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((((.........)))))).(((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..((((.((((......)))).(((((((..((((..((((.....((((((((((((..........(((((((((.....((((..(((.(((.....((.((((........((((((((.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))).)))))))))))).))(((((.((((..(((((..((((((.....)).....))))..)))))))))))))).....))).)))..))))....)))))))))..((((((.((((....))))))))))((((((.((.....)).))))))((((((....((.(((((..........))))).))..)))))).)))).))))))))((((((((((((((((.((((.(((((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...))))))))..........).))))))).).)))))))...))))..))))))).))))...........))))))))....))..))))).)))..))).))).)))).....)))))))........((((((.(((((......(((((((.......))))))).((((..(..((......))..)..))))...(((((((((....((((((.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))).)))..))).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).)...))))))))..)))).).)))))..).))))))))).)))))))).............................((((((.(((((..(((((.((((........)))))))..))..))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,{,{{..{(((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((,(((({,.(((((((((.(.((({.....(((.((((((((({,,....||.((((((,.((((((((.{..({{(((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))|(((((.((.(((((..((({((((.({{{...((({{.(((...(((((((..(((((.((((.(((((((((.(((...((((((.(((((((......))))...))))))))).(((((((((...(((..(((.....))).(((((.(((((((.(......))))))))...))))).))).))))))))).........))))))))))))...........(((((.(((({..(({.....}}},,},.}))).)))))....)))).)))))..))))))).,..})}.}}.}}}.,{{(((,.{((({{,...,,,|,.||||},,,}},|||,,,{{{{{({{((((....))))).,)},||||...|||}|,||}}.,}}}...||||.,||.,,,)}.,}}}}},,.))))}.)).))))).,............{(((((((((((..{,.((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((({.............})))))).))))))..)))}.....)))))))..)))).,}..))))...........)))))))}(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((,(((({(.{,,..{,,,{{|{,{{({{{{,{{({{..,.,{,,.,|||||{|||}|...,,...,,,....,.{{,,...,,.})))..)))))..,}||{{|||.....,.}}))),,,((((((((.,((({{{,..{,,....,.,|||},|,}..,|{{{....)))}(((.((({.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.(((((((((((((((((.(((((((((({{{{(({,,,({({(((((((..(((((.....((((((((((.,............))))))))))......{{{((.,....,}|,..}}))).....{((((((,{{(((,......}||}(((((....))))}.|,..||||,..|}}}.{{{.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).||}...,,,..{(((...,.))})}))}||{{,({(||...})),)))}..........)))))..))))))).....,(({,..|}(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...((((,{{.((((((((....))))))))..}},..))))...........))))))))......((((,,(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..)))))))..(((((,...((.({{{(((.((((({...,,,,,{((((,|,,...{,,|.,,.)}),}(((((.......)))))...||,,,(((((((.........))))))){{{{{{(...})}||})}}})))).))}..,,))))))..}})))}..............((((....))))}}))))))))}........(((((((,.{(((((((.......,((((((((((((((((,......,))),.,)))))))).}}}}...((({..,..}}}},}}},,,}|{.{{|(,,......,..)))))).,.)))))))),,))))))}....(((((({.....))))))...,..........)))))))))).))).{((....(((((((((((...((...)).)))))))))))..))}....))),}))))))))))....))))))......,(((.....((((((.(........).)))))).....))),..(((((.((.(.((((.......)))),})).))))).))))))))))({....))|||.......))})))).))),..))))))))..,,,,,,,{{.((((((((((.,.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..))))))))},))).,))).))))).)))))))))))}))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..)})}))))))..))))..)...))))))))))))))}|{((.(((((((((...)))),,..,.....,,.....(((((((({....}).)))))))))))).))},.}))))))}.{((({...}))))...,})))))..}.)))))))))))))}))))}),,,.)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)),))).)))))))))).(((((((((((((((((((((,((((((((((((.{(,(.{((((((,{((((((((((((......)))).))),.......,}))}.))))))),)}.,,,}}))))))}}),))}},,.)},})))))))}|||,{,,,,...}}},..,..,{(((,.((((.......,.{(((,........{((.((((((((......))).))))))))}))),,.,((((((.(((((((((....)))),...}))))))).)))..........)))).)))),,}}}},.((((((((.(((((((((.((((((...(,((({..{{.{{((((((...{.((((((...((((((.,.(((..((((((....,}})))..))).....)))))}(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.,.........,...}.)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((..{,(((((((....)))))))}..))))).(((((((((((..(((((......)))))..)))}))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((({,((((((....))))))))))))))).)}{((((((.....))))))}(((((({,......,)))))).{((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..,,{(.((({.....,||||.(((((((,,((((,,((({....,(({(((((((((..........,{{||||||,,...((((..(((.(((....,((.((((........((((((({.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))),)))))))))))).)}(((((.((((,.{((((..((((((.....})..,..))))..)))))))))))))).....))).)))..)))),,,.}}})))))}..((((((.((((....))))))))))|(((((.((,...,)).)))))}((((((....((.(((((..........))))).))..))))))..}}),)))}))))}|||(((((((|((((.((((.(({((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...)))))))},........,)}))))))).,.}},)))),}.))}}..))))))).})))....,,,.,,.))))))))....))..))))).)))..))).))),,))}.....)))))))........(({,,({(({((,,,,,.(((((((.......))))))).(((({{(.{((...}}})),.,..)))).,,{((((((((....{(((({.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))),)))}.})).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).,...))))))))..)))),..))))}.,).))))))))).))))))))...........,,,,.,,,,.........,(({,(((((((,.(({{(.((((........))))}})..)).,)))))))}})}.................
Back