Basic Information

Symbol
ATG5
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 5 ASP HAPG5 APG5L APG5 Apoptosis-Specific Protein Autophagy Protein 5 ATG5 Autophagy Related 5 Homolog (S. Cerevisiae) APG5 (Autophagy 5, S. Cerevisiae)-Like APG5 Autophagy 5-Like (S. Cerevisiae) ATG5 Autophagy Related 5 Homolog APG5 Autophagy 5-Like APG5-LIKE APG5-Like SCAR25
Location (GRCh38)
6:106045423-106326477
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004849.4
Sequence length
3185.0 nt
GC content
0.3846

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-815.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -878.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001286106.2 NCBI
GAGUAGUUGCCUGGAGGAGCGCCCGCCCGGCCGCGAUGGCGGGUGAAGG… 3112 nt 0.3782
NM_001286107.2 NCBI
AGCGUUGCCGGUUGUAUUCGCUGGAUACCAGAGGGCGGAAGUGCAGCAG… 3057 nt 0.3853
NM_001286108.2 NCBI
AGCGUUGCCGGUUGUAUUCGCUGGAUACCAGAGGGCGGAAGUGCAGCAG… 3181 nt 0.3845
NM_001286111.2 NCBI
AGCGUUGCCGGUUGUAUUCGCUGGAUACCAGAGGGCGGAAGUGCAGCAG… 2815 nt 0.3879
NM_004849.4 NCBI
AGCGUUGCCGGUUGUAUUCGCUGGAUACCAGAGGGCGGAAGUGCAGCAG… 3185 nt 0.3846
Summary

The protein encoded by this gene, in combination with autophagy protein 12, functions as an E1-like activating enzyme in a ubiquitin-like conjugating system. The encoded protein is involved in several cellular processes, including autophagic vesicle formation, mitochondrial quality control after oxidative damage, negative regulation of the innate antiviral immune response, lymphocyte development and proliferation, MHC II antigen presentation, adipocyte differentiation, and apoptosis. Several transcript variants encoding different protein isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that methamphetamine increased the expression of the ATG5 in astrocytes, which is an autophagy-related protein [Huang et al. DOI:10.1080/15548627.2017.1356975].