Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004849.4
Sequence Length
3185 nt
GC Content
0.3846
AGCGUUGCCGGUUGUAUUCGCUGGAUACCAGAGGGCGGAAGUGCAGCAGGGUUCAGCUCCGACCUCCGCGCCGGUGCUUUUUGCGGCUGCGCGGGCUUCCUGGAGUCCUGCUACCGCGUCCCCGCAGGACAGUGUGUCAGGCGGGCAGCUUGCCCCGCCGCCCCACCGGAGCGCGGAAUCUGGGCGUCCCCACCAGUGCGGGGAGCCGGAAGGAGGAGCCAUAGCUUGGAGUAGGUUUGGCUUUGGUUGAAAUAAGAAUUUAGCCUGUAUGUACUGCUUUAACUCCUGGAAGAAUGACAGAUGACAAAGAUGUGCUUCGAGAUGUGUGGUUUGGACGAAUUCCAACUUGUUUCACGCUAUAUCAGGAUGAGAUAACUGAAAGGGAAGCAGAACCAUACUAUUUGCUUUUGCCAAGAGUAAGUUAUUUGACGUUGGUAACUGACAAAGUGAAAAAGCACUUUCAGAAGGUUAUGAGACAAGAAGACAUUAGUGAGAUAUGGUUUGAAUAUGAAGGCACACCACUGAAAUGGCAUUAUCCAAUUGGUUUGCUAUUUGAUCUUCUUGCAUCAAGUUCAGCUCUUCCUUGGAACAUCACAGUACAUUUUAAGAGUUUUCCAGAAAAAGACCUUCUGCACUGUCCAUCUAAGGAUGCAAUUGAAGCUCAUUUUAUGUCAUGUAUGAAAGAAGCUGAUGCUUUAAAACAUAAAAGUCAAGUAAUCAAUGAAAUGCAGAAAAAAGAUCACAAGCAACUCUGGAUGGGAUUGCAAAAUGACAGAUUUGACCAGUUUUGGGCCAUCAAUCGGAAACUCAUGGAAUAUCCUGCAGAAGAAAAUGGAUUUCGUUAUAUCCCCUUUAGAAUAUAUCAGACAACGACUGAAAGACCUUUCAUUCAGAAGCUGUUUCGUCCUGUGGCUGCAGAUGGACAGUUGCACACACUAGGAGAUCUCCUCAAAGAAGUUUGUCCUUCUGCUAUUGAUCCUGAAGAUGGGGAAAAAAAGAAUCAAGUGAUGAUUCAUGGAAUUGAGCCAAUGUUGGAAACACCUCUGCAGUGGCUGAGUGAACAUCUGAGCUACCCGGAUAAUUUUCUUCAUAUUAGUAUCAUCCCACAGCCAACAGAUUGAAGGAUCAACUAUUUGCCUGAACAGAAUCAUCCUUAAAUGGGAUUUAUCAGAGCAUGUCACCCUUUUGCUUCAAUCAGGUUUGGUGGAGGCAACCUGACCAGAAACACUUCGCUGCUGCAAGCCAGACAGGAAAAAGAUUCCAUGUCAGAUAAGGCAACUGGGCUGGUCUUACUUUGCAUCACCUCUGCUUUCCUCCACUGCCAUCAUUAAACCUCAGCUGUGACAUGAAAGACUUACCGGACCACUGAAGGUCUUCUGUAAAAUAUAAUGAAGCUGAAACCUUUGGCCUAAGAAGAAAAUGGAAGUAUGUGCCACUCGAUUUGUAUUUCUGAUUAACAAAUAAACAGGGGUAUUUCCUAAGGUGACCAUGGUUGAACUUUAGCUCAUGAAAGUGGAAACAUUGGUUUAAUUUUCAAGAGAAUUAAGAAAGUAAAAGAGAAAUUCUGUUAUCAAUAACUUGCAAGUAAUUUUUUGUAAAAGAUUGAAUUACAGUAAACCCAUCUUUCCUUAACGAAAAUUUCCUAUGUUUACAGUCUGUCUAUUGGUAUGCAAUCUUGUAACUUUGAUAAUGAACAGUGAGAGAUUUUUAAAUAAAGCCUCUAAAUAUGUUUUGUCAUUUAAUAACAUACAGUUUUGUCACUUUUCAAGUACUUUCUGACUCACAUACAGUAGAUCACUUUUUACUCUGUGUUACCAUUUUGACUGGUCGUCAUUGGCAUGGGGUGGAUAUAGGGCAUAGGAUUACUUGUCUCAGAAGCUGUCAUAGAAUUUCUUGCUGCCAAUUAAAAAACCUGUGUUCUUUACACACUACACGUAUAAAUAUUGUAACUGUUCAUCUUUGUUGUUUUAUCACUGUAAGCCUGUCAAAUCAUAGUAUCCUAAGCAUCUGUAAAUGCUAAUUUUGCAUUUUUGGAAAAACCCAUUCCUUCCAAGCUAGUGUUUUUCAUUGGCUCCAGGUCUAAUUUUUCACUGUGGUCCCUGGCAGCCAGUCUUUUGAAGUUUAAAGAUUACCUGUCUCUUGACUGCAGUACCUUUUCUUUAAUUUUUACCAAAAAUAUCCAGAGGUUACUGGAGUUCUUAUUCAAUAUAAGGAAAGUUUGCUGCACUUUAUUACCAAGCCUCUGGGAUUUUACCAGUCAAACAUAUUUGUGCAUUACAUUUCAUUUCUUGUGAGCUAGCUGGCUGUCCAUAUUGAAUGUUGACCCAUUUGAGUACGCUAAAAGGCUUACAGUAUCAGACACGAUCAUGGUUUUAGAUCCCAUAAUAAAAAUGAAUGUUUUUCUUAUAAAAAAUUAUACAAAUGCUGAAGUGAGAUUCUACUAUUGUUCAUUGCUUCCUUUUCUUUUUCCUUUUGCGAUUUUCACUGAUUAAUAGCACAUUUCUUCACAAAAUUAGAUAAAGUUGGUCAAAGACCAGAUAUUCUGGAAUGGAAAUUGUAAAGCUUAAUCAAAAAGAAUAGCCAGUACAGCAUACAAUCUCAGAAACUUAGAAGCAAGUAGAAAAUAAUUGGUUGAUGUAAACGAAAGUGCCAUUUUAGUAAAGGCAGGAAAAAAAUAGCAAUAUUUGAGUUAUGUAAGGAUAAAAAAUCCACUGACUUGUAUUUUUGCACAAGAGGCUGGUCUGAAUAUGAUUGUUCACAUUAAGAGUGUUUAUUCGUCGGUUCAUUUUGGGGAUUUUCCCCCUUGAUGUUUUGACAGAUUGAAGUGAGCUUUAGUGAGCAAAAGGAUCAGAAUGCAGGGAACACUAAGCUGUGAUGAAGAAAGUGUGGUAAAAAGCCAGAGUAGUUUUAUACAGACAAAACCAGUGUCAGGCCUUUGCAGUAGGCUUGAGUGAACUUCUGAUCUAGAUUUGAAAGUAAAUUUUAUGAAGACAUUGCCCAUUUUUACUUCCUCAUUCAUUAUUGUACCAGCAUCAUAGCUUUAUUACUCUAAUCCCAGGUAAGUCAAGCCUACAAUGCCCUAGAGGAAGAGUAAAACCAGAAAUUCAUGCUGGCUUAAAUAAUCUAUUUUUGUUUCUUUUCAUUUGAAUAUUUAAAUUUUAUGGUUUAUUAAAAAAUUAAAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-815.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -878.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.(((((.(((((((((...)))).(((((((..((.(((...)))))..)))).)))((((((.(.(((.....))).).)))))).(((((.((((((((.((.(((..((((((((((((.........((((((((...)).))))))((((..(((.....))).....)))))))).......))))))))..))).)).)))(((....)))((((((((.....((...(((((((.......))))))).)).....))))))))))))).))))).....(((((.(((..((......))......))).)))))..)))))..))))).))...))))).((((.......))))..((((((((((((((((.((.......)).))))))((((((((.(((((((((.(((((((.((((..(((((......))))))))).......(((..((((((((((((((((.(...((((((........)))).)))))))))(((((((....((....))..))))))))).))))))))..))).(((..((((((((((((..(((((((((..........(((.((((.............((((((((((((((....)))((.((((((((((((((((.(((...((((...(((((....)))))....))))...((((.((((((......((.((((..................)))).))..))))))....))))......((((((((((..(((((.............))))....((((((.....(((((((.((((((((((((................(((((.(..(((((.((....)).)))))..).))))).(((....)))...(((((((((((((((......((((....))))...(((((......)))))((((.((((((..(((((((.........((((((.....))))))..((((((((((((((((((((((.(((((((..((((((.((.......)).)))))).......(((((((((...((((..((((..((((((.....((((((((.(.........(((((((...(((((..((......))))))).)))).)))...........).))))))))(((((((((((.((((..(((((..(((....(((.((((((.....))).)))))).....)))...)))))..((((((...(((.(((((.......).))))))).)))))).......)))).)))))))))))..))))))..)))).....((((.(((((......)))))...))))...........((((((...)))))))))))))))))))(((((((((............)))))))))..............))))))).))))).........(((((((((...))))).))))........)))))))))))))))))...(((.....((((((((...(((((...((((..(((((...(((((((......)))))))...)))))...))))....................((((((((((..((((((..(((........(((.((((....)))))))..)))..))))))..).)))))))))..(((((((.......((((((.(........).))))))..)))))))...)))))...))))))))..)))(((((.((((((......)))))).)))))..)))))))....))..)))).)))).((.((((..((.((((((((((.(((.(((...((((((...((...))....))).))).))).)))....)))))))))).))..)))).))...........)))))))))))))))((((.((((.((.(((((((((((.....((((((((......((.(((((.((((((.......)))))).(((((...........)))))((((((((.....)))))))).)))))))........))))))))...(((((((((((((((........)))).......(((....)))(((((((..(((((((((................(((((......)))))..............)))))))))..)))))))................((((.......))))....(((....)))((.(((((..........)))))))..)))))))).)))..(((((((......)))))))..........))))))))))))).))))))))..((((.........))))......(((.(((..(((((((((((....)))))....((((....((((.((((...(((((....((((..((.((((((((..((((((((((((((.((((((((........(((..........)))....))))))))....(((((...)))))..)))))))))))))).......)))))))).))..))))......)))))...)))).))))..))))...))))))..))).)))))))).)))))))...))))))).......))))))........((((....(((((((.((..((((.....))))))))))))).....)))).)..))))))))))((((((....))))))......((((....))))(((((..((((..((((......))))..))))..))))).)))))))))))))))))))..))....))).)))..))))))))).)))..))))))))).......(.((((.....)))).)(((......))).((((.......))))........(((((((((((((.(..((((..(((.((((..((((((((((......................)))))))..)))..............(((......))).......)))))))..)))).).))))))))))..)))))..))))))))))..)))..........)))))))))))))))).))))))))))))))))))......(((((((.(((((........)))))..)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((..(((((((((((.((((...))}}.(({,({{{((((((.(((({{..{(((({,,,(((((((.(.(((.....))).).))))))},,||,,|||||(((.((.(((..(((((((({(((....,},}.((((((({...)))))}))){{{{,,|{{,.,,.)))....,}|}},}}}.,.....))))))))..))).)).)))(((((.{{((({...|))}),))))}..(((((((.......))))))).,.{{{{{{||,.....,||{.((((({.{{,{{{(((((,,,({{{,{{{{{,{,,,((((((((((((.....))))..{((((((.{.((...((((..........)))).})))))))))}))))))).,||{(({{((,,,|}}}}}}|||,,||},.,.||}}}}|{{{,,{(((((......))))))|||,,||||.{((..(((((((({,{(((((.(...((,(((.......,)),)}.}))))))|(((((((....((....))..))))))))}.))))))))..))}.,.,}},,}}}}}).,}}},,....}}))}))}.....|,,,,.,,..,.....))))))))))))),))).}}}..))))))))))).{(((,.((((((|,....)))))))..)))))))))).{{{..(((((((...(((((.(((((((((.{{(((((,.((((.....((((,{{{{{{{|||{,}}},{{{{{.{{.{{{{((((((((((..(((({.....,,....,.})))....((((((.....(((((((,((((((((((((,{,.,{,,,.....,,{((((.(..(((((.((....)).)))))..).))))},,{{{{{{{,.{{{(({{{{{{{{|||||..}},.||||,...,,}}...(((((......)))))(((({(((((,({((((({(.{{{{{{,{(((,,({{{{{|||,||.{((((((((((((((((((((((.(((((((..((((((.((.......)).)))))).,,,...(((((((((.....,{,.((((..((((((.....((((((((.(......,,.(((((((...(((((..((......))))))).)))).))).,,........).))))))))(((((((((((.((((..,{({{..({,....{{|{(({{{{..,,,},|{||||||.....)))}.}))),}..{(((((...(((.(((({.......}.))))))).)))))}.......)))).)))))))))))..))))))..))))...,,|{{{.(({((....,,))))|,,.}|}............|{{{{,.,,})))))},,.)))))))))(((((((({...,.....,|,||}}}}))}........,,,...))))))).)))))...,,,..,(((((((({...))))).))))...,,...))))))))))))))))))}.{{(.....((((((((.,,(({{,...((((.,(((((...(((((((......)))))))...))))).,.))))........,,}},.......((((((((((..((((((..{{{,{{,....(((.((({....})))))}..))),.))))))..).)))))))))..{{{{{{{.......{(((({,{,.......}.}))))).,}}}}}}}...}}}}}...))))))))..}))((({{.((((((,,,,,,||||||,|||||..|||,,,|{{{.,,..)))).))))}||}||||,.{{.{{((((((((,,,..{((,..(((,,,}}}..,,}}....})))},)),)...,,.....}}|||||}},.,),,))},.|,.{{{,,....,}}}}|}}||||||,|{(({{(({{.{{.(((((((((((.,...,,,,{{(,......,{,{{,,|.{(((((.......)))))}.(((((...........})))){(((((((.....))))))))..,{|{{.,,,..{{{(,(((((,....{((((((((({{{{...,,.,.}}||||,..,,|||....)))||||||{.,{({{{{{{|,,{{{,....|||||.{((((,,,,..}}||},||,,{{{..,,,|})))}|}||,.,||||}},.........,.,...{(((.......))))....{{{....)))((.(((((..........)))))))..)))))))))))))),)))),},,)))).,,,}}}.....,....)))))))))))}}.}}}}},||{,,||,.....}}}},,}},},}}},||}|||}}||||.,||||,....}}}}}}...,{{,,}}}|||,.,|||}},,,|||}}}}||||}.,{.||||||||..||||,|,|||||||.,||}}|}}}}}....,{,,,.........,}}....,|(((((...)))))|,..,||||||.||}},,|||||,,|{,...,,.,,,,)),.)),.,,))}}}...,))})}.,)))},|||,..,,,)}}},.......},,)).,)))))}})))))).,.))))))).......))))))........((((.{{.{((((((.((..((((.....))))))))))))}.},..)))).)..)))))))))).}}}|.,,.{(((((((.,.{((,,,.((((.(((((((..((((..((((......))))..))))..))))).)).))))....,))).,)))))))}..(((((((({....{,...{,||..,((((,{(((((..,.(.((((.....)))).).,..)))))))))).,......,,},{(((((((.......)))))))).,,...))))))))).{{{{{(.,,,||||}}}.,.,......,,...}}}}))}}}})}},))}))|,,,||,,.(((((((.,,..((...(((((((..(((({((({.,............)))),,.).))))))))))....))......)))))))....,,},))}}.)))))})..,.)))))}}})).)))))...))))))).,)}}.................
Back