Basic Information

Symbol
ATG7
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 7 Ubiquitin-Activating Enzyme E1-Like Protein APG7L GSA7 Ubiquitin-Like Modifier-Activating Enzyme ATG7 ATG12-Activating Enzyme E1 ATG7 DKFZp434N0735 HAGP7 ATG7 Autophagy Related 7 Homolog (S. Cerevisiae) APG7 Autophagy 7-Like (S. Cerevisiae) Autophagy-Related Protein 7 APG7 Autophagy 7-Like APG7-LIKE APG7-Like SCAR31
Location (GRCh38)
3:11272309-11557665
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001349232.2
Sequence length
5333.0 nt
GC content
0.5031

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1867.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1962.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1137.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136031.3 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCAAGAAAUAAUGGC… 4897 nt 0.5091
NM_001144912.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCAAGAAAUAAUGGC… 4738 nt 0.5127
NM_001349232.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGAUCCAAUUCCUGUA… 5333 nt 0.5031
NM_001349233.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGAUCCAAUUCCUGUA… 5087 nt 0.5070
NM_001349234.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGCAGCUUUCUUGGGAG… 5073 nt 0.5064
NM_001349235.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCUUCUCAAACCCCA… 5224 nt 0.5040
NM_001349236.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCAAGAAAUAAUGGC… 4861 nt 0.5098
NM_001349237.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCAAGAAAUAAUGGC… 4819 nt 0.5067
NM_001349238.2 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCAAGAAAUAAUGGC… 2395 nt 0.4952
NM_006395.3 NCBI
AGAGAGAGCUGUGGUUGCCGGAAGUUGAGCGGCGGCAAGAAAUAAUGGC… 4978 nt 0.5080
Summary

This gene encodes an E1-like activating enzyme that is essential for autophagy and cytoplasmic to vacuole transport. The encoded protein is also thought to modulate p53-dependent cell cycle pathways during prolonged metabolic stress. It has been associated with multiple functions, including axon membrane trafficking, axonal homeostasis, mitophagy, adipose differentiation, and hematopoietic stem cell maintenance. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

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