Basic Information

Symbol
ATP2B1
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Plasma Membrane Ca2+ Transporting 1 PMCA1 Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPase 1 ATPase, Ca++ Transporting, Plasma Membrane 1 Plasma Membrane Calcium ATPase Isoform 1 Plasma Membrane Calcium Pump Isoform 1 Plasma Membrane Calcium Pump EC 7.2.2.10 EC 3.6.3.8 EC 3.6.3 PMCA1kb MRD66
Location (GRCh38)
12:89588049-89709527
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366521.1
Sequence length
7062.0 nt
GC content
0.3798

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1844.87 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1992.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1707.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001323.2 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 7121 nt 0.3778
NM_001366520.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 7162 nt 0.3738
NM_001366521.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 7062 nt 0.3798
NM_001366522.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 7264 nt 0.3904
NM_001366523.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 7216 nt 0.3818
NM_001366524.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 7054 nt 0.3775
NM_001366525.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 7149 nt 0.3816
NM_001366526.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 7119 nt 0.3777
NM_001366527.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 7214 nt 0.3818
NM_001366528.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 7013 nt 0.3774
Showing 1 to 10 of 30 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of P-type primary ion transport ATPases characterized by the formation of an aspartyl phosphate intermediate during the reaction cycle. These enzymes remove bivalent calcium ions from eukaryotic cells against very large concentration gradients and play a critical role in intracellular calcium homeostasis. The mammalian plasma membrane calcium ATPase isoforms are encoded by at least four separate genes and the diversity of these enzymes is further increased by alternative splicing of transcripts. The expression of different isoforms and splice variants is regulated in a developmental, tissue- and cell type-specific manner, suggesting that these pumps are functionally adapted to the physiological needs of particular cells and tissues. This gene encodes the plasma membrane calcium ATPase isoform 1. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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