Basic Information

Symbol
ATP2B1
RNA class
mRNA
Alias
ATPase Plasma Membrane Ca2+ Transporting 1 PMCA1 Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPase 1 ATPase, Ca++ Transporting, Plasma Membrane 1 Plasma Membrane Calcium ATPase Isoform 1 Plasma Membrane Calcium Pump Isoform 1 Plasma Membrane Calcium Pump EC 7.2.2.10 EC 3.6.3.8 EC 3.6.3 PMCA1kb MRD66
Location (GRCh38)
12:89588049-89709527
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366521.1
Sequence length
7062.0 nt
GC content
0.3798

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1844.87 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1992.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1707.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((((....)))))((((((((((((......(((((((....)))))))((((.(((.......))).)))).((.((((((((..((((.(((((.((.....)).))))).))))....(((.((........))...)))......)))))))).)).((((((((((.(((((....(((...)))...))))).((((((....))))))(((((((............))))))).((((...)))).(((.(((((((((.(((.(((....(((((((........(((((((...((....(((.(((((((...(((((((((((((((.....((((((((.(((((.......)))))))))))))....((....((((((...))))))...))..........(((((...((((((.(((........)))))))))))))).))))))))))..))))).....))))))).)))..))..))))))).......((((...))))...(((((((...)))))))(((((((..(((((.........................((((((((......((((((...))))))....))))))))....((((((((...(((((((.((((...(((.......)))...)))).))))(((..............))).......))).))))))))..........(((((...(((......(((((..........)))))......)))..))))))))))..))))))).......)))))))((((....)))).....))).))).))))))))).)))...))))))))))..(((((.((((((.((((((.((((...((..((((((.(((((...(((((((...((.(.((((...)))).)...))...))).............))))...))))).))))))..)).)))).))).....)))...)))))).))))).))))))))))))(((((..((((.((.((((..........)))).)).)))).....))))).....))))....))).)))))))..)))...)))))))).(((....(((........)))....)))..(((((((((.......)))).)))))........(((((((((...)))))..)))).((((((..((.(((((((((((((((((.....((((..(((((..((((((...(((((.(((((..(.((((.((((((((((.(........))))))))))).............((((((.((((((.(((...((((((((....((((((((((((..(((.((...((((..((((((...((((((((.((((((((((......(((((((..((((((.((((((((((((((.((.((.((((((((.......((((((.((((.((......))..)))).))))))...(((....)))........((((((((((.(((((..((.((((((((.((((.....))))))))....(((((((((((.......((((...))))..(((((....)))))..((((((((((.((((((((((..((((......(((((....)))))..((((((((((((((.(((((((((((((((((..(....(((....))))..)))))((((((((((.((((..((.((((((.(((.......................))).)))))).))(((((((((((((...(((((..((((((((.(((..(((..(((((((....((((((((((...........((((((...))))))...........((((.....)))).....))))))))))......((((.((((((..((((.((((((.(......)..)))))))))).)).))))...)))).(((((((....((((((((...(.((..((((........)))).)).)..))))))))....)).)))))(((((((((((((((((((((((((....((((((..(((((((.............((.(((((((((...((((.......)))).))))..))))).))....)))).))).....))))))..))))))))).))))))).........)))))))))....)))))))..))).)))....))))))))................)))))...)))..))))))))))....)))).)))))).....))))))))))))))))....((.(((.((.(((.((((((...((((((.(((((.......)))))(((((((((((((((((((..(((((((((((.........((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))(((..((.((((.(((.((......(((.....)))........)).))).))))))..))).(((((....)))))..)))))))))))))))....((((.((((((((..(((((....))))).........((((((.((.((((((((((((...))))..........))))))))..............((((((((((..(((((.((((.....(((...))).......)))).....)))))..)))).)))))).(((.(((..((((.((......))))))..))).)))..)).))))))((((.((((((.............)))))).))))......)))))))))))).....((((((((...........(((((....)))))(((((((((.........(((.((.((.((((((..((((.((.(((((..((((((((...))).)))))..))))).))))))...))))))...))..)).)))..........)))))))))..(((((((((......)))))))))...))))))))...((((.((((((..((.(((........))).))...)))))).))))((((((...((.......))....)))))).))))..)))))))....((......)).))).)).)))))))))..)))))...)))))).....))))))))).)).)))))..))))))))))))))...))))....))))))(((((((..(((......((((...((((........)))).)))).......)))))))))).(((.((.((((......))))..)).)))(((.(((((......(((((((.......((((((....((((((.(((((.............(((..((....))..))))))))...)))))))))))).......)))))))(((((..(((((((((((((...(.(((....))).)......)))))))))))))...))))).............))))).)))..(((....)))))))))))))))))(((.((((((....)))))).)))..(((..(((((((((........((((..(((.....)))...))))........)))))))))..)))..(((((((.((((((...((((((.....((((((.....)))))).....(((.((((((((.((.....)).)))))))).))).(((((((((((.(((((((((...(((((........)))))((((((((((((..(((((((........)))))))((((.....))))(((.(((.((((((........)))))).)))....))).....((((((((((.......((((.((((.((..(.(((.((....)).))).)..))..)))).))))........(((((((.((.((((((..(((((((((.((............((((((...(((.....)))....)))))).......((..(((.(((((.......(((((((((((((.((...((((((((....((((...))))(((.(((.....))).)))......(((((((((((((.........((((((((((((..(((((...))))).))))...))))).))).((((((((........))).)))))..))).))).))))))).....((((((....))))))(((((...)))))...)))))))))))).)))))))))))))))).)))..)).(((((..(((((((.....(((.((.(((...((((((((((((((............).)))))))...)))).)).))))).))).....))))))))))))..))..)))))))).)..))))))........((((..........)))).(((..((((((((...)))))))).))).(((((((((((((...(((((..((((((((....))))))))..))))).((((((((((((((((((...((((((((.((((((((((.....((((....))))......))).)))).))).......((((..((((((....))))))..)))).....))))))))....(((((....)))))................))))))...)))))).))))))...(((........)))....)))))))).)))))..(((((((.((((((((((...............................))))).))))).)))))))....)).)))))))...))))))))))...............))))))))))))...((((....(((((...(((((............)))))...)))))...)))).....((((..((.((((.(((.((((......))))))).)))).))..))))...((((((((((((....).)))))))))))............))))))).)))))))))))))...))))))..)))))).)))))))((((((......))))))..(((((.(((((((.((((.(((((((.((..((((.....))))..)).))...)))))((..((((.(((((((((.((((((((((((((..((((.(((......))).))))..))))))((((...))))((((((((....))))))))...((((..(((((...))))).....))))((((((((...)))))))).....................(((((.....)))))......((((((..(((....)))..))))))....)))))))).)))))))))))))..))(((((...........)).)))(((((.........)))))...........))))..)))))))...)))))....((((((..(((((((((((................................((((((.....)))))).((((...((((((..........))))))..))))..)))))))))))..))))))............(((((((((........))))))...........)))..)))))))))))...))))))..))))))))))).....)))).)))))))))).)).)).)))))))))))).))))))((((....(((.........)))....))))((((((.((............)).))))))...((((((((((.......)))))..))))).(((((((....((((((((((((((((((((....(((.....))).....)))))).....((((((((.((((((((....))))))))))))))))..(((((((.......)))))))....(((..((...))..))))))))))).((((....)))).....)).))))...(((((((((.....))))))))).....))))))).((((((((....))))))))(((((((((((((.....)))))))))))))))))..))).....))).))))))).)))))))).....((((.(((((.....))))))))).......((((((.....))))))(((((....((((.....)))).))))).(((.....))).((((((..((((((((((..(.((..(((((...........(((((((((((((....((((..(((((((......((((((((((((.((...((((((((((((...((((((........))))))....)))))....)))))))...)))))))).............((......))(((....)))..((((......))))...((((.((((.((.((((((((((.....))))........((((((((.......................))))))))..)))))).))))))))))...)))))).......))))))).)))))))))))))))))))).))..)).)..))))))))))....))).))).........))))))....)))).)).)))..)))))..))).)))).)))))))).....))))))))).))))))...(((..((((....(((((((((((.((((.......((((((((((...........))))))).)))((((.((.(((((......))))).)).))))(((((((......))))))))))))))))))))))....))))..))).((((....)))))))).)..))))).)))))...))))))..))))))))).((((((((....(((((((((((......))))).......)))))))))))))))))..)))))))))))))).))..))))))...(((.(((((((.............))))))).)))......))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.(((({.((((((((..(((.(((((((.((((((((((((....)))))((((((((((((.,,,,,(((((((....))))))){{((,(({,,,,..,||},||||,((.((({((((,.((((.(((((.((.....)).))))).)))).,,,|||.||,.......||...))).....,||||||}}.||,{(((({{(({{..(((|||.,|||..||,,||}}))).((((({....}}}}}|,{{{{{{,,..{,,,,...}}}}}}}}((((...)))).,||},,|||}}||}||,.,||.((.((....)).)).,..(((((((...({.,..(((.(((((((...(((((((((((((((.....((((((((.(((({.......}))))))))))))....{{....(((((,...})))))...}}........,{,{(({..,((((((.(((........)))))))))))))),))))))))))..))))).....))))))).)))..))..))))))).......}}}}}))).)}},,}}||,||,,}||||||,.,.(((({{(((((((({..........{({{{{{({..((((((((.,.,,,((((((...))))))....)))))))){{{{{{,(((({...,,,}}}}}(((({{.{{{.....((((({{,{..{{.{((((......,,,,........,,,,...))))).))))))))))...(({((((({,,(((({....})))}..,}},..}})))))},}},}))))}}}}},,}}))})))))}})))))},.,.,,..,((((....)))).}}))))).)))})))),.}}))))},..)))))}}},,..(((((.((((((.((((((.((((...((..((((((.(((((...(((({{{...,,.(.((({...,))).),..}}...}))}.,,.........))))...))))).))))))..)).}))).))).....)))...)))))).))))).)))))))))))){(({{,{(,,,.|||{,,(|{|{,....|))))}||,}},,.,,,.})))}.....))))....))).)))))))..)))...)))))))).,||...,(((........)}},{{,(((..(((((((((.......)))).)))))..)),}}}|(({(((((...)))))..}}}}.((((((..((.((((((((((((((..{(((((.((((((..(((((.(((((({{((((((,.....))))}}...,||||,,,))}}}.)))))((((.((((((({{(((,,{{,,(((((({(((((((((({{{(((((,,,.,,.,((((((((.(({.(((.,....,||,..,|)).....((((((((.((((((((((...,,,(((((((..((((((.((((((((((((((.((.((.((((((((......,((((((.{(((.((......))..))}).)))))}..,((,....)))........{({{({(({{{(((((..((.(((((((,{((((.....))))))))....(((((((((((.......{(((..,|}}|,,{{(((|.,,||||,..(((((((({,{(({({(((((..((({..,...{((((....))))}..((((((((((((((.(((((((((((((((((,,{,,{,(((....}})}}.})))}{{{{((((((.((((..((,{(((((,{{({{......}}}},,.........,}}.}))}}}.},(((((((((((((,..(((((,{{{{,,(({.,{{,.{{{|,{{{{{{,....((((((((((.....,,....((((({...))))))...........{(((.....)))).....))))))))))...,,,{{||.,||||,,.,{{,.,||||{..,.,...,..|||}}},,}}}})}||,,{{{|||,.,|||{({....((((((((.,.{.((..((((........)))).)).},.))))))))....))}|||||(((((((((((({{(((.(((((((..{((((((({...(((.((,,(((.......{{.{((........)))}}.....)))))))))..})))))))),..))))))},}),....))))||,...||||}||{|},},)),}},,,...,)))))))),}}}}},||||||},},}||,,..}}},})}}|...,.}}},}}}),.)))))...}))..)))))))))),,..)))).)))))).....}}}}))))))))))))....,(,(({.,{.(({{((((((...((((((.(((((.......))))){((((((((((((((((((..(((((((((((.........((((((((((((((((((((((.(({....}))))))))),,{..((.((((.(((.((.,....(((.....))).,,.....)).))).))))))..,,,.{((((....)))))..)))))))))))))))....((((.((((((((,.(((({....))))).{((((...(((((.,(({...|)).|.)))))...))))},,{{{{......}}},,............((((((((((..(((((.{{((.....{,....|}}.......}}))...,.)))))..)))).)))))).((,.{{(.{({,{.{|,.},,.})))}}..,,{{{|,...}})).,,}((((.((((((,{{,......,}})))))).))))......)))))))))))).....,,,,(((({{.....}}}}||,,{{{{,|,|||(((((((((.{.......(((.((.((.((((((.{(((({((.{((((..((((((({...}))},))))..)))))}))))))...))))))...))..)).)))........,.)))))))))..(((((((((......)))))))))...,}|||}}}...|||{.((((({..||.{((.,.....|}}}.}),..)))))).}))}((((((...((.......))....)))))).))))..)))))))....((......)).))).)).)))))))))..)))))...)))))).....))))))))),)),}},,,..))))))))))))))...}))),,..))))))|{{{({{..{(({{.,..{{||,},((((........)))).|}}|,||,,,,}|||}}},)),{{{,||.{{((.,,,,,||}}..||,|||,{{,({{{{......{((((({....,,.((((((,...(({(((.,{{({{,...........{{(,,({....}}.,)))}}}}}...}))}}}}}}}}).,,....}}}}}}}(((((..(((((((((((((.,.,.(((....))).}....,.)))))))))))))...))))).....,,,,,,}}})}}},}}}},||{....}},})))}))))))))}{{{.((((((....)))))).}}}..|||}}|{|||{{{{.{{|....,,((,,(((,,,,.,}|...,,,,....,}}.}}))))))}.}))),.{{{{{{{.{{{{{{.,.||||||,,,..{{{|||,,,,.}))))).....(((.((((((((.,(.....)}.)))))))).))}.(((((((((((.(((((((((...(((((........)))))((((((((((((..{((((((........)))))),((((.....)))){((.(((.((((((.,......)))))).)))....}}|,{{..((((((((((.,.....((((.((((.((..,.(((.((....)).))).}..))..)))).))))........(((((((.{(.((((((..(((((((((.(,.......{,...((((((...(((,...,)))....))))))...}}..{{..(((.(((((.......(((((((((((((.((...((((((((..,,((({...}))}{{{.{((({..{{|....}}}.}}}|||||((((,,,,..,},,...((((((((((((..(((({...})))).))))...))))).))).((((((((........)))))))))..,,|.|||,,,}))),,....,{((({,...,})))}|((((...))))}...)))))))))))).)))))))))))))))).)))..}}.(((({.,(((((((.....(((.((.,,{,,.{((((((((((((..,,.........),)))))))...)))).)),)),)).))).....))))))))))))..,}..)))))))).)..)))))).}......((((..........)))).||{..(({(((({,,.,}}))))),)},,{{{((((((((((...(((((.,((((((((....)))))))),.))))).((((((((((((((((((...{({{((((.((((((((((...,,((((....)))),}}...))).)))).))),,,..,,((((..((((((....))))))..)))).....,|||||||,{,,(((((....)))))....))...,}}}}..))))))...)))))),,)))))..{{({......,,},,.,,.)))))))))},}}},.{((((((.((((((((((...............................))))).))))).))))))),,...).))))))).,.)))))))))),},,...........))))))))))))...((((.,..(((((...(((((............))))).,.))))).,.))))..,..{(((..{(.((((.((,{((((......))))))).)))).}}..)))}.||((((((((((((....),}))))))))))..,,........))))))).)))))))))))))...))))))),)))))).}})}}}}((((((......)))))}..(((((.(((((((.((((.(((((((.((..((((.....))))..)).))...)))))||..((((.(((((((((.((((((((((((((..((((.(((......))).))))..)))))}{{{,..,||},{(((((((....}}}})))}.,,{(((..{{{{{...,}})}.....)))|((((((({...}))))))),..,|,,.........,|,..(((((.....)))))...,,.((((((..(((....)))..))))))..,})))))))).)))))))))))))..||,,,||.,,,.,..,,,||{|||,.(((...,,,,},)),}}},}..,,,,,.))))..)))))))...))))).,{,{{((({..{((((({{{{{,,,...,,{,,,,...,,,.............((((((.....)))))).,|||...((((((..........)))))),,|,||..}}}})))))))..}}))))),,...,,....|||{{{{{{.,,.....)))))),,}.............)))))))))))...))))))..))))))))))}....}))}}.))))))))}).)).)).)))))))))))).))))))((((....(((.........)))....))))(((((,.{(,...........)).,}}))),,.((((({((((.......))))}..))))).(((((((.,..((((((((((((((((((((....(((.....)))..,..)))))).....(((((({({((((((((....))))))))))))))))..,{(((((.......))))))|....{((..(,...,)..))}))))))))}|(({....}}},.....,,.))))...{((((((((.....))))))))}.....))))))),((((((((....))))))))|((((((((((((.....))))))))))))}))))..))).,},.))).))))))).))))))))....,((,{((((((.....)))))))))}.))))))}}.....((((({...(((((....,{..((((((|...{{|...,,|},...}),}))))),,})))).})))))...,,,}|}|,,}}}}}}}}}},{((((((((((((.,,.,{{{{{{((.,{{.,({|,,{((((({{{{{{(({{{((((((((((({({{{{,,,({,...{{{||||,,....,.,,,.,,.,,|||||.{{,|||,||{{............((......))(((....)))..,|||,..}},)})).}}|,||}||}|.||}|||,..((((.....)))).}}}}}}|,|||{...}}))}))}))))})}}}.,|||,.|{|........)))..}}}.|||||}..,||||}}})}}..}}))}}))},)},))))))))))))},}}..,..},.,,.))))))))))}}}.))}})}..........|||,,,..,,}}||,|..,,,,,}}|||,,|,,,,,,...,,,,,)),,,,.)))))))).))))...)))))),)))))(((((((.(((((({.....,,{((,{((((((((((...........))))))).)))}..}))),,{{(({{{.,,(({{{((((((.((((((((......))))))))..))))))}.....,,,......(((((((((...(((((((............,,.....})))))).))).))))))...,,{(((((,...|)))|}|{{......))})}},...,})))))))))))))))))).)))))))))))))).))..))))))...{({.(((((({..,,.......,,))))))}.})),,,,,.})))..)))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413052.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 6921 nt 0.3797
NM_001413053.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 6769 nt 0.3761
NM_001413054.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 6724 nt 0.3775
NM_001413055.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 6813 nt 0.3794
NM_001413056.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 6712 nt 0.3735
NM_001413057.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 6609 nt 0.3784
NM_001413058.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 6501 nt 0.3779
NM_001413059.1 NCBI
GCAGUGCAGCGUGAGUAGGGAGCCCCGGCUGGUGGACGCCGAGCCUCUC… 6696 nt 0.3759
NM_001413060.1 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 6406 nt 0.3734
NM_001682.3 NCBI
GUCACGUGACCGCGCUCAGCCAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGAGCUU… 6967 nt 0.3756
Showing 21 to 30 of 30 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of P-type primary ion transport ATPases characterized by the formation of an aspartyl phosphate intermediate during the reaction cycle. These enzymes remove bivalent calcium ions from eukaryotic cells against very large concentration gradients and play a critical role in intracellular calcium homeostasis. The mammalian plasma membrane calcium ATPase isoforms are encoded by at least four separate genes and the diversity of these enzymes is further increased by alternative splicing of transcripts. The expression of different isoforms and splice variants is regulated in a developmental, tissue- and cell type-specific manner, suggesting that these pumps are functionally adapted to the physiological needs of particular cells and tissues. This gene encodes the plasma membrane calcium ATPase isoform 1. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.