Basic Information

Symbol
SLC22A12
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 22 Member 12 URAT1 RST Renal-Specific Transporter HURAT1 OAT4L UAT Solute Carrier Family 22 (Organic Anion/Cation Transporter), Member 12 Solute Carrier Family 22 (Organic Anion/Urate Transporter), Member 12 Organic Anion Transporter 4-Like Protein Urate:Anion Antiporter SLC22A12 Urate Anion Transporter 1 Urate Anion Exchanger 1 Urate Transporter 1 OATL4
Location (GRCh38)
11:64590641-64602353
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_144585.4
Sequence length
2792.0 nt
GC content
0.6275

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1209.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1255.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 608.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001276326.2 NCBI
AGUCUAAAAUUAAAGUCUUCAGUCUCCACAUUCCCUACUUUCCAAAUUC… 2690 nt 0.6271
NM_001276327.2 NCBI
AGUCUAAAAUUAAAGUCUUCAGUCUCCACAUUCCCUACUUUCCAAAUUC… 2468 nt 0.6288
NM_144585.4 NCBI
AGUCUAAAAUUAAAGUCUUCAGUCUCCACAUUCCCUACUUUCCAAAUUC… 2792 nt 0.6275
NM_153378.3 NCBI
AGUCUAAAAUUAAAGUCUUCAGUCUCCACAUUCCCUACUUUCCAAAUUC… 2526 nt 0.6306
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the organic anion transporter (OAT) family, and it acts as a urate transporter to regulate urate levels in blood. This protein is an integral membrane protein primarily found in epithelial cells of the proximal tubule of the kidney. An elevated level of serum urate, hyperuricemia, is associated with increased incidences of gout, and mutations in this gene cause renal hypouricemia type 1. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2013]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the SLC22A12 is expressed in kidney tissue with an average read count of 9,133 and was part of a targeted 46-mRNA biomarker panel for definitive organ identification using massively parallel sequencing [Hanson & Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319]. A subsequent review further identified the SLC22A12 as a marker for kidney tissue identification within the broader field of forensic transcriptomics [Lei et al. DOI:10.1093/gpbjnl/qzag007].