Basic Information

Symbol
SLC22A6
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 22 Member 6 PAHT OAT1 ROAT1 Solute Carrier Family 22 (Organic Anion Transporter), Member 6 Renal Organic Anion Transporter 1 Organic Anion Transporter 1 PAH Transporter HROAT1 HOAT1 HPAHT Para-Aminohippurate Transporter
Location (GRCh38)
11:62936385-62984967
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_153276.3
Sequence length
2127.0 nt
GC content
0.6060

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-898.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -929.8 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 543.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((((...(((..((.((((...(((...(((........)))....)))...)))).))..))).))))))((((((((((....(((((((((((.......((((((((..((((.....((((((.((.....((((...))))..)).)))))))).))..))))))))))))))))))).((..(((...((((((((((.(.(.(.(((.(((...((((.(((.(((((.((((((.........)))))))))))((((....))))........((.((((...)))).))(((((((.(((((.....(((((....(((((((....)))).)))....))))).....))))).......)))))))((((.......))))..))))))).....))).)))).).).)))))))..)))...)))..))..(((..((((((.(((..((.(((((((((.(......).))))))))).)).))).))))))..)))...)))))((((((((((...((((...(((.((((......)))).)))...))))(((((((((((.(((.((((((((((((((((((.(..((((((((((((((.(((....(.(((((.(((((.(((((((......))))))).)))))(((....))).))))))..))).)))).))))))))))....)...))))).)))))))))(((.((......)).)))..((((((((((.(.......(((.....(((.((..((((((.(((....)))))))))..)))))......)))..........).)))))))))).....))))))).)))))))..))))...)))))..)))))...........((((((((((....)))))).))))(((((....(((((((((......))...))))))).)))))(((((((..(((((((((((((((((((......(((((....(((.((..((((((..((((((((......(((..((((.(((((((......(((((.((((.((((((.((((...((.(((.(((((((....))))((.((.(((((...)))))..)).)).))).))))))))).)))))))))).))))).))))))).))))..)))...((((...))))))))))))))))))..)).)))......))))).)))))..)))))))))).))))..)))).))).((((((.((.((((((((((((((((.(((......(((((((....)))).)))...........((((.(((((..((((((((((..((((((((((......(((((.....))))).(((((.((((((.((.(((((..((((.((((.((((((..(((((.......(((((((....)).(((((((.((.((((......))))))))))))).......((((((((..((((((...)))))).......((((..((((..(((..(((.((.(((((((...((((((.((((((((((....(((..((((......))))...((((((......)))).)).)))...))))).((((...((((..(((((((.(..(((((..((.((((((((((((((((.....(((((((.((.....)).)))).))).......)).........)).))))))))))))))..)))))...).)))))).)..)))))))))))))))))))...)))).))).)).)))...)))...)))).)))))))))))).))))).......((....)).)))))))).))).))))...))))......))))))).)))))).)))))......)))))))))).)))....(((((((..(....(((....)))..)..))))))).)))))))..)))))))))....))).)))))))))))...))))).....)).))))))(.((((((((.((((......))))..(((((................)))))....)))))))).).......)))))..))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((((((...(((..((.((((..,(({...(((........)))....)))...)))).))..))).)))))){(((((((({.,..(((((((((((,.....,{(((((({,,({({.....((((((.((.....((((...)))}..,),)))))))).))..}))))))}))))))))))).{{..{((...((((((((((.(.{.{.{((,(((,.{(((,,(((,(((((.((((((,,,{....,)))))))))))||||,,..)))),,......{{,{{{({,,||||,||(((({{{.{((({,,,,.||{{{..|{(((.,,,))))),|},)},,},})))))...|,||}}}.......,}}}}}}((((.......)))).}))}))},.....}}}.)))}||.,.)))}|||..|||,..}}|..}}..(((..((((((.(((..((.(((((((((.{......).))))))))).)).))).))))))..)))...|||||({{{{|||||..,((((...{((.((((......)))).})}.,.})))((({(((((((.(((.((((((({((((({{{{(.,..((((((((((((((.(({,|..{.(((((.(((((.(((((((......))))))).)))))(((....))).)))))}.|))).}))).))))))))))...,|,|,|}}|}.}}}}}||}}(((.({.....,)}.}))..((((((((((.,,,,...,||......(((.((..((((((.(((....)))))))))..)))))......,,,..........}.)))))))))).,,..})))))).))))))),,}))),,,)))}}},,})))..,........((((((((((....)))))).)))}{{((({{,,(((((((((......))...))))))),)))})||||{{{..({{{{{(((((({{{(({{...,,,{{|{{...|(((.((..((((((..((((((((....,,{((..((((.(((((((.,....(((((.((({{((((((.{(((...((.(((.(((((((....))))((.((.(((({...})))).,)}.)).))).))))))))}.)))))))))).))))),))))))).))))..}}},..{|||},.)))}))))))))))))))..)).)))}.....))))).})))),,)))))))))}.)))),,)))),))),((((((,({.,{.((((..(((((((.(((((((.,({(((((...,||}}.|||...........{(({.((({{..((((((((((..((((((((((....({(((((.....))))}.(((({.((((((.((.(((((..((((.((((.((((((..(((((.......(((((((....}}.((((({{{((.((((......))))))))))))).......((((((((..((((((...)))))).......((((..((((..(((,.(((.((.(((((((...((((((.((((((((((....{{,..((((......}))}...{{((((......}))).}}.})}...)))}|,,((({{,((({..(((((({.,..{({{(,.((,(((({(({{{{{{,||,,,,,(({((((,((.....)}.}})).}}}..,}))))))),,},......||))}))|}}}}}}..))}}}..,).)))))).}..}}}},,,))))))))))))...))))}})).)).))).,.)))...)))).)))})))))))).))))).......((....)).)))))))).))).))))...))))......))))))).)))))).})))).,,...)))))))))).)))....((((((({.{....(((....))}..),)))))))).)))))))..)))))}))),,,,.)))}}))).)))))))..)))).,...}).)))))){.((((((((.((((......))))..(((({................}))))....)))))))).}.......)))))..))))......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004790.5 NCBI
AGCAGACCCUGAAAGCUGAGCUGCCCUGACCCCCAAAGUGAGGAGAAGC… 2166 nt 0.6053
NM_153276.3 NCBI
AGCAGACCCUGAAAGCUGAGCUGCCCUGACCCCCAAAGUGAGGAGAAGC… 2127 nt 0.6060
NM_153277.3 NCBI
AGCAGACCCUGAAAGCUGAGCUGCCCUGACCCCCAAAGUGAGGAGAAGC… 1995 nt 0.6045
NM_153278.3 NCBI
AGCAGACCCUGAAAGCUGAGCUGCCCUGACCCCCAAAGUGAGGAGAAGC… 2034 nt 0.6037
Summary

The protein encoded by this gene is involved in the sodium-dependent transport and excretion of organic anions, some of which are potentially toxic. The encoded protein is an integral membrane protein and may be localized to the basolateral membrane. Four transcript variants encoding four different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human body fluids demonstrated that the SLC22A6 is a urine-specific mRNA/circRNA biomarker, with its circular transcript form expressed at a low level [Liu et al. DOI:10.1007/s00414-019-02027-y]. This biomarker is recognized as a circular RNA marker for the forensic identification of urine [Courts et al. DOI:10.3238/arztebl.m2024.0051].