Basic Information

Symbol
BATF3
RNA class
mRNA
Alias
Basic Leucine Zipper ATF-Like Transcription Factor 3 SNFT JUNDM1 JDP1 Basic Leucine Zipper Transcriptional Factor ATF-Like 3 Basic Leucine Zipper Transcription Factor, ATF-Like 3 21 KDa Small Nuclear Factor Isolated From T-Cells Jun Dimerization Protein P21SNFT Jun Dimerization Protein 1 B-ATF-3 21-KD Small Nuclear Factor Isolated From T Cells
Location (GRCh38)
1:212686417-212699840
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018664.3
Sequence length
836.0 nt
GC content
0.6053

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-337.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -350.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 196.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_018664.3 NCBI
GGGACAGCGCCCGUAGGCAGCCCCACGGGCAGGGCGCGCGGGCGGGGCG… 836 nt 0.6053
Summary

This gene encodes a member of the basic leucine zipper protein family. The encoded protein functions as a transcriptional repressor when heterodimerizing with JUN. The protein may play a role in repression of interleukin-2 and matrix metalloproteinase-1 transcription.[provided by RefSeq, Feb 2009]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the BATF3 transcript, a transcription factor involved in immunity, increased in abundance at 24 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].