Basic Information
Symbol
TEF
RNA class
mRNA
Alias
TEF Transcription Factor, PAR BZIP Family Member
Thyrotroph Embryonic Factor
KIAA1655
TEF, PAR BZIP Transcription Factor
Thyrotrophic Embryonic Factor
Location (GRCh38)
22:41367333-41399326
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
Sudden cardiac death diagnosis
MANE select
Transcript ID
NM_003216.4
Sequence length
4381.0 nt
GC content
0.5663
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1831.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1900.2 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
772.8
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGCUGCCUCUGAACUCCCUGGAGCAAGCACCUCCUGCUGGGCUGUGUGA… | 4266 nt | 0.5560 | |
| GCAGUAGCUGCCCGUGUCGGCAGCUGCAGCGGGUCGCACGGCUCCGGCC… | 4381 nt | 0.5663 |
Summary
This gene encodes a member of the PAR (proline and acidic amino acid-rich) subfamily of basic region/leucine zipper (bZIP) transcription factors. It is expressed in a broad range of cells and tissues in adult animals, however, during embryonic development, TEF expression appears to be restricted to the developing anterior pituitary gland, coincident with the appearance of thyroid-stimulating hormone, beta (TSHB). Indeed, TEF can bind to, and transactivate the TSHB promoter. It shows homology (in the functional domains) with other members of the PAR-bZIP subfamily of transcription factors, which include albumin D box-binding protein (DBP), human hepatic leukemia factor (HLF) and chicken vitellogenin gene-binding protein (VBP); VBP is considered the chicken homologue of TEF. Different members of the subfamily can readily form heterodimers, and share DNA-binding, and transcriptional regulatory properties. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the TEF is a key characteristic gene in endothelial cells and is markedly downregulated during myocardial infarction progression, as confirmed by scRNA-seq, microarray analysis, and in vivo experiments including qPCR, Western blot, and immunofluorescence [Mao et al. DOI: 10.1016/j.bbrc.2025.151820]. In a separate study in the Chinese Han population, the TEF was validated as a housekeeping gene marker that appeared in all tested body fluid and tissue samples, serving as a positive control in a multiplex mRNA profiling system for body fluid identification, although it showed low signals in saliva samples [Song et al. DOI: 10.1016/j.jflm.2015.08.006]. A study in mice demonstrated that the TEF is a key characteristic gene in endothelial cells and is markedly downregulated during the progression of myocardial infarction, as confirmed by single-cell RNA sequencing, independent microarray analysis, and in vivo validation via qPCR, western blotting, and immunofluorescence [Mao et al. DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820].