Basic Information

Symbol
C4A
RNA class
mRNA
Alias
Complement C4A (Chido/Rodgers Blood Group) CPAMD2 CO4 C4A3 C4A2 C4A4 C4A6 C4S C4 RG C3 And PZP-Like Alpha-2-Macroglobulin Domain-Containing Protein 2 Complement Component 4A (Rodgers Blood Group) Complement C4A (Rodgers Blood Group) Acidic Complement C4 Complement C4-A C4B MHC Class III Region Complement Complement Component 4A Rodgers Form Of C4 C4A Anaphylatoxin EC 2.1.1.144 Acidic C4 EC 2.7.11 C4AD
Location (GRCh38)
6:31981991-32004877
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007293.3
Sequence length
5427.0 nt
GC content
0.5832

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2178.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2271.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1653.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001252204.2 NCBI
AGAAGGUAGCAGACAGACAGACGGAUCUAACCUCUCUUGGAUCCUCCAG… 5289 nt 0.5816
NM_007293.3 NCBI
AGAAGGUAGCAGACAGACAGACGGAUCUAACCUCUCUUGGAUCCUCCAG… 5427 nt 0.5832
Summary

This gene encodes the acidic form of complement factor 4, part of the classical activation pathway. The protein is expressed as a single chain precursor which is proteolytically cleaved into a trimer of alpha, beta, and gamma chains prior to secretion. The trimer provides a surface for interaction between the antigen-antibody complex and other complement components. The alpha chain is cleaved to release C4 anaphylatoxin, an antimicrobial peptide and a mediator of local inflammation. Deficiency of this protein is associated with systemic lupus erythematosus and type I diabetes mellitus. This gene localizes to the major histocompatibility complex (MHC) class III region on chromosome 6. Varying haplotypes of this gene cluster exist, such that individuals may have 1, 2, or 3 copies of this gene. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the C4A transcript, a complement system protein, increased in abundance within one hour postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].