Basic Information

Symbol
AAR2
RNA class
mRNA
Alias
AAR2 Splicing Factor AAR2 Splicing Factor Homolog C20orf4 Protein AAR2 Homolog BA234K24.2 AAR2 Splicing Factor Homolog (S. Cerevisiae) Chromosome 20 Open Reading Frame 4 CGI-23
Location (GRCh38)
20:36236131-36270918
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001271874.2
Sequence length
2417.0 nt
GC content
0.5449

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-903.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -947.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 581.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271874.2 NCBI
GCUGUACCGGAACGUGGGGCGAGGCGCUGUUCAUCAAAGAAAAAGGGUU… 2417 nt 0.5449
NM_015511.5 NCBI
GCUGUACCGGAACGUGGGGCGAGGCGGUGAGUGUGGCCUCCUGGCCUCU… 2696 nt 0.5504
Summary

This gene encodes the homolog of the yeast A1-alpha2 repressin protein that is involved in mRNA splicing. Alternately spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2012]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples identified the AAR2 as a gene with a negative coefficient in a post-mortem interval (PMI) prediction model, where it was included in a down-regulated expression cluster [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].