Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_015511.5
Sequence Length
2696 nt
GC Content
0.5504
GCUGUACCGGAACGUGGGGCGAGGCGGUGAGUGUGGCCUCCUGGCCUCUUUUUCCUUUCCUGAUUCCUUGUGUAUGUGUGGCUGGGCCGCCCCUCUUCUCGGCUCAGAGUCACGGAGUGCCUUGAACUAGGCCCACCUCGCCGGGGCGGCUGGUUCUCUGUUUGUGGGACGCUGGUGUCUCUGGAGGCCCUUCCUGAGAAGCCGUCGCCAGAGUUACGUCGCGGUUUUCUUAACUUUAGAGCCUGGGGGCCGGAGACCCUGAUUGCACUCGACCUGGCUCUGCCCUACUCUCUGCGUGACUUCCACUGUUCAUCAAAGAAAAAGGGUUCUUUUGGUCACCCACCACUGGCCCCAUGGCUGCCGUGCAGAUGGAUCCUGAGCUAGCCAAGCGCCUCUUCUUUGAAGGGGCCACUGUGGUCAUCCUGAACAUGCCCAAGGGAACAGAGUUUGGGAUUGACUAUAACUCCUGGGAGGUCGGGCCCAAGUUCCGGGGCGUGAAGAUGAUCCCUCCAGGCAUCCACUUCCUCCACUACAGCUCUGUGGACAAGGCUAAUCCGAAGGAAGUAGGCCCUCGUAUGGGUUUCUUCCUUAGCCUGCACCAGCGGGGGCUGACAGUGCUGCGCUGGAGCACACUCAGGGAAGAGGUAGACCUGUCCCCAGCCCCAGAGUCUGAGGUGGAGGCCAUGAGGGCCAACCUCCAGGAGCUGGACCAGUUCCUGGGGCCUUACCCAUAUGCCACCCUGAAGAAGUGGAUCUCACUCACCAACUUCAUCAGCGAAGCCACAGUGGAGAAGCUACAGCCCGAGAAUCGACAGAUCUGUGCCUUUUCCGAUGUGCUACCUGUGCUCUCCAUGAAGCACACCAAGGACCGCGUGGGGCAGAAUCUACCCCGCUGUGGCAUUGAGUGCAAAAGCUACCAAGAGGGCCUGGCCCGGCUACCAGAGAUGAAGCCCAGAGCCGGGACAGAGAUCCGCUUCUCAGAGCUGCCCACGCAGAUGUUCCCAGAGGGUGCCACGCCAGCUGAGAUAACCAAGCACAGCAUGGACCUGAGCUAUGCCCUGGAGACUGUGCUCAACAAGCAGUUCCCCAGCAGCCCCCAGGAUGUGCUUGGUGAACUCCAGUUUGCUUUUGUGUGCUUCCUGCUGGGGAAUGUGUACGAGGCAUUUGAGCAUUGGAAGCGGCUCCUGAACCUCCUGUGCCGGUCAGAAGCAGCCAUGAUGAAGCACCACACCCUCUACAUCAACCUCAUCUCCAUCCUGUACCACCAGCUUGGUGAGAUCCCCGCUGACUUCUUCGUAGACAUUGUCUCCCAAGACAACUUCCUCACCAGCACCUUACAGGUUUUCUUUUCCUCUGCCUGCAGCAUUGCCGUGGAUGCCACCCUGAGAAAGAAAGCUGAAAAGUUCCAAGCUCACCUGACCAAGAAGUUCCGGUGGGACUUUGCUGCGGAACCUGAGGACUGUGCCCCGGUGGUGGUGGAGCUCCCUGAGGGCAUCGAGAUGGGCUAACUCGGGGAGCGCUCUCAGCUGCGAGGGGCCCCUUCCCACAGGGCUGCAGUCCUGGCCUCUCCAUUUACUUCUUCCCAUCCUGGGACCUGCCAGGGCAGCAAUCUCUCCAGGUCCUGCAAAGAUGGAGCCAGAAUUCCCUUUUUCACUGAUAAAUAUAUUUCUUCAUUGCCAAAGAGGCUGUACCCAUCCUGAAGGCACAUUUGUGGGUUCCCCAUCAGCCAGGCCUUGGUGCUAACCUGGCUGAAUUUCACACAGGCUCUUACACACACACGCUCCUAGGAGACAUCUGCCUACACGGCAACCAUAUUUCCUCUGAAUGAGAAGGAAUUGAACCAAAAGUCCAAGAAAGAACUGAUUGCUUGUUCCAUAGGAGCUUAGGAAACAAGAAACCCUGGAUUGCCCAGGGGGUCUGAGAAGUUGGUUGGUGACUUUUUUUGCGGUUAAAUGAAGGGUGAUGGGGAGAUCAGCCCGAAUUGCCGCCUGCCUCUUGCUAAAUAGGAGCAGAGGACUUGGCCUGCAGCUCCUUGGGAGCCCUUGAUUGGGAAGAGAGUUUCAAGGGAGGCAGCUGGAUUCAAUCUAGCAGGUGGUCAGCUUCAGCUUUCUCCAUCGAAAUCCCAUUCUCCUGUCCAGAGGCCCAGUGGGUCAUCUCCCAAGGUGGGUGUGGACCCUGGCCUCAGAGGCCUUGCUGGUGCUGUCACCUCCCACCUGUUCCAUUCCGAGGCCUCACCCAGAAGUGGGACCCUCCCCUUCCUCACCAGAGCCACCGUGACUGUUUCUGAUGACCUGGAGAGUCAACAACAACCAGAAAGGUUUCUGCCCAGAGCAGGCUUCUUAAGGCCUUUACGAAGUUUUGUGCCUUCCAAGUGCUGAAGAAGACCUGGUCAGCCUAAAUCUUCCCAGUCCCGCUGUGGAGCUGUCAGUCACCGGAGUAAUGAGCUCCUGGUUCCUCGGGAGUCCUUCGUGCUGUGUGGCAGGGUUCCUCUCUAGACAAGUACACAGGCCCUGCCACCCUGACAUCAAACUGUUGUACUAUGAUCACAGUCCCUGUGCCAUCCUUUUCCAAGACUGGGGCUCACACCAUGUUUUUGAAUGAGAAUCCCUGCUGGUUGAGACUUUUGCUUCCACUUGUUUCCUUGGAGAUGUUUUUCCAAGAGCAUAAUGUACAUUAAAGUCUUCGAGUUGAGACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1019.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1069.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 572.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((...(((((.(((.(((.......))).))).)))))...))))......((((((((((((.((((((...((((((((((((....(((((.(((((........((((......))))((((((((((((((((.(.(((((((....((((((..(((((((.((((((.(((.((((....))))..))).))))))....(((((((...(((((.((...((((.(((((..((((((..((((((((((..((((((((((((..((.(((((((.(((.((.(((((.(((......)))..))((((((((((((..........(((((((((((((((...)))).(((((((((.(((.....)))((((((((...))))))))...((((((((((((((((.((((....))..))..)))))))).))))))))......((((..(((.((((........)))).)))......))))..)))).)))))...((((((((.(((((((.(((...((((((......((((((.((((((......))))))))))))))))))...)))...(((((((...(((((.(...).))))).....((((..(((....))).))))))))))))))).))).))))))))))))).))))))..((((((((((((...))))))))))))....((.((.((((((((((((.(((((((..........)).))))).)))).).(((.(((.((((((((.(((((.......(((....)))))))).)))))))).)))))).(((((((((.....).)))))....))).....((((((.((...)).)))))).))))))))).))((....)).)))))))))))))))...)).))))))))).).))..)))))))))).(((.((.(((((((.(((.(((((((..(((.((.(((((((((((.(((((((.(((((((...((((((((((((((((.......))))))(((((.(.((((....(((.....))).....)))).).))))).))))))))))...)).))))).))....))).)).)))).))))))))).)))..).))).....))).)))))))))).)))))....))..))).))))))).........(((((.((...........)).)))))......))))).....)..)).))))))))))))))...)))).))).........((..((((((....))))))..))..)))))))..))))))((((((((((..(((.(..((..(((((......)))))))..).))))))))))))).....((((((((((((((.((.(.....).)).)))))).)))......)))))..))))))))))))))))))).))))).(((((((((((((.((.....)))))..))))))))))))))).))))).))))))).(((((.....(((.((((((((((((...(((((((............(((((......)))))((((..((((....)))).))))..))))))))))))......((((..((.(((..((.....))..))).))..)))).)))))))))).....))))).......(((((...)))))((((((((............))))))))...........)))))...)))))).))))((..((((((.((.((((.....))))...)).))))))..)).....))))))))(((.(((((((((((...((....((((.((((((((..(((((((((((.....(((..((((((.....))))))..)))(((((((((.....)))))))))..(((((..(((...(((((((......)))).)))..))))))))...(((((.(((.......))))))))......)))).)))))))..)(((((((...((((((((.((......((((((((.(((((((...))))))).(((((..(((....)))....)))))........(((((((.(((..((((((....(((((..(.((((...)))).)..))))).)))))).(((((((((.(((.((.((........))..)).)))...))))))))).....((((.((((...)))))))).....(((((.((.......)).)))))..)))..)))))))..........(((((....)))))....((.((((((((((..((((((...((((........)))).))).))).)))))).)))).)).)))).....((((((((...)))).)))).((((((.....(.((((.(((((((((((....))))))))...))))))).)(((((((((((.....((.....))......))))))))))).))))))....(((((.((......)).)))))))))......)).))))))))....))))))).............)))))))))))....))..))).)))))))).)))....((((..((((((((....))))))))))))....))))).....(((((......)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((.((((...(((((.(((.(((.,...,.))).))).)))))...))))......,,....{{{{,,.((.((((((((((((.(((((((...((((.((((.(((((.{{((((((((((.((((((((((.((((((,(((((((((((((((((({{(.(((.,(((.((((((.(((.((((....))))..))).)))))).,)).,,))){{,.....,,,.....((((..(((((((((((.((.{.{{{....}}}.|.)).})}(((((..(((.((.(((((.......),}))))}.)))...))))).....{(((.....)))}))))))))..)))).}).})))))))))....)))))))))..|,((((((((...))))))))...((((((((((((((((.((((....))..))..)))))))),})))))))..,)))))))))).)))))..))))},))))){,({{(,,({{{({....)),))),.)}}|{((((((.((((((((.((...((((((......((((((.((((((......))))))))))))))))))((.((((({,(((({...,|||)}.)))))).)),......(((,{.(((....))).)}))},}}))))))).))).))))))||.{(((.(((.....((((((((((((...)))))))))))).....))).))))}}..,((((.(((((((..........)),})))).)))).}.((,{(((.((((((((.(((((..{....,{|....),,))))).)))))))).)))))),}))))))))).......((((..(({.{.((((((((((.((...)).)))))).))))).))).))))...))))...)))))))..,))))))))))))),|{||{{((((((,{({{((((({(,({.(((((((.(((.(((((({..(((.((.(((((((((((.(((((((.(((((((...((((((((((((((((.,....,))))))(((((.(.((((,...{{{.....))}.....)))).).))))).))))))))))...))}})))).))....))).)).)))).))))))))).)))..).)))}....})).)))))))))).)),||,..{|||,|.,},,{((((((((((.((((.{{..,..((((((((.,,.,..................(((......)))(((((.(((((.(((((((.,,,{{..,..((,.((((((....))))))..,,..|,,.,{{(,{,..{||||........,{{{,|,}}|{{{,,.,,,.{{((,,.)}}}..,({,..((((((((((,.,{{,...||||,{{({((({,.,,,({{((,,,)))})}}}{||{|||.,{{{{{(((,{(,(((({.(((({((.((.(((((((((((((.((.....)))))..)))))))))).|||||.,}}}},})))}),},.}}),,)}))}),)))))}}}.(((((((.....(((((((((((((..(((..((.((((((.(((.......(((((((((((((...{((.((..({.{{{(((...(((((,{.........,,(((({{{(((.(((((.(((({(((((..,{..,,.....,.)))))}......(((((((((............))))))))).......)))).)))))..........(((((((((({,{,..((((.....)))).......(((((((.....))},)))).}}...,...{{{.{.,,...,..}}..},,,,)))))).)))))))..........(((..((((((.....))))))..))){((((((({.....)))))))))....}}}..}}}}}})}}))},}))))}.)).))))}..)))),..((({,(((((.....))))))))))))))))))......))))))))).)))))..)),})))))))}))).....))))))).(((((((...))))))).}})))}}))})))))))))))...}}|,.......}}}.,,})},,}))))..)))))))..)))))))))),,))))))))...|{((,,,,.(((((((((.(((.((.{,........},..)).)))...))))))))).....((((.((((...)))))))).,...,,)})})}.)))).))))))))))),.,}.))}},|||,....,,,,,,(.,((({((..((...((.((((((((((..((((((...((((........)))).))).))).)))))).)))).)).))..}}}}}}||,,,||}}}))),})),)}},||{{,|{,{({(({..,{,{((((((|....,))))))),,,)))})}}|.((((((((({,,,,..,(.....,,.....,))))))))))).,,|||{......}}}}},.....{,,(((((...))))).,}},,,,{((.((((({{({.......))}.))))}.))}.))),,.,}|..}}))},|{|||||,.},,,,....,|||,,((((((((....)))))))),))),,..))))}.....(((({......)))))..
Back