Basic Information

Symbol
CALB2
RNA class
mRNA
Alias
Calbindin 2 Calretinin CAL2 29 KDa Calbindin CAB29 CR Testicular Secretory Protein Li 8 Calbindin 2, 29kDa (Calretinin) Calbindin 2, (29kD, Calretinin) Calbindin D29K
Location (GRCh38)
16:71358713-71390436
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001740.5
Sequence length
1454.0 nt
GC content
0.5461

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-510.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -534.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 382.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001740.5 NCBI
AGCGCGAGUGCCAGAGCCCAGCCGGCGCGGAGCGGGAGCGGUGCAGGCU… 1454 nt 0.5461
NM_007088.4 NCBI
AGCGCGAGUGCCAGAGCCCAGCCGGCGCGGAGCGGGAGCGGUGCAGGCU… 1360 nt 0.5522
Summary

This gene encodes an intracellular calcium-binding protein belonging to the troponin C superfamily. Members of this protein family have six EF-hand domains which bind calcium. This protein plays a role in diverse cellular functions, including message targeting and intracellular calcium buffering. It also functions as a modulator of neuronal excitability, and is a diagnostic marker for some human diseases, including Hirschsprung disease and some cancers. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the protein Calretinin (CR), an interneuron subtype marker, exhibited significantly increased colocalization with the neuronal activation marker c-Fos in the contralateral primary somatosensory cortex (S1) following a hind paw burn injury [Erdei et al. DOI:10.3390/ijms26083538].