Basic Information

Symbol
CALCOCO2
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Binding And Coiled-Coil Domain 2 NDP52 Calcium-Binding And Coiled-Coil Domain-Containing Protein 2 Antigen Nuclear Dot 52 KDa Protein Nuclear Domain 10 Protein NDP52 Nuclear Domain 10 Protein 52 Nuclear Dot Protein 52 MGC17318
Location (GRCh38)
17:48830971-48868228
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005831.5
Sequence length
3635.0 nt
GC content
0.4374

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1027.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1100.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 952.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((((.(((((((((.((.((((..((((((((((..((((((((.(((............)))))((((((.(((......((((((..((((((((((.....((((((.........(((((((.....)))))))...((((((.(((((...)))))...((((..((((......(((((((((.(.((..((((((.(......))))))).))).)))))))))........))))))))....)))))).((((((......)))))))))))).....................(((((.(((..............))).)))))....))))))).)))..).)))))...)))))))))......)))))).)))))))))))))).))((((((((((.(((.(((((((((........(((.((((..((((((((((((((((((((((((..(((..............(((((((((((((((((.......(((((((((((((((......((((((.((....(........)...)).))))))((((((.............)))))).((((((((((((((((.(((.((..((((((........((......))....(((((..((((((.((((((((((((...................)))).....((((.....))))..((((((..(((((((..(((.((((((.(((((.(((((..(((..(((.......(((.....(((((((((..((((..(((.((((.....(((((.....))))).....((.......))...)))))))..))))..))))))).))......))).......))))))..)))))))).))...))))))............(((...((......)).))).........)))....)))))))))))))........(((((.((..((..(((.(((((...((.(((....((((((..(((((((((....(((((((.((......((((((((((((.(((((...((.(((......(((((((((((((...((((((((((((...))))...((((....))))..)))).)))).))))))).(((..(((((((((....)))))....)))))))......(((((((((..((((((((((......)))...))..(((((((...))))))).......((((((((..(((((((((..((.......))....)))))))))(((((((...)).)))))....(((((((((.(((((.((.(((((.((((((......(((((((......((((((.((((.((((....))))..)))).)))))).....)))))))((..(((((((((.......)))))))).)..)).......(((((((((((((((....(((((((((((((.....((....))..(((((((((((((((.(((....(((((((..((....))(((....)))((.((((....)))).)).)))))))))).))))))))))).)))).(((....((((((((((((((.(((.(((((((........))))))).))).)))((.((((.(((((((((....(((.(((((((((.....((((....................)))).....)).))))))).))).(((.(.....((((((((.......(((.((((((.....)))))).))))))))))).....))))..((((...))))..(((((((.....(((((...........((((.........)))).....(((.((((((..(((.((((.(((...))).)).)).))).)))))).))).......((((((...((((((((.........)))).)))).))))))))))).))))))).....)))))))))..)))).))..............((((....((((....))))....)))).((((((((((....(((((((((......))))))))).......)))))))))).....))).))))))))...)))...))))))))))(((.(((((((....))))))).))).......................)))...))))))))...))))))).............)))))).....))))).)).))))).)))...))))))...))))))))...)))))..))))))))))))))).(((...((((((.((((.(((((((((((((...........((.(((....))).)))))))))))))))))))(((.(((((...))))).)))..))))))...))).))))))))))))))))))))))....)).)))))))....)))))))))))))))...)))))..))))).)))..))...)).)))))...))).))))).)))))))))))..(((...(.(((((((.....(((((......)))))....))))))).).))).....))))))..)).)))))))))..))......))))))))..(((((.(((((((..(((.....))))))))))..)))))..))))))..))))))..)))(((((((((((((((((.(((.(((.....((.(.(((((...))))).)))))).))))))))..))))).)))))))..............((((((....)))))).))))))))....((((((((..((.............))...))))))))...............((((((((((..((((....))))..))..))))))))(((((((((((.((......((.((((........)))).)).((((....)))).(((((((........))))))).....((((..(((((......(((.....))).......))))).))))....)).)))))))))))......(((((((......))..)))))..)))))))))......(((((((.((.((...)).))))))))))))...)))))))))).(((.....)))((((((....)))))))))))...........(((((..(((....)))..)))))...))))))))))))))))))))))).))..........(((..((((...((((((...((((...(((((((........)))))))...))))....)).))))....))))..)))...))))))))))))))))))))))..............((((.....)))).(((((((....((((........((....))........))))))))).))......)))))))))))..((((((...(((.((((((((......((((((.((.(.((((((...........((((((........))))))...........)))))).)))))))))...)))))))).))).))))))........((((((((.......)))).))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,{(((((((((((.(((((((((.((.((((,.{(((((((((.,{(((((((.{{,..,},,.....,|||}}((((((.(((......((((({..((((((({{{,,...((((((.........(((((((,...,)))))))..,||({{(|(((((...)))))...,,,{.,{(((...,..(((((((((.(.((..(((((,{(......))))))).))).)))))))))..,.....)))}},,,....}}}})}.{(((((......)))))})))))).....................(((((.(((..........|.,.})).)))))...}))))))).)))..,.)))))...)))))))))..,.,})))))).)))))))))))))).)){(((((((({.(((,,,,,......{,{{{{.,,,.||||{{{{((((,,,(((((((((((((((..,,{..,,,,,,.,....{{(((((((,{{,,,,,.......(((((((({((((((.,...,((((((.{{...,(,.......,...)),))))))|(((((.............)))))}.(((((((({{{(((((.(((.{(..((((((..{{,...{{......,},,..(((({..((((((.(((((((({{((..,{{............}}}..},.,,.((((.....))))..((({{{..{{{((((.,,(({((((((.(((({,(((((..(((..(((.......(((.....(((((((((..{({{..{{{.,,{{.,,.{({(((,....,}}}}....,{{.......},.,||||||||{.|||}..))))))}}})},,,..))).......))))))..)))))))).))...))))))....,,...,,.{{{...{{..,...|,.|||,..,,,..{,,}....})})))))))))}.....,.,{{((((((.,(,...,,.,.{{{..,((.{{(,...((((({.,(((((((((...,(((((((.{{......((((((((((((.(((((...((.{((......(((((((((((((...((((((({,,,{...||.|{..((((....))))..))}}|||}}.}}}}}}},|{,|||||{(,((({.,,|}},,....))).)))},}.,.{{{((((((..((((({{{,{......,)}...}}..(((((((...)))))))....,,.((((((((..(((((((((..((.......})....))))))))}{(((({,...}).)))))....(((((((((.({{{{,{({(({.....{{((((({..(((((((......((((((.((((.((({....})))..)))).)))))).....))))))){{,,{(((((({{{......)))))))).}.,}}..,,,..(((((((((((((((....((((((((((((({{...||,,..}}..(((((((((((((((.,,{{{{.(((((((..({....}}(((....))}((.((((....)))).)).))))))),))}))))))))))).)))).{{(....((((((({{{,,{(.(((.(((((((........))))))).))).))}((.((((.(((((((({....(((.(((((((((.....((((...,.,......,.,.,...)))).....))}}}))))).))),{{{,|.....{{(((({(..,....{{{,(((((({....})))||,|||}||||}}}.....,,,,}}||.},||||,,..{({,{{{.,,,.,||..},....||{{,((((....,,,,.}}}}...{.(((.((((((..{{{.((((.(((...))).)),}).}}}.)))))).))).......((((((...((((((((.........))))},))).)))))),}}},{|||||,,.,})}))))))))}..)))).)).....,.,....,,|{,,...,,,,|||,||,|{{,,.,,{{{{((|,((((({...,{{{,||||,...)))))),.)))})},}},)))))}}}||....,})},))))))))...))}...}))))))))}(((.(((((((....))))))).)))..,,.....,............}})}..,))))))))...))))))}..,........,.,,........}))))))))}))))).))),..})))))...))))))))...)))))..)))))))}}.},,,,.|||.,,,(((((.((((.((({(((((((((...........((.(({....))).)))))))))))}))))))))}|}|,||,..,||,,,,}}).}))))))},.))),))))))))))))))))))))))....,}})))))))....)))))))))))))))...}}}}}.,}|||},,,,.}}},.}))..)))))).))),})))).)))))))))))..(((...{.(((((((,,,..(((((......))))).,,.))))))).).))).....))))))..)).)))))))))..}),....,})))))))..{((((.(((((((..({,.....,),)))))))..)))))..)))))}..})))))..))){(((((({{((({(((,,(({.(((,,...{{,|.(((((...))))).)})))).)))))))}..})))}.))))))}.,...,{{{{.,..((((({....}))))),}}})}}}},...((((((((..((.............))...))))))))...............((((((((((..((((....))))..)),.,)))))))(((((((((((.((.,,...((.((((........)))).)).,,,,..,,||||.(((((((........)))))))...,,||((,,((({{......|||}},,,)}}..,...{||}}}.)))}.,,.)).)))))))))))...,..((({{{{......)),.)))))..})))))))),,,}}.{((((({,((.{,...,}.)}))))))},},...)))))))))).(((.....)))((((((....)))))))))))..}}}},,,,.,,.|||(((((((((....(((((((..((((....,(((,...})))......)))))))))))....))))))))).,,...{{{{...{((((((........))))))}...}}}|,,|.|},,.,,,||,.....,),,,..))})))))))))})))))))))...........,,,{({({,,..||,,,.,}||||....,,.|,,,.....{{{{,{|,......}})))}.....,}},},,..))))))))))).}|(((((...(((,((((((((......((((((.((.(.((((((.,.........((((((........)))))).........}.)))))).)))))))))...)))))))),))),)}})))},......((((((((.......)))).))))......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001261390.2 NCBI
ACUCUGCCCUGUUGCUGUCGCGCCGCUGCUGGUUGCUGUCCCUGGACCC… 3707 nt 0.4365
NM_001261391.2 NCBI
ACUCUGCCCUGUUGCUGUCGCGCCGCUGCUGGUUGCUGUCCCUGGACCC… 3698 nt 0.4378
NM_001261393.2 NCBI
ACUCUGCCCUGUUGCUGUCGCGCCGCUGCUGGUUGCUGUCCCUGGACCC… 3509 nt 0.4349
NM_001261395.2 NCBI
ACUCUGCCCUGUUGCUGUCGCGCCGCUGCUGGUUGCUGUCCCUGGUGGG… 3445 nt 0.4348
NM_005831.5 NCBI
ACUCUGCCCUGUUGCUGUCGCGCCGCUGCUGGUUGCUGUCCCUGGACCC… 3635 nt 0.4374
Summary

This gene encodes a coiled-coil domain-containing protein. The encoded protein functions as a receptor for ubiquitin-coated bacteria and plays an important role in innate immunity by mediating macroautophagy. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

A study in human cardiac tissue from ischemic cardiomyopathy patients demonstrated that the CALCOCO2 is downregulated in cardiomyocytes [Simonson et al. DOI:10.1016/j.celrep.2023.112086].