Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001261395.2
Sequence Length
3445 nt
GC Content
0.4348
ACUCUGCCCUGUUGCUGUCGCGCCGCUGCUGGUUGCUGUCCCUGGUGGGGUGGAAGACAACCCGUGAGUAUUACACCUUCAUGUGGGUUACUUUGCCCAUUGACCUAAACAACAAAUCAGCUAAACAGCAGGAAGUCCAAUUCAAAGCUUACUACCUGCCCAAGGAUGAUGAGUAUUACCAGUUCUGCUAUGUGGAUGAGGAUGGUGUGGUCCGGGGAGCAAGUAUUCCUUUCCAAUUCCGUCCAGAAAAUGAGGAAGACAUCCUGGUUGUUACCACUCAGGGAGAGGUGGAAGAGAUUGAGCAGCACAACAAGGAGCUUUGCAAAGAAAACCAGGAGCUGAAGGACAGCUGUAUCAGCCUCCAGAAGCAGAACUCAGACAUGCAGGCUGAGCUCCAAAAGAAGCAGGAGGAGCUAGAAACCCUACAGAGCAUCAAUAAGAAGUUGGAACUGAAAGUGAAAGAACAGAAGGACUAUUGGGAGACAGAGCUGCUUCAACUGAAAGAACAAAACCAGAAGAUGUCCUCAGAAAAUGAGAAGAUGGGAAUCAGAGUGGAUCAGCUUCAGGCCCAGCUGUCAACUCAAGAGAAAGAAAUGGAGAAGCUUGUUCAGGGAGAUCAAGAUAAGACAGAGCAGUUAGAGCAGCUGAAAAAGGAAAAUGACCACCUCUUUCUCAGUUUAACUGAACAGAGGAAGGACCAGAAGAAGCUCGAGCAGACAGUGGAGCAAAUGAAGCAGAAUGAAACUACUGCAAUGAAGAAACAACAGGAAUUAAUGGAUGAAAACUUUGACCUGUCAAAAAGACUGAGUGAGAACGAAAUUAUAUGUAAUGCUCUGCAGAGACAGAAAGAGAGAUUGGAAGGAGAAAAUGAUCUUUUGAAGAGGGAGAACAGCAGAUUGCUCAGUUACAUGGGUCUGGAUUUUAAUUCUUUGCCGUAUCAAGUACCUACUUCAGAUGAAGGAGGCGCAAGACAAAAUCCAGGACUUGCCUAUGGAAACCCAUAUUCUGGUAUCCAAGAAAGUUCUUCCCCCAGCCCGCUCUCCAUCAAGAAAUGCCCUAUCUGCAAAGCAGAUGAUAUUUGUGAUCACACCUUGGAGCAACAGCAGAUGCAGCCCCUUUGUUUCAAUUGUCCAAUUUGUGACAAGAUCUUCCCAGCUACAGAGAAGCAGAUCUUUGAAGACCACGUGUUCUGCCACUCUCUCUGAGUAUCCCAACCUCUUGGAUGUAUACAGAGAUUUUAUAGAAUAGAACCUAUAGCUUCUACCAUGAGUUAUAUGAGUCAAGAUCCUGCCUAACCUGAAAUUAUUAGGGAUUUACUCAGCCCUGCUGCCGCUAACAGUGGAGUUAUGUCACUGAUCUGAAGGUCACUGUUAAGGGCUUCUGCUGCCAUCCUUGUGGGUUGCUACCUUUAAGUCGCAUAACUCUAGCUGUAUCAUCCUCUCACCUGUCAUUCUUCUGAGGGUCUCAGUACAAGGGCCCUGGGAUGGAGCCAACCUGGGUAUUCACAACAGGCCUGACUUGAUACUAAGUGAUUAGUUUUCCAAGUUGUCCCACUGCCAUUCAAAGUCAGCCCUUGAGUGUAUUUGUUCUCAGUCCUAACCCUGGGGCCAGAGAUUGGUCCGAGGUUGAGAAUUCCUUCCUCCUCAUCCUUGGUGUUGCUUUCUCCAAAUGAUUGUUUUAGACUAGCCAAAAAUGCCGUGGCAAAGAGCUCAGAAAUCCAAUUUGGAUACCAAAGGUUUCUCAUGUUAAUUUCUCAGCCCCCAAAGAAGCAUCUUACUCCUGAACCUUAGACAGGAAGUAUUGUUUCAGUCACAGAAAGCUUUUCUGGGUACCUCUGGUUAGCACUUUCUACUCUCUGAUAUUUCCUAUGUACAUAGCUUUUAUUGUUGUAAAUCCUUUCUUAAUGGUUAAAUAGGAUUGUUAGCAACUAUGGGUUUGCAGUUUUCUGAGUAGGUGAGUUUUGAAUAUGGGUAAAUCAGAAUAAUGAGACAACUUGUUAAUCUCUUUAAUACUAAAAAUAAAUUACUCUUCUAUUUCAGGGACUUAGGUAAUUUAAAAUAAACCUUCAAUUUAUGGUCUUCUGUUUUGAAGCUCAUGGGAAAAUUGUGAUCAAAAGGGCUAUGGGAAGGGCAGACCCCGCCAAUGAUUUCUCUUCACCUGUCUUAAGAUUAAAUAAAAAAGAGUGUCCUGGCAGUUAUCUUGAGGUGGGGAAGGAGGUGAUGAAACAUUAGUUUGUGAAAUCCAAGGCCCUGGCUUGCUUUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAAACAGUCUCUCUCUGUCACCCAGGCUGGCGUGCAAUGGCGCAGUUGACUCACUACAGCCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCAUGCCUUAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUGUGCCGCAAUGCCCAGCUAAUUUUUGUGUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCACGUGAUCUGUCCACUUCAGCCGUCCAAAGUGCUGGGAUUACAAGCGUGAGCCACUGUGCUGGGCCCGAGGCCCUGACUUCUUGCUGUAACUUUCCAUGCAUUUUUUUUAAAAGGAGCAGUGUGGAUUUUCGCACCCUUUGUGAACUAAGUUCAAUGCGCUCUAUCCAAAUUUGCCUAAUUGAACUAUAAGAAAGUAAUAAUUCCAUUUUCUAUCCCCUCAGGGACUGAACAAAUGGAAAUAACUCCCAGGCAGUAUCAGGUGGUCACUACAGAGACUUCCACAAAAACUUUUGAAUGAUGUGAAACACGAUGUCAUGAAUAAGGGUUGAGCCAACUAUAGCUCUGUGUUCCUACUGGGCUUUCCCUAAUGUGGUUGGGAGUUAUGCCCUAGACUAACUGUAUUGUCCUAGUCACAGCUCCUUGCUUUGAUUUCAUCCUUGAUAAAAUGAAGAUGAAACUUACACUACUUCUCCAAGCCUUUUGCUGUCUUAAGAAUAAGACCUGAGAUUAACACUAACCCUAGAAUAGAAAUGUAAUAGGGAGAUGGUAAUAAAGGAGUUUUUCUGGCACAUACCCUCCCUACAGAAUUUCUGUUGCUCCCCAGAUCCAGUGAAGAAUUGCAGUUUCAUUUAUUUUGUACCAGUCAGCUCUUAAUUAAGUACAUGAAUGGAGAGGAACAGUGGUGCACAUAAUCCAAAUCAGUGAAUACCAUUUUCUGGUGAAUUACCCACCCCUUUGCCCCUGCUACCCCGAGGGUUACCAUGAUUGUCAACAGCAGCAGGAGCCCUUCCACAGGGCUUGGUAAAAAAACCAGUUGAGGUGUUAAUGACCCUUUUUGCUGGGUGUAAAACAAAGCAUCUUUAACCACUGUUCAUUAUCCCCAGCUGCUCUUACCAAGGCUUUGAAGGGGGAAAUUAUGCUCUAGGCAGCCACUAGUAGUAAACAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-973.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1043.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 846.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((...((.((((((((.(((((((((.((((.(((..(((((((((((..((..(((.(((.(((((.(((..(((.((((((......)))))))))........................(((((.(((..............))).)))))....((((.(((.((((((((((((((......(((((..((((......))))(((((((..((.((((((.....(((......)))...)))))).))....((((....))))(((((((((((((((..(((..............(((((((((((((((((.......(((((((((((((((......((((((.((....(........)...)).))))))((((((.............)))))).((((((((((((((((.(((.((..((((((........((......))....(((((..((((((.((((((((((((...................)))).....((((.....))))..((((((..(((((((..(((.((((((.(((((.(((((..(((..(((.......(((.....(((((((((..((((..(((.((((.....(((((.....))))).....((.......))...)))))))..))))..))))))).))......))).......))))))..)))))))).))...))))))............(((...((......)).))).........)))....)))))))))))))........(((((.((..((..(((.(((((...((.(((....((((((..(((((((((....(((((((.((......((((((((((((.(((((...((.(((......(((((((((((((...((((((((((((...))))...((((....))))..)))).)))).))))))).(((..(((((((((....)))))....)))))))......(((((((((..((((((((((......)))...))..(((((((...))))))).......((((((((..(((((((((..((.......))....)))))))))(((((((...)).)))))....(((((((((.(((((.((.(((((.((((((......(((((((......((((((.((((.((((....))))..)))).)))))).....)))))))((..(((((((((.......)))))))).)..)).......(((((((((((((((....(((((((((((((.....((....))..(((((((((((((((.(((....(((((((..((....))(((....)))((.((((....)))).)).)))))))))).))))))))))).)))).(((....((((((((((((((.(((.(((((((........))))))).))).)))((.((((.(((((((((....(((.(((((((((.....((((....................)))).....)).))))))).))).(((.(.....((((((((.......(((.((((((.....)))))).))))))))))).....))))..((((...))))..(((((((.....(((((...........((((.........)))).....(((.((((((..(((.((((.(((...))).)).)).))).)))))).))).......((((((...((((((((.........)))).)))).))))))))))).))))))).....)))))))))..)))).))..............((((....((((....))))....)))).((((((((((....(((((((((......))))))))).......)))))))))).....))).))))))))...)))...))))))))))(((.(((((((....))))))).))).......................)))...))))))))...))))))).............)))))).....))))).)).))))).)))...))))))...))))))))...)))))..))))))))))))))).(((...((((((.((((.(((((((((((((...........((.(((....))).)))))))))))))))))))(((.(((((...))))).)))..))))))...))).))))))))))))))))))))))....)).)))))))....)))))))))))))))...)))))..))))).)))..))...)).)))))...))).))))).)))))))))))..(((...(.(((((((.....(((((......)))))....))))))).).))).....))))))..)).)))))))))..))......))))))))..(((((.(((((((..(((.....))))))))))..)))))..))))))..))))))..)))(((((((((((((((((.(((.(((.....((.(.(((((...))))).)))))).))))))))..))))).)))))))..............((((((....)))))).))))))))....((((((((..((.............))...))))))))...............((((((((((..((((....))))..))..))))))))(((((((((((.((......((.((((........)))).)).((((....)))).(((((((........))))))).....((((..(((((......(((.....))).......))))).))))....)).)))))))))))......(((((((......))..)))))..)))))))))......(((((((.((.((...)).))))))))))))...)))))))))).(((.....)))((((((....))))))))))).......(((....)))(((((((((....(((((((..((((....((((....))))......)))))))))))....))))))))))))))))..)))))....)))))))..(((((.((((((((((((..................))))).)))))))..))))).))))))).))).))))......))))))))))).....)))...))..))))))).....((((.........))))..)))).))).).)))))))))).)).))(((((...(((.((((((((......((((((.((.(.((((((...........((((((........))))))...........)))))).)))))))))...)))))))).))).)))))(((........)))..)))))).))..))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{{{{{(({(((((,{{{{{({{{{(({(,{{,{{({,({{{(((((((.,{.{,{..,(((.({{.,.{{{{.{({.((((((......))))))})}........,,..{{{{.{{.....(((((.(({..........|,,,})).)))}}....)).))}).,)).,,,|||,|{{{||...}))}}.(((((((((((((((.(((((((,.((.((((((.....(((......))}...)))))).))....{((({(({{,,.(((((((((((((((..{,,...,.....,....(((((((((,{,,,,,,.......(((((((((((((((......((((((.{{...,(........,...)),))))))|(((((.............)))))}.(((((((((({(((((.(((.{(..((((((..{{,...{{......,},...(((((..((((((.(((((((({{((..,{{............}}}..}..,,.((((.....))))..((((((..{((((((..,((,((((((.(((({,(((((..(((..(((.......(((.....((((((({(..{{{{..{{{.,{{,..,,,({(({.....,}))}.....{{.......},.,}}|||}}|,.||}}..))))))}}})}.....))).......))))))..)))))))).))...)))))).........,,.{{{...{{......,,.|||....,...,,,}....))))))))))))}.......,,,((((((.,(,...,{.{.{({..,((.{{(,...((((({.,(((((((((...,(((((((.{{......((((((((((((.(((((...((.{((......(((((((((((((...((((((({,,,{...||.|{..((((....))))..))}}|||}}.}}}}}}},|{,|||||{(,((({.,,|}},,....))).)))},}.,.{{{((((((..((((({{{,{......,)}...}}..(((((((...)))))))....,,.((((((((..(((((((((..((.......})....))))))))}{(((({,...}).)))))....(((((((((.({{{{,{({(({.....{{((((({..(((((((......((((((.((((.((({....})))..)))).)))))).....))))))){{,,{(((((({{{......)))))))).}.,}}..,,,..(((((((((((((((....((((((((((((({{...||,,..}}..(((((((((((((((.,,{{{{.(((((((..({....}}(((....))}((.((((....)))).)).))))))),))}))))))))))).)))).{{(....((((((({{{,,{(.(((.(((((((........))))))).))).))}((.((((.(((((((({....(((.(((((((((.....((((...,.,......,.,.,...)))).....))}}}))))).))),{{{,|.....{{(((({(..,....{{{,(((((({....})))||,|||}||||}}}.....,,,,}}||.},||||,,..{({,{{{.,,,.,||..},....||{{,((((....,,,,.}}}}...{.(((.((((((..{{{.((((.(((...))).)),}).}}}.)))))).))).......((((((...((((((((.........))))},))).)))))),}}},{|||||,,.,})}))))))))}..)))).)).....,.,....,,|{,,...,,,,|||,||,|{{,,.,,{{{{((|,((((({...,{{{,||||,...)))))),.)))})},}},)))))}}}||....,})},))))))))...))}...}))))))))}(((.(((((((....))))))).)))..,,.....,............}})}..,))))))))...))))))}..,........,.,,........}))))))))}))))).))),..})))))...))))))))...)))))..)))))))}}.},,,,.|||.,,,(((((.((((.((({(((((((((...........((.(({....))).)))))))))))}))))))))}|}|,||,..,||,,,,}}).}))))))},.))),))))))))))))))))))))))....,}})))))))....)))))))))))))))...}}}}}.,}|||},,,}.})},.}))..)))))).))),})))).)))))))))))..(((...{.(((((((,,,..(((((......))))).,,.))))))).).))).....))))))..)).))))))))}..)),.....})))))))..(((((.(((((((..({,.....,),)))))))..)))))..))))))..))))))..))){(((((((((((((((,,(((.(((.....{{.{.(((((...))))).}})))).))))))))..))))).))))))).,...,{{((.,..((((({....}))))),))))}|}},...((((((((..((.............))...))))))))...............((((((((((..((((....))))..)),.,)))))))(((((((((((.((.,,...((.((((........)))).)).{{,,..,,|||}.(((((((........)))))))...,,||((,,(((({......{||,,..,)}}......,)}}}}.)))}.,,.)).)))))))))))...,..(((({{{......))..)))))..))))))))).,,}}.{((((({,((.{,...,}.)}))))))}}}}...)))))))))).(((.....)))((((((....)))))))))))..}}}}},,|,,,..,,{((((((((....(((((((..((((....,(((....})))......)))))))))))....)))))))))))))))).)))),{((((((........})))})|,,,..(((((((.{...(((((.{({.......}.)}).)))))....}.))))))).,,....,......,}},))))))))))).)))}...}}},)))},,.,,|,,{||.},,,,,,}}))),.}}}}.}},.},},))))))))))).}|(((((...(((,((((((((......((((((.((.(.((((((.,.........((((((........)))))).........}.)))))).)))))))))...)))))))).))),)}))))||......,{{||{{|,,,,,.,)))),))),......
Back