Basic Information

Symbol
CALR
RNA class
mRNA
Alias
Calreticulin Calregulin CC1qR CALR1 SSA CRT RO Sicca Syndrome Antigen A (Autoantigen Ro; Calreticulin) Endoplasmic Reticulum Resident Protein 60 FLJ26680 CRP55 ERp60 HACBP Grp60 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Li 99n Autoantigen Ro HEL-S-99n CRTC
Location (GRCh38)
19:12938578-12944490
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004343.4
Sequence length
1901.0 nt
GC content
0.5381

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-688.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -720.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 395.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004343.4 NCBI
GUCCGUACUGCAGAGCCGCUGCCGGAGGGUCGUUUUAAAGGGCCCGCGC… 1901 nt 0.5381
Summary

Calreticulin is a highly conserved chaperone protein which resides primarily in the endoplasmic reticulum, and is involved in a variety of cellular processes, among them, cell adhesion. Additionally, it functions in protein folding quality control and calcium homeostasis. Calreticulin is also found in the nucleus, suggesting that it may have a role in transcription regulation. Systemic lupus erythematosus is associated with increased autoantibody titers against calreticulin . Recurrent mutations in calreticulin have been linked to various neoplasms, including the myeloproliferative type.[provided by RefSeq, May 2020] CIViC Summary for CALR Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.