Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004343.4
Sequence Length
1901 nt
GC Content
0.5381
GUCCGUACUGCAGAGCCGCUGCCGGAGGGUCGUUUUAAAGGGCCCGCGCGUUGCCGCCCCCUCGGCCCGCCAUGCUGCUAUCCGUGCCGCUGCUGCUCGGCCUCCUCGGCCUGGCCGUCGCCGAGCCUGCCGUCUACUUCAAGGAGCAGUUUCUGGACGGAGACGGGUGGACUUCCCGCUGGAUCGAAUCCAAACACAAGUCAGAUUUUGGCAAAUUCGUUCUCAGUUCCGGCAAGUUCUACGGUGACGAGGAGAAAGAUAAAGGUUUGCAGACAAGCCAGGAUGCACGCUUUUAUGCUCUGUCGGCCAGUUUCGAGCCUUUCAGCAACAAAGGCCAGACGCUGGUGGUGCAGUUCACGGUGAAACAUGAGCAGAACAUCGACUGUGGGGGCGGCUAUGUGAAGCUGUUUCCUAAUAGUUUGGACCAGACAGACAUGCACGGAGACUCAGAAUACAACAUCAUGUUUGGUCCCGACAUCUGUGGCCCUGGCACCAAGAAGGUUCAUGUCAUCUUCAACUACAAGGGCAAGAACGUGCUGAUCAACAAGGACAUCCGUUGCAAGGAUGAUGAGUUUACACACCUGUACACACUGAUUGUGCGGCCAGACAACACCUAUGAGGUGAAGAUUGACAACAGCCAGGUGGAGUCCGGCUCCUUGGAAGACGAUUGGGACUUCCUGCCACCCAAGAAGAUAAAGGAUCCUGAUGCUUCAAAACCGGAAGACUGGGAUGAGCGGGCCAAGAUCGAUGAUCCCACAGACUCCAAGCCUGAGGACUGGGACAAGCCCGAGCAUAUCCCUGACCCUGAUGCUAAGAAGCCCGAGGACUGGGAUGAAGAGAUGGACGGAGAGUGGGAACCCCCAGUGAUUCAGAACCCUGAGUACAAGGGUGAGUGGAAGCCCCGGCAGAUCGACAACCCAGAUUACAAGGGCACUUGGAUCCACCCAGAAAUUGACAACCCCGAGUAUUCUCCCGAUCCCAGUAUCUAUGCCUAUGAUAACUUUGGCGUGCUGGGCCUGGACCUCUGGCAGGUCAAGUCUGGCACCAUCUUUGACAACUUCCUCAUCACCAACGAUGAGGCAUACGCUGAGGAGUUUGGCAACGAGACGUGGGGCGUAACAAAGGCAGCAGAGAAACAAAUGAAGGACAAACAGGACGAGGAGCAGAGGCUUAAGGAGGAGGAAGAAGACAAGAAACGCAAAGAGGAGGAGGAGGCAGAGGACAAGGAGGAUGAUGAGGACAAAGAUGAGGAUGAGGAGGAUGAGGAGGACAAGGAGGAAGAUGAGGAGGAAGAUGUCCCCGGCCAGGCCAAGGACGAGCUGUAGAGAGGCCUGCCUCCAGGGCUGGACUGAGGCCUGAGCGCUCCUGCCGCAGAGCUGGCCGCGCCAAAUAAUGUCUCUGUGAGACUCGAGAACUUUCAUUUUUUUCCAGGCUGGUUCGGAUUUGGGGUGGAUUUUGGUUUUGUUCCCCUCCUCCACUCUCCCCCACCCCCUCCCCGCCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAACUGGUAUUUUAUCUUUGAUUCUCCUUCAGCCCUCACCCCUGGUUCUCAUCUUUCUUGAUCAACAUCUUUUCUUGCCUCUGUCCCCUUCUCUCAUCUCUUAGCUCCCCUCCAACCUGGGGGGCAGUGGUGUGGAGAAGCCACAGGCCUGAGAUUUCAUCUGCUCUCCUUCCUGGAGCCCAGAGGAGGGCAGCAGAAGGGGGUGGUGUCUCCAACCCCCCAGCACUGAGGAAGAACGGGGCUCUUCUCAUUUCACCCCUCCCUUUCUCCCCUGCCCCCAGGACUGGGCCACUUCUGGGUGGGGCAGUGGGUCCCAGAUUGGCUCACACUGAGAAUGUAAGAACUACAAACAAAAUUUCUAUUAAAUUAAAUUUUGUGUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-688.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -720.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 395.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((.(((..((.(((((((((..((((((((......(((((((.(((((((((((((.(((..((.....(((((..(((((..(((((.(((.((((.....)))).)))((((((((.((((((((((((((.(.....).)))....))))))...)))))((((((((.((((((.((((((((((..(......)..)))))...))))).)).))))...)).))))))..)))))))).((((....((((((((.((((..(......)..)))).)))))))).))))..(.((((((.((..((((((.......))))))..)).)))))).).))))).))))).........))))).....)).))).)))))))))....((((((....((((....(((.((((((((((...(((....................)))..)))))))))).))).(((((((((((((((((.....)))...(((((((((((.((.((.(((.........((((..(((..((..(((((.......)))))....((.((((....)))).)).))..)))..)))).........))).)))).)))))).)))))...)))))).(((((...)))))..(((((.(......).))))).)))))...)))......)))).......))))))...((((....)))))))).)))))))......))))))))..)....(((((((.(.(((...((((...((....))...))))....))).).))).....((((...(((((((.((..((..((..(((..(.((((....)))).)..((((..(((((.......)))))...))))....))).))..))..)).))))).))....))))...)))).((((((((((..((.....((((((....)))(((..((((((((....(((............)))))))))))..))).((((((....(((..((((..((...((((((....((((((((((......)))))))..((((((.....((((.(...).))))....))))))...)))....))))))......))..))))......)))......)))))).....(((((.(((..............((.((((((((((((.((((((((.(((((((((((.(((.((.((((((((((((.(((.((.(((((.(...(((((((((((((((((((((((((......((((((((..((.(.((((.(.(.((((....)))))).)))).).))..)))))).))((((........))))((((...))))......(((((...)))))...........))))))))))).(((.((...(((...(((((((....(((...............))).......))))))).))))))))..............................))))))....))))))))...))))))))))).)))))))))))).))..))).)))).))))))))))))))).)))))))....))))).))))))))))..((((((((.(((.(((((((.....)))))..........(((..((((((((((..((((...))))))))))))))..)))((((((((.....)).)))))).......(((((((...((((..............))))...))))))))))))))))))))...))).)).)))))))))))))))))).)).))))).))).......((((.((((.....)))).(((((((((..........))))))))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,({(,.(((..((.(((((((({..((((((((......((((((({(((,(((((((((.(((..((.....(((((..(((((..(((((.(((.((((.....)))).)))((((((((.{{,,,((((((.{,{(.,(((,...,))))})).)}})})))||((((((,({((((((.((((((((((..{......)..)))))...))))).)).)))}..,)).)))))),.)))))))).{{((,...((((((((.((((..(......)..)))).)))))))).}))).,(.((((((.((..((((((.......))))))..)).)))))).).))))).))))).........))))).....)).))).))))))))).}}}|{(((({(({,,,,,}}}|||,((((((((((,..,((....................}}),.)))))))))).,}}.{{{((((((((((((((.....)))...(((((((((({.((.((,(({.......,,((((..(({,.{{..(((((.......)))))....({.((({....}))).}}.}}..})),.)))}}.,......))).))}),)))))),,))))...)))))).(((((...)))))..(((((.(.....,}.))))).)))))....|,,|....}}}}.,||...})))),...{{({....))))}))}.)))))))......)))))))),.}....(({,(({.{.(((...((((...((....)).,.)))).,..))).}.}||..,..((((..,{{(((((.((..((..((..(((.,,.((((....)))).|.,((((,.{{{||,,,,...})))}..,)}},.}}}))).))..))..)).))))).}}.,..)))).,})))}.((((((((((..,{....,{(,({(,...|||({(.,((((((.....,(((............)))||||||||{,{||{(((,.,..}})))..||||}}||}..{(((((....{{,(((((((......)))))))..{(((((...,.{(((||...},)))).,..)))))}...,}},..,)))))}......,,..|,,|...,.}}.}..,|{{{...,)}}}..(((((.(((..............((.((((((((((((.((((((((.(((((((((((.(((.({.{(((((((((((.(((.((.(((((.(...(((((((((((((((((((((((((....,,((((((((..((.(.((((.(.(.((((....)))))).)))).).))..)))))).))((((.,{...||))))((((...))))......(((((...)))))..}.}......))))))))))).(((.((...(((...(((((((....{((....,..........}}).,.....))))))).))))))))...................,,.........))))))},..,}))))))...))))))))))).)))))))))))).)}..))).)))))))))))))))))))).)))))))....))))).))))))))))..((((((((((((.(({((((.....))))}..,{({....{{{..((((((((((,,((((...))))}))))))))).,))}((((((((.....))},)))))},}..,.(((((((...((((..............))))...)))))))))))))))))))).,))))}},.)))))))))))))))))).)).))),,,))|{{,...,|||..{(((.....)))}.(((((((((..........))))))))).,,,.
Back