Basic Information

Symbol
CAMK2A
RNA class
mRNA
Alias
Calcium/Calmodulin Dependent Protein Kinase II Alpha CaMKIINalpha KIAA0968 CAMKA Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase (CaM Kinase) II Alpha Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Type II Subunit Alpha Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Type II Alpha Chain Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase II Alpha-B Subunit CaM Kinase II Alpha Subunit CaM Kinase II Subunit Alpha CaM-Kinase II Alpha Chain CaMK-II Alpha Subunit CaMK-II Subunit Alpha EC 2.7.11.17 CaMKIIalpha EC 2.7.11 CaMKIIα CAMKIIA MRD53 MRT63
Location (GRCh38)
5:150219491-150290093
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden death from CNS diseases Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015981.4
Sequence length
4837.0 nt
GC content
0.5466

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1833.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1917.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1272.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363989.1 NCBI
CCCCACUUAAUCCCAUCCCGUCUGCUACAAGGGCCCCACAGUUGGAGGU… 5023 nt 0.5485
NM_001363990.1 NCBI
CCCCACUUAAUCCCAUCCCGUCUGCUACAAGGGCCCCACAGUUGGAGGU… 4990 nt 0.5495
NM_001369025.2 NCBI
AGAAGCCCCGGGCUCGUCAGUCAAACCGGUUCUCUGUUUGCACUCGGCA… 4833 nt 0.5479
NM_015981.4 NCBI
AGAAGCCCCGGGCUCGUCAGUCAAACCGGUUCUCUGUUUGCACUCGGCA… 4837 nt 0.5466
NM_171825.3 NCBI
AGAAGCCCCGGGCUCGUCAGUCAAACCGGUUCUCUGUUUGCACUCGGCA… 4804 nt 0.5477
Summary

The product of this gene belongs to the serine/threonine protein kinases family, and to the Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinases subfamily. Calcium signaling is crucial for several aspects of plasticity at glutamatergic synapses. This calcium calmodulin-dependent protein kinase is composed of four different chains: alpha, beta, gamma, and delta. The alpha chain encoded by this gene is required for hippocampal long-term potentiation (LTP) and spatial learning. In addition to its calcium-calmodulin (CaM)-dependent activity, this protein can undergo autophosphorylation, resulting in CaM-independent activity. Several transcript variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2018]

Forensic Context

A study in human post-mortem brain tissues demonstrated that the CAMK2A gene was down-regulated in chronic traumatic encephalopathy (CTE), CTE with Alzheimer's disease (CTE/AD), and Alzheimer's disease (AD) compared to normal subjects, indicating its role in memory function and long-term potentiation [Cho et al. DOI:10.1038/s41598-020-65916-y]. A separate study in human post-mortem tissues from sepsis patients found that the CAMK2A gene was down-regulated as part of the inhibited signalling by Wnt pathway specifically in the kidneys and lungs [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938]. A study in mice demonstrated that hypothermia-induced neuronal necroptosis in the cerebral cortex involves a mechanism of oxidative stress and mitochondrial damage [Wang et al. DOI:10.1186/s11658-025-00772-0].