Basic Information

Symbol
CAMK2B
RNA class
mRNA
Alias
Calcium/Calmodulin Dependent Protein Kinase II Beta CAMK2 CAM2 CAMKB Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Type II Subunit Beta Proline Rich Calmodulin-Dependent Protein Kinase CaM Kinase II Beta Subunit CaM-Kinase II Beta Chain CaMK-II Subunit Beta EC 2.7.11.17 Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase (CaM Kinase) II Beta Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Type II Beta Chain CaM Kinase II Subunit Beta CaMKIIbeta EC 2.7.11 CaMKIIβ CAMKIIB MRD54
Location (GRCh38)
7:44209993-44334577
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001220.5
Sequence length
4545.0 nt
GC content
0.6042

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1920.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1995.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 938.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((((((((((.(((.((.((...(((((((.(((((.(((((.((((.((((.(((((.....))))))).)).)))).))))).(((....))).))))).))))).))....)).))))).)))..).)))))))))).))))...(((((((((((((((.((.(((.(((..((((((....(((((..((..((((....))))..))..))....)))..((((((((((((((((((.....(((((((...((((.((....))...)))))))))))..................(..((((((((...(((((..((((...)))).....(((((((((((((((.((........))...........((((.(((((.(.((((..(((.(((((((..((.((((((((.((((...)))).)))....)))))))..))))))).)))..)))).).).))))))))(((((.(((((....)))..)).)))))....)))))))).(((((((((....((((((..((.....((((((((((((.((((((..((((.((....)).)))).(((((((((.(((...(((((((.(..(((.(((((((((((((((........)))))))((.((((((((..((((...((...(((..(.((((....)))))..)))...)))))).))))))))))...((.((((.(((((.(..(((((.(((((((((....((((((((...((...(((((((((((((...)))))......((((((.(((..(((....)))((((((((........))))))))........)))))))))..)))))))).)).))))))))....))...............)))))))....))).))..).))))).)))).))...(((((((.(((......)).).)))))))))))).((((((((((((.(((((...)))))...........)))))))))))).((((....))))............))))))..).))))..)))...)))..)))))))))...))....)))).)))))).....)))).)).....))..))))))......)))))))))((.....)).((((((((((((......(((...((((.((.....)).))))...))).(((........))).....((((........)))).....)))))))))))).((((..((........))..)))).)))))))......(((...(((((......)))))))).........)))))))))))))..)......)))))))))))............)))))))(((((((((((((...((((....(.(((((((((...(((((((((((..((((.((((((((((((((((((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((...((((...((((...(((((((((((.......)))))))))))....)))).((.(.(((((((((...)).)))))))).))))))((((((((((((((((((..(((((((((..((...((((((((((((.......))))))..((((....)))).(((((.((....)).).))))(.(((((((.(....).))))))).)((((.(((.(((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((..((.((((.............((((((.....((..(((((((.((((...........))))))))).)).))...)))))).(((((.(((...(((....))).....))).)))))...)))).))...))))))).(((((((((.((((......)))).))).)))..))).(((((((((.(((.((..((..((((((....(((.(((....)))...)))..)))))).))..)).)))))))......(((..((((((.(((((((((((((((.(((.((..(((((((((.(((((..((((((.(.(((((((...((((...))))(((((.((.....))))))).((((((.((((.((.......))))))..))))))....))))))).).))))))..))))).).))))))))..)).((((((......))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))...((((.(((..((((..(((.((((...........)))))))......((((((.......))))))....................((((.(((..................))).))))................................))))..))).))))...))))).......((.(((((.((((((((..............)))))))).))))).))((((.(((...(((((((((((.((.((..(((((......)))))))..)))))))..((((((..(..(.((((..(((.(((((....(((.(((((..........))))).))).....))))).))))))).).)..))))))(((((((((((((((((.((........((((((((((((((((((..((((((((((...)))))((...(((((.(((.....)))...)))))..)).......)))))..)))))))(((.(((((((.....)))))))..)))...(((((.(((((((..(((..........)))..))))))).)))))(((((((((((((((((.((((((((.(((((.((((.((((...(((((((((.((......(((..((...)).))).......))...)))))))))...)))).)))).))))).(((...)))...))))))).).)))......)))).)))).)))))))))))))))))...((((....))))....)))))))))))...((((.((....))))))(((((((((.(((...((((((....(((...((((((((((.((((((((...((((.((((((((((((.(((.(((((.(((((((((((((((..((((.(((((....((((((((((.(((((....((((..((((.(((((...))))).))))...))))(((((......))))).((((((....))))))......(.((((((.....)))))).).....((((....)))))))))))))))))))..))))).))))...))))))).))(((........)))..)))))).))).))))).))))))).((((((((.((..((((....)))))).))))))))............))))).))))....)).)))))).)).)))))))))))...)).)))).))).))))))))))))))))).))))))..))).)))).(((((....)))))....)))).))..(((((((.(((.((......)).))).))))))).....))).)))))))))))..))...)))))))..))))))).)))))).)).))))).))))...(((((((((.((((.(((...((((.(((((((...))))))).))))....))).)).)))))))))))((((.(((.((...)).)))))))...(((((....))))))))))))).))))))))))((........))..))))))))))))))..))).))))))......(((((((((((((.(((..(((((........)))))..(((((....))))).))).))))))..............(((((...)))))((((.......))))..((((.............))))..((((((((..((((((..(((((....).))))....)))..(((((.(((((((...(((....)))..)))))))...)))))...)))..)))))))).((((....))))))))))).........((((......))))(((..((((....))))..))).)))))))))).))).))))))(((..(((((.......)))))...)))....)))).)).))))...)))))).)))))))))))))).)...))))...))))...(((.((((........)))))))......))))))))).....((((((.....((........))))))))...((((.(((.....))).)))).)).))))..))).))))).))))))))))).((((((((((((((...(((........))).)))))))))))))).............(((((((((..((((((.(((............((((...(((((.(((.......))).)))))...)))).....))))))))))))...))))))......))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,..((((((((((((((((((,((({((.((...(((((((.(((((.,((((.((((.((((.(((((.....))))))).)).)))).))))}.(({....))).))))).))))).)).)}.)).)))}).)))..),})))))))))},)))..,(((((((((((((((.({{(((.(((..((((((.{{{{,.{{.|((,,((({..,,||||,.,|,{||...{||{,,((((((((((((((((((.....(((((((...((((.((....))...)))))))))))...,..............(..((((((((...((((({.((((...)))).....(((((((((((((((.((........))...........((((.(((((.(.((((..(((.({{(((((((((((((((((.((((...)))).)))....)))))))))))))))).)))..)))).).).))))))))(((((.(((((....)))..)).)))))....)))))))).(((((((((....((((((..{{...,|({((((((({{{.{{{|||,,,{((,((,,..}}.}}}|.{((((((((.(((...{((((((,(..((,,(((((((((((((((....,,..})))))|((.((((((((..((((...((...(((..{.((((....))))}..)))...)))))).)))))))))),..((.((((.(((((.{..{((((.((((((({{.,..((((((((..{({...(((((((((((((...)))))......((((((.(((..(((....|}}((((((((........))))))))...,,.,.)))))))))..))))))))}),.))))))))....)),..............}))))))....))),}}..,.))))).)))).)).,,((({{{{.|||,..,,,)).,,))})))})))}}.((((((((((((.{({((...}}))).,.....,,..)))))))))))),(({,....}}},..,,|||,,...,})))}..},)))}..)))...)}}..))))))))}...,},...)))).)))))).,,,.}})).)},,,.,)),.))))))......))))))))){{.....}}.((((((((((((......({{...((((.{(,....,}.}}))...}}).(((........))).....((((........)))).....)))))))))))).((((..((........))..)))).)))))))......((({..{((((......)))))))),......,.}))))))))))))..)......))))))))))}...........,))))))|(((((({{{{{{{.,,{(((....{.(((((((((...(((((((((((..((((.(((((({(((((((((((({..,,((((,.,{(((((((((((,{(((((((((...,,((...((((...(((((((((((.......)))))))))))....)))).({,(.((((((({,...,}.))))))),})},,||((((((((((((((((((.,(((((((((..((...((((((((((((.......))))))..((((....)))).(((((.((....)).),,)))(.(((((((.{....}.))))))).,((((.(((.(((((((.(((((((((((((((((.............((((((((((,..,.....,,.,,{{(,,,.,{{,..,},}}}}}}..((((((((((((((.((((,.,((((....,,}}|}.(((((.(((...(((....))).....))).))))){{{{{((({.(((((((.((.,.{((((((.{(((.,,,{((((,.,.((((((,,.{.{((((.(({{((..{((((.{({{,...({.((((..{(({,..,,...{((,((((((((.(((((((..(((.((({{.(((..((((((.(((((((((((((((((((.{(,.(((((((((.(((((..((((((.(.(((((((...((((,..})}},{{{|{{{.....}}}}}||.((((((.((((.((.......))))))..))))))..,.))))))).).))))))..))))).).))))))))..)).((((((......))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))..,({((,{{,..{||{..(((.((((.........,.)))))))..,,..((((((.......})))},....................{{{{|{{,,,,,.....,........,}}.||||{.......,,.......................,,,.,||,{|||...,{,.{........{{.(((((.((((((((..............)))))))).))))).)}..,}||}}}},,|},.,(((((.((.{{..(((((......)))))})..))))))))}})}}},,.}.,}))))).))).)))))))...,,,.{{{{{..,,,,,...))))).,))))))))}},)}}))),,)))).))...))}))))).))))).)))))}.)}...)))))).}},))}}))}|))||))))))}(((((...))))).))))))))).,)))))}}).)))).))))))))))))))))))))))))|,,.,(((.(((((({.....}))))))..)))...(((((.(((((((..(((..........)))..))))))).))))).((((((((((((((((.((((((((.(((((.((((.(({{...(((((((((.({......(((.,{,...)}.))).......}}...))))))))).},,))).)))).))))).(({...}))...))))))).).)))......))))}}))).))))){{,,{{{.((((...))))(((((((((........,..)))))))))..,,...}))))}((((((((((.(((...(((((,....({{...((((((((((.((((((((...((((.((((((((((((.(({{(((((.(((((((((((((((..,((({(((((....((((((((((.(((((.,..{({{..((((.((({,...,)))|,||}},,,|}}}||||,,,,,,.}}}}|{((((((....)))))).}}.,,(.((((((.....)))))).).....||||,.,,},)))))))))))))))))..))))).))))...))))))).)){((.,,.....))}..)))))).))).))))).))))))).{(((((((.((..((((....)))))).)))))))},,(,...,,},.))))).))))....))})))))).)).)))))))))))...})})))).))).))))))))))(((((((..((.(((((.(((((....))))).))).)).))..))))))).(((((((.(((.((......)).))).)))))))....)))).))))))))))),.})...)))))))..))))))).)))))).)).))))).)))).,.(((((((((.((((.(((...((((.(((((((...))))))).))))....))).)).)))))))))))((((.(((.((...)).)))))))...(((((....))))))))))))).))))))))))|},.,,,...)}..))))))))))))))).))}.))))))}}.}}.||||||||(((((.{,..,(((((({({....,,))))}||||||,,||||||{||||||||||.,,...........{(({,...})}}|{{{{.......,,|||{(({{.............,)))}}|||||{{{..|||||,.,|||{....{,.||||....}}}.,|||{,,|((((({,..(({....}))..))))))}...,,,}},,,))),.)))}}|}}.{{,{,{{{|||||,,,|||{{..,.{{|((,,..||.,||}|(({..|||{..,.)))}.,))),))}})))))),)))}))))))||{..(((((.......)))))...,)),,..)))).)).))))...))))))},))))))))))))).,...)))}..,)))),,,||{.{|||,},,.,,}))}))))......)))}}},,....,.{(((((......{....,...,,)))))}...((((.(((.....))).)))).)).))))..))).))))).))))))))))).((((((((((((((...(((........))).)))))))))))))).............({{{(((((..((((((.,{{..........,.((((...(((((.(((.......))).)))))...)))).,...}}})))))))))},.,}})))......))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001220.5 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 4545 nt 0.6042
NM_001293170.2 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 2386 nt 0.5985
NM_172078.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 4173 nt 0.5957
NM_172079.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 4101 nt 0.5942
NM_172080.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 4098 nt 0.5942
NM_172081.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 4056 nt 0.5949
NM_172082.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 4023 nt 0.5958
NM_172083.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 3984 nt 0.5941
NM_172084.3 NCBI
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCC… 3894 nt 0.5973
Summary

The product of this gene belongs to the serine/threonine protein kinase family and to the Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase subfamily. Calcium signaling is crucial for several aspects of plasticity at glutamatergic synapses. In mammalian cells, the enzyme is composed of four different chains: alpha, beta, gamma, and delta. The product of this gene is a beta chain. It is possible that distinct isoforms of this chain have different cellular localizations and interact differently with calmodulin. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2014]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that amphetamine sensitization, a model of psychosis, resulted in a statistically significant 8% increase in the CAMK2B mRNA in striatal tissue compared to saline-treated controls [Greenstein et al. DOI:10.1002/Syn.20429].