Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_172078.3
Sequence Length
4173 nt
GC Content
0.5957
AGAUCUCGCGUGCGCUCGCCGCCCGGCGCAGCCCAGCCCGGCCCCCGCCUGGCGCCGCGAGCCGAGGUGUCUCCCGCGCCCGCGCCCGUGUCGCCGCCGUGCCCGCGAGCGGGAGCCGGAGUCGCCGCCGCCCGAGCGCAGCCGAGCGCACGCCGAGCCCGUCCGCCGCCGCCAUGGCCACCACGGUGACCUGCACCCGCUUCACCGACGAGUACCAGCUCUACGAGGAUAUUGGCAAGGGGGCUUUCUCUGUGGUCCGACGCUGUGUCAAGCUCUGCACCGGCCAUGAGUAUGCAGCCAAGAUCAUCAACACCAAGAAGCUGUCAGCCAGAGAUCACCAGAAGCUGGAGAGAGAGGCUCGGAUCUGCCGCCUUCUGAAGCAUUCCAACAUCGUGCGUCUCCACGACAGCAUCUCCGAGGAGGGCUUCCACUACCUGGUCUUCGAUCUGGUCACUGGUGGGGAGCUCUUUGAAGACAUUGUGGCGAGAGAGUACUACAGCGAGGCUGAUGCCAGUCACUGUAUCCAGCAGAUCCUGGAGGCCGUUCUCCAUUGUCACCAAAUGGGGGUCGUCCACAGAGACCUCAAGCCGGAGAACCUGCUUCUGGCCAGCAAGUGCAAAGGGGCUGCAGUGAAGCUGGCAGACUUCGGCCUAGCUAUCGAGGUGCAGGGGGACCAGCAGGCAUGGUUUGGUUUCGCUGGCACACCAGGCUACCUGUCCCCUGAGGUCCUUCGCAAAGAGGCGUAUGGCAAGCCUGUGGACAUCUGGGCAUGUGGGGUGAUCCUGUACAUCCUGCUCGUGGGCUACCCACCCUUCUGGGACGAGGACCAGCACAAGCUGUACCAGCAGAUCAAGGCUGGUGCCUAUGACUUCCCGUCCCCUGAGUGGGACACCGUCACUCCUGAAGCCAAAAACCUCAUCAACCAGAUGCUGACCAUCAACCCUGCCAAGCGCAUCACAGCCCAUGAGGCCCUGAAGCACCCGUGGGUCUGCCAACGCUCCACGGUAGCAUCCAUGAUGCACAGACAGGAGACUGUGGAGUGUCUGAAAAAGUUCAAUGCCAGGAGAAAGCUCAAGGGAGCCAUCCUCACCACCAUGCUGGCCACACGGAAUUUCUCAGUGGGCAGACAGACCACCGCUCCGGCCACAAUGUCCACCGCGGCCUCCGGCACCACCAUGGGGCUGGUGGAACAAGCCAAGAGUUUACUCAACAAGAAAGCAGAUGGAGUCAAGCCCCAGACGAAUAGCACCAAAAACAGUGCAGCCGCCACCAGCCCCAAAGGGACGCUUCCUCCUGCCGCCCUGGAGCCUCAAACCACCGUCAUCCAUAACCCAGUGGACGGGAUUAAGGAGUCUUCUGACAGUGCCAAUACCACCAUAGAGGAUGAAGACGCUAAAGCCCGGAAGCAGGAGAUCAUUAAGACCACGGAGCAGCUCAUCGAGGCCGUCAACAACGGUGACUUUGAGGCCUACGCGAAAAUCUGUGACCCAGGGCUGACCUCGUUUGAGCCUGAAGCACUGGGCAACCUGGUUGAAGGGAUGGACUUCCACAGAUUCUACUUCGAGAACCUGCUGGCCAAGAACAGCAAGCCGAUCCACACGACCAUCCUGAACCCACACGUGCACGUCAUUGGAGAGGAUGCCGCCUGCAUCGCUUACAUCCGGCUCACGCAGUACAUUGACGGGCAGGGCCGGCCCCGCACCAGCCAGUCUGAGGAGACCCGCGUGUGGCACCGCCGCGACGGCAAGUGGCAGAACGUGCACUUCCACUGCUCGGGCGCGCCUGUGGCCCCGCUGCAGUGAAGAGCUGCGCCCUGGUUUCGCCGGACAGAGUUGGUGUUUGGAGCCCGACUGCCCUCGGGCACACGGCCUGCCUGUCGCAUGUUUGUGUCUGCCUCGUUCCCUCCCCUGGUGCCUGUGUCUGCAGAAAAACAAGACCAGAUGUGAUUUGUUAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAUGACGACGACAACCACAAAAAAAAUUGACAUCAGAUGAAAUGAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAACUAAAGGAAGGAAAAAGCUGUAAAAAUCACUGGCAUUCGUGGGGCCACUCCCCACCCAAGCUCCACGUGUGUCCGUCUGUGCUCCUGGCCUCUGGGGGACCAGCUGGGACAUGAACUUGUCUGCCAGGCCCCCGUCGCGUGCUGAACGGUGUUAGUUUGUAGGUAACGCACACACCCCACACCUAAGGUGUCUGCAUCCUCCUGCCAACGCAUGGGCUCCACGUGGUGUGCUCGCUGGCUGUCGUGACUGUCAGCUGUCUCUUGGGAGGGGCUGUGGGGGCCCGCUGGGCUGCCUCCUUUCCCGCUAGUUGUGCCUGAGAGUUGCUGUUGUUCCUGCUUUCCCUUCCCUUCCUUUCAUCCCCUGAAGGGCUAGGUGUGGGUUUUCCGUGCCCGGUAUCCCCACACACCCAGCACGGACAACCCUUCGGCAGAGCCCAGGCCGGCCCCUCACCCCCUGGAGUAUUGAAACUGGAGUCCCGUCCCCAAGGCCUUCAGAGAUGCCCCUACACACCCAGGGCUCCAGCUCUGGUCCUUCUGGGGGAGUAAAGUGCAAAGAGGGGCACAGCUUAGUUUUGGGCCUCUCGCCGAGCAAGAGACAGCACUGCUGGCUACAGCUCCAACACAGCCAGCUGUGGCAAGAGGACUCUGCCUGGGCUGGCCCCCCUCCUGUGUGAGGUGUCUGUCCCUUCUCUGCUGGCCAGCAGCAGAUGCACUGGCAGCUCCCAACCCUGUUUCCGCCCCUCGGCCCUCCCCCAGCCUGUUCGGCUUCUCUGCAGCCCGCAAGGGGGAGCAGACUUUUGACAAAGGACUGCGGGCCUCGCUCAAGUCCCUGAGCCCCCAGCUGAAGCUGGGAGGGGAGGCCAGGCUUUGUGUCUGGGCAUAUUCGUCUGCUGAUGGGGUUUGGGGAAGCCUGGGGCUUGGGGUUUGGUCGGGUGGUGCAGCUAGUGGCAGAGCGGGAUCAGAGGUGGUGGCUGCCCAGCUUCUGGGCUGAGACAAGGGUCUGUGCAGGGGUUUACUGAAGUGGGAGUGCCUUUGGAAUCUGGGCCGGGAGCAGAAGGGAGCAAAAGCUACAGUGGGAGCCAGCCUAGGGCACAUGGGAGGCGUGAGGGCAGUGCUGCCCGUGCAGUGUCAGGUGUGCCAGUGCCUUGGCGGGCUGCAGUGCGUGUGAGGGCACCUUCUAGGUGGGCCAGGGAUGCAGCUAUGGAGAUAAGGCGGGCUGGGGACAGAAACAGGUGGGCACAGGGCCCAGGACACCAGCGGAUGGAGGGCAGGGUCUAGCCCUGUGCUCCUGAGCGUCGGCUGCCUGGGUUCGAGGCGGUGGGUCCCCGGCCCCUUGUGAUGGUGUGUACCAUGGGGGAGCUCGGGGACAGGGCAAGCCCGAGCAUGGUGGGGCUGCAGGGUGGGUCUGAAGCCAGGUUGGGUGGGGGUGGUCACAAGCCCUGACUGCAGAGGGUCAGGGGCUCCUGCCCCAGUGCCUGCCCACUUUCAAUUCACAUUGUUUUCAACAAGGAUUUUCUUUAUCUUCCCCUACAAAUCAAGCCAAGGGAGGGGCACAGAAUGGGGAACAGGACACAGGAUCCUAAACUCCAAGGGGACUGUCCACCGAUGAACACUCAGAGUGGACACCAUCUUCCGUCCACGCUGUGCCCAGGACAGCUGUCCCCAUCCAUGAACACAGGGUAAACAUCUGCCGGGCUCCGCACCAGUGGCUCCCUGGGCCAUGGGACAGCGGCAGGGCUCACCACGGACAGCACGUGGCCCAGCAGCCGGCCACCCUGGCGUCCUGGGGCCUCCUCCCCUCCUCUCCCUCUCACCUUGUCACCUCCACGGAGCUGCCUGUCUGGGAUAAUUUGGGGAUUUUUUUUCUGGGGGAUAAUUCUUUUGCAUGACCCCUAAAGAGCAAGCCACACCGGUCUGCUAGCUAGGUGUCCGCGGUGUGGUGGUGGCGGCCGCUGGCCAGCGCUGCAAGGGGUCGGCUGCCCACGGUGCUGGCUGGCCUCCCCUCCUCUCUCUUUUUGCUGAGUUUCAUUGUCUUUUCUUUCUGAGCCUUGUAAGUGUACAAAAAUUAUUCUUAUUUUGUUCUGUCUCGGGAAACUGCAAAUAAAAGAAAAACAGGACAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1740.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1809.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 866.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((((((((((.(((.((.((...(((((((.(((((.(((((.((((.((((.(((((.....))))))).)).)))).))))).(((....))).))))).))))).))....)).))))).)))..).)))))))))).))))...(((((((((((((((.((.(((.(((..((((((.((((((((..((..((((....))))..))..))....)))..)))(((((((.(((((((.....(((.(.(.....(((((.((((((..((....((((((....((.(((.(.(((.(((((((.((((((....(((((......(((((((.(.(.(((((((((((.((........))...........((((.(((((.(.((((..(((.(((((((..((.((((((((.((((...)))).)))....)))))))..))))))).)))..)))).).).))))))))(((((.(((((....)))..)).)))))....))))))))..))).)).))))))).(.((((((...(((((((((((((((((.((((..(((((((.......)))))))(((((.((((.((((((..((((.(((...(((((.(((.(((.((((((.((.((...((((((.(((((.(((.......(((..(.((((....)))))..)))...((((...((((((((.(((.((((((..(((((.(..(((((.(((((((((....((((((((...((...(((((((((((((...)))))......((((((.(((..(((....)))((((((((........))))))))........)))))))))..)))))))).)).))))))))....))...............)))))))....))).))..).)))))(((((((((((((((((((.(((.(..(((((.((((((((((((..........))))).)))))))..((((((((.(((.((((((((((...((((....))))(((((((((...((((...((((((((((((..(.((((..(((.((((..(((...)))..)))).)))(((((....(((...((((.(((.(((.(((((((((((.((.....)).((((((((((((......(((...((((.((.....)).))))...))).(((........))).....((((........)))).....))))))))))))..(((..((((((((((((..((((..(((.((......(((...(((((......)))))))).........((((((((...(((.......)))..))))))))...)).)))..))...))..)))))))..............)))))..)))...))))))).......))))))).))).))))...)))....)))))..(((((.(((...(((....))).....))).))))).....)))).)..))))))).)))))..((.((((......)))).))((((........))))((((.(((.((..((..((((((....(((.(((....)))...)))..)))))).))..)).)))))))......(((..((((((.(((((((((((((((.(((.((..(((((((((.(((((..((((((.(.(((((((...((((...))))(((((.((.....))))))).((((((.((((.((.......))))))..))))))....))))))).).))))))..))))).).))))))))..)).((((((......))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))...((((.(((..((((..(((.((((...........)))))))......((((((.......))))))....................((((.(((..................))).))))................................))))..))).))))..)))).......)).)))))))..((((((.....))))))....)))))))).)).))))))))))).....((..(.(((((.((.((..(((((......)))))))..))))))))..)))))))..).))).)..(((.(((((....(((.(((((..........))))).))).....))))).))).))))))))....)))))))))).((((((.((....)).))))))))))))))).))))))))..))))))).)))))....))))))..)))).)))))).))).)))..)))))....)))))))..)))))).(((.(((((((.....)))))))..)))...(((((.(((((((..(((..........)))..))))))).)))))(((((((((((((((((.((((((((.(((((.((((.((((...(((((((((.((......(((..((...)).))).......))...)))))))))...)))).)))).))))).(((...)))...))))))).).)))......)))).)))).)))))).........)))))))))(((((((((...........)))))))))..)))).)))))..))))).)))))))....)).)))).)..((((((((..((((((..((.(((.(((..(((.((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.....))))..(((((..(((.....)))..)))))...........(((((..((((...)))).))))).......((((((....)))))).)))))))((((((.....))))))............))))).)))))....))))))..)))).))))))))..)))))))).))).))).)).)))))).)))).)))))))))))))))..))))))))))).)))))....)).)))).(((((((..(((........))))))))))...))..))))))..)))))).).)))....))))))).))))))).(((((((((((((..((.(((((.(((((....))))).))).)).))..))))))).(((((((.(((.((......)).))).)))))))...))))))...(((((.(.((((((.(((((((((((.(((..(((((.......(((.(((...(((.((((((((.((((.((..((((.(((((((...))))))).)))).....(((((((((.((((((((...((((((((((((.(((((((.(..((((.((.....((((((((((((((...........)))))))...(((((..((.((((((((........(((((.((((((((((.........((((((((......))))))))))))))))))....))))))))))))))).))))).(((((...)))))((((.......))))))))))).....)).)))).).)))))))......(((((...(((((....).))))...))))).))))))...)))))).)))))...(((.((((((..........)))))).))).((((..(.(.((((((((.....(((..(.(((((....((.(((.(((...)))...)))))...))))))..))))))))))).)).))))...(((((.......))))).))))))))))))..)))))).)))))))).)))....))).))).)))))))).)))))))...))))...)))))).).)))))........(((((....)))))((((((.....((........))))))))...((((.(((.....))).)))).)).))))..))).))))).))))))))))).((((((((((((((...(((........))).)))))))))))))).............(((((((((..((((((.(((............((((...(((((.(((.......))).)))))...)))).....))))))))))))...))))))......))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,..((((((((((((((((((,((({((.((...(((((((.(((((.,((((.((((.((((.(((((.....))))))).)).)))).))))}.(({....))).))))).))))).)).)}.)).)))}).)))..),})))))))))},)))..,(((((((((((((((.(,{(((.(((..((((((.((({((,{,{{,.{{(,,.((((((({..(..(((.(((((..((.((((((((.{((((((....(((((((...((((.((....))...)))))))))))...))))},...,,...})))))).)).)))))..)))..}})}}))))).((({(.((({{((((((((,{{.,,,.,..|}...,.......((((.(((((.(.((((..(((.{{,{((({((((((((((((.((((...)))).)))...,)))))))))))))))}.)))..)))).).).))))))))(((((.{((((,,..}}),,)).))))),,,.|}}}}}}),|}}||}|,}}|||{{{{,....,.}}|||{|{{||{||.{{{{|,{{{{..(((((((......,}))})))((((,,{({(.,{{{{{.,||{{.|{{||,||||{,{{|||||,|{{|{{.{{.{(,|.{({|({.{{((({(((.{(((,((((,{,,{,{|,|,|||}|||,}}|,{{((((...((((((((.({{{((((({..(((((.(..(((((.((((((({{.,..((((((((..{({...(((((((((((((...)))))......((((((.(((..(((....|}}((((((((........))))))))...,,.,.)))))))))..))))))))}),.))))))))....))}..............,)))))).,,.))}|||..,.))))|(((((((((((((((((((((((..{,,((,.{(((((({,{({,...},.}}}})),,),}}}}},},.((((((((.(((.((((((((((...{((,....,))|(((((((((,..{{{|...((((((((((((..{.((((.,(((.((((..(((...)))..)))).)))(((((....(((...((((.(((.((,{(((((((((((.((,.,..||.((((((((((((......({{...((((.{(,....,}.}}))...}}).(((........))).....((((........)))).....))))))))))))..{{(..((((((((((((..|{{{((,((,({......((({,.{((((......)))))))),.,...,},{(({{{{{...{{{.......}}}..}}}}))}},,.},.||}...}}}}))..)))))))........,.....))))).,)))...))))))),......})))))).))).))))...)))....))))){.(((((.(((...(((....))).....))).)))))}....)))).)..))))))).)))))..{(.((((......)))).}}((((........)))){((,{(((.((..((..((((((....(((.(((....)))...)))..)))))).))..)).))))))}......(((..((((((.(((((((((((((((((((.{(,.(((((((((.(((((..((((((.(.(((((((...((((,..})}},{{{|{{{.....}}}}}||.((((((.((((.((.......))))))..))))))..,.))))))).).))))))..))))).).))))))))..)).((((((......))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))...((((.(((..((((..(((.((((...........))))))).,{{..((((((.......}}}}},....................{{|{.|{,..................}}}.}}}},.......,.......................))))..))).)))}..}))).......)).))))))),.((((((.....))))))....)))))))).)).)))))))))))}}..)))))}{(((((.((.{{..(((((......)))))})..)))))))}..,(((,,,..}})||,|,.({{.(((((....(((.(((((..........))))).))).....))))).))),))))))))....)))))))))).((((((.{,....)}.))))))})))))))).))))))))..))))|||,}}}))}},,||||||,.}}}}.}}}}||,||}.}|}||}}|||||,.}||}|||..}}}}}},(((.(((((((.....)))))))..)))...(((((.(((((((..(((..........)))..))))))).))))),((((((((((((((((.((((((((.(((((.((((.(({{...(((((((((.({......(((.,{,...)}.))).......}}...))))))))).},,))).)))).))))).(({...}))...))))))).).)))......))))}}))).)))))),..,.,.,,)))))))))(((((((((.,......|..)))))))))..)))).))))),((((((((((.(((...(((((,..,.({{...((((((((((.((((((((...((((.((((((((((((.(({{(((((.(((((((((((((((..,((({(((((....((((((((((.(((((.,..{{{{..((((.((({,...,}))|,||}},,,|}}}||||,,,,,,.}}}}|{((((((....)))))).}}.,,(.((((((.....)))))).).....||||,.,,},)))))))))))))))))..))))).))))...))))))).)){((.,,.....))}..)))))).))).))))).))))))).{(((((((.((..((((....)))))).)))))))},,(,...,,},.))))).))))....))})))))).)).))))))))}))...})})))).))).))))))))))|((((({..((.(((({.(((((....))))).})).)).))..))))))).(((((((.(((.((......)).))).)))))))..,{{||||,,,(((((.(.((((((.(((((((((((.(((..(((((.,{....{((.(((...(((.((((((((.((((.((..((((.(((((((...))))))).))))...,.(((((((({{((((((((.,,(((({(((((((,(((((((.(..((((.{(.....((((((((((((((...........)))))))..,((((({{({{((({{{{{|}}}.,},{((((,((((((((((,,......,((((((((......))))))))))))))))))}}..)))))))))))}}}}.}}}}}.{(({{...})}}|((({.......}}}}))))))).....)}.)))).).))))))).,....(((((...((((,....,.))))...))))).)))))),..))}))}.}))},...{((.((((((..........)))))).))).((((.,{.{.((((((({...,,(((..(.(((((.,..{{.{((,{((...)))|..},)))..,))))))..))))))))))),}).))))...(((((.......)))))}))))))))))))}.)))))).)))))))).)))...,))).)))}))))}))).))))))}..,))))...)))))).).)))))....}}})))||,.....,,|,{(((((.....,{....,.,,}}))))))...{(({.{((.....))),)))).)).))))..))).))))).))))))))))).((((((((((((((...(((........))).)))))))))))))).............({{{(((((..((((((.,{{..........,.((((...(((((.(((.......))).)))))...)))).,...}}})))))))))},.,}})))......))))...
Back