Basic Information

Symbol
CAPN1
RNA class
mRNA
Alias
Calpain 1 MuCANP CANPL1 MuCL CANP Cell Proliferation-Inducing Gene 30 Protein Calcium-Activated Neutral Proteinase 1 Calpain 1, (Mu/I) Large Subunit Calpain-1 Catalytic Subunit Calpain-1 Large Subunit Micromolar-Calpain Calpain Mu-Type EC 3.4.22.52 CANP 1 Cell Proliferation-Inducing Protein 30 Calpain, Large Polypeptide L1 EC 3.4.22 CANP1 SPG76
Location (GRCh38)
11:65180566-65212006
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005186.4
Sequence length
2952.0 nt
GC content
0.6070

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1235.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1286.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 656.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198868.2 NCBI
AGCCCGGCCCCUCCUCAGAGCAGCUGCCGCAGCCCGAGGAUGUCGGAGG… 2904 nt 0.6064
NM_001198869.2 NCBI
AUAGUCAGAGACCGUGCCGGAGAGAUAAGGGAGAGCCGAGAGGAAGCGG… 2916 nt 0.6043
NM_005186.4 NCBI
GCUCUUCCUGGUUGGGCCCUGCCCUGAGCUGCCACCGGGAAGCCAGCCU… 2952 nt 0.6070
Summary

The calpains, calcium-activated neutral proteases, are nonlysosomal, intracellular cysteine proteases. The mammalian calpains include ubiquitous, stomach-specific, and muscle-specific proteins. The ubiquitous enzymes consist of heterodimers with distinct large, catalytic subunits associated with a common small, regulatory subunit. This gene encodes the large subunit of the ubiquitous enzyme, calpain 1. Several transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CAPN1 mRNA was upregulated in both acute emergency department and outpatient concussion clinic patient groups with mild traumatic brain injury compared to controls, as indicated by a fold change greater than two [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139].