Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001198869.2
Sequence Length
2916 nt
GC Content
0.6043
AUAGUCAGAGACCGUGCCGGAGAGAUAAGGGAGAGCCGAGAGGAAGCGGGGAUGUCGGAGGAGAUCAUCACGCCGGUGUACUGCACUGGGGUGUCAGCCCAAGUGCAGAAGCAGCGGGCCAGGGAGCUGGGCCUGGGCCGCCAUGAGAAUGCCAUCAAGUACCUGGGCCAGGAUUAUGAGCAGCUGCGGGUGCGAUGCCUGCAGAGUGGGACCCUCUUCCGUGAUGAGGCCUUCCCCCCGGUACCCCAGAGCCUGGGUUACAAGGACCUGGGUCCCAAUUCCUCCAAGACCUAUGGCAUCAAGUGGAAGCGUCCCACGGAACUGCUGUCAAACCCCCAGUUCAUUGUGGAUGGAGCUACCCGCACAGACAUCUGCCAGGGAGCACUGGGGGACUGCUGGCUCUUGGCGGCCAUCGCCUCCCUCACUCUCAACGACACCCUCCUGCACCGAGUGGUUCCGCACGGCCAGAGCUUCCAGAAUGGCUAUGCCGGCAUCUUCCAUUUCCAGCUGUGGCAAUUUGGGGAGUGGGUGGACGUGGUCGUGGAUGACCUGCUGCCCAUCAAGGACGGGAAGCUAGUGUUCGUGCACUCUGCCGAAGGCAACGAGUUCUGGAGCGCCCUGCUUGAGAAGGCCUAUGCCAAGGUAAAUGGCAGCUACGAGGCCCUGUCAGGGGGCAGCACCUCAGAGGGCUUUGAGGACUUCACAGGCGGGGUUACCGAGUGGUACGAGUUGCGCAAGGCUCCCAGUGACCUCUACCAGAUCAUCCUCAAGGCGCUGGAGCGGGGCUCCCUGCUGGGCUGCUCCAUAGACAUCUCCAGCGUUCUAGACAUGGAGGCCAUCACUUUCAAGAAGUUGGUGAAGGGCCAUGCCUACUCUGUGACCGGGGCCAAGCAGGUGAACUACCGAGGCCAGGUGGUGAGCCUGAUCCGGAUGCGGAACCCCUGGGGCGAGGUGGAGUGGACGGGAGCCUGGAGCGACAGCUCCUCAGAGUGGAACAACGUGGACCCAUAUGAACGGGACCAGCUCCGGGUCAAGAUGGAGGACGGGGAGUUCUGGAUGUCAUUCCGAGACUUCAUGCGGGAGUUCACCCGCCUGGAGAUCUGCAACCUCACACCCGACGCCCUCAAGAGCCGGACCAUCCGCAAAUGGAACACCACACUCUACGAAGGCACCUGGCGGCGGGGGAGCACCGCGGGGGGCUGCCGAAACUACCCAGCCACCUUCUGGGUGAACCCUCAGUUCAAGAUCCGGCUGGAUGAGACGGAUGACCCGGACGACUACGGGGACCGCGAGUCAGGCUGCAGCUUCGUGCUCGCCCUUAUGCAGAAGCACCGUCGCCGCGAGCGCCGCUUCGGCCGCGACAUGGAGACUAUUGGCUUCGCGGUCUACGAGGUCCCUCCGGAGCUGGUGGGCCAGCCGGCCGUACACUUGAAGCGUGACUUCUUCCUGGCCAAUGCGUCUCGGGCGCGCUCAGAGCAGUUCAUCAACCUGCGAGAGGUCAGCACCCGCUUCCGCCUGCCACCCGGGGAGUAUGUGGUGGUGCCCUCCACCUUCGAGCCCAACAAGGAGGGCGACUUCGUGCUGCGCUUCUUCUCAGAGAAGAGUGCUGGGACUGUGGAGCUGGAUGACCAGAUCCAGGCCAAUCUCCCCGAUGAGCAAGUGCUCUCAGAAGAGGAGAUUGACGAGAACUUCAAGGCCCUCUUCAGGCAGCUGGCAGGGGAGGACAUGGAGAUCAGCGUGAAGGAGUUGCGGACAAUCCUCAAUAGGAUCAUCAGCAAACACAAAGACCUGCGGACCAAGGGCUUCAGCCUAGAGUCGUGCCGCAGCAUGGUGAACCUCAUGGAUCGUGAUGGCAAUGGGAAGCUGGGCCUGGUGGAGUUCAACAUCCUGUGGAACCGCAUCCGGAAUUACCUGUCCAUCUUCCGGAAGUUUGACCUGGACAAGUCGGGCAGCAUGAGUGCCUACGAGAUGCGGAUGGCCAUUGAGUCGGCAGGCUUCAAGCUCAACAAGAAGCUGUACGAGCUCAUCAUCACCCGCUACUCGGAGCCCGACCUGGCGGUCGACUUUGACAAUUUCGUUUGCUGCCUGGUGCGGCUAGAGACCAUGUUCCGAUUUUUCAAAACUCUGGACACAGAUCUGGAUGGAGUUGUGACCUUUGACUUGUUUAAGUGGUUGCAGCUGACCAUGUUUGCAUGAGGCAGGGACUCGGUCCCCCUUGCCGUGCUCCCCUCCCUCCUCGUCUGCCAAGCCUCGCCUCCUACCACACCACACCAGGCCACCCCAGCUGCAAGUGCCUUCCUUGGAGCAGAGAGGCAGCCUCGUCCUCCUGUCCCCUCUCCUCCCAGCCACCAUCGUUCAUCUGCUCCGGGCAGAACUGUGUGGCCCCUGCCUGUGCCAGCCAUGGGCUCGGGAUGGACUCCCUGGGCCCCACCCAUUGCCAAGCCAGGAAGGCAGCUUUCGCUUGUUCCUGCCUCGGGACAGCCCCGGGUUUCCCCAGCAUCCUGAUGUGUCCCCUCUCCCCACUUCAGAGGCCACCCACUCAGCACCACCGGCCUGGCCUUGCCUGCAGACUAUAAACUAUAACCACUAGCUCGACACAGUCUGCAGUCCAGGCGUGUGGAGCCGCCUCCCGGCUCGGGGAGGCCCCGGGGCUGGGAACGCCUGUGCCUUCCUGCGCCGAAGCCAACGCCCCCUCUGUCCUUCCCUGGCCCUGCUGCCGACCAGGAGCUGCCCAGCCUGUGGGCGGUCGGCCUUCCCUCCUUCGCUCCUUUUUUAUAUUAGUGAUUUUAAAGGGGACUCUUCAGGGACUUGUGUACUGGUUAUGGGGGUGCCAGAGGCACUAGGCUUGGGGUGGGGAGGUCCCGUGUUCCAUAUAGAGGAACCCCAAAUAAUAAAAGGCCCCACAUCUGUCUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1218.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1269.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 856.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((......(((((((((...((((((.((((.(((((.(.((((((...(((((.......(((....)))..(((((((.((((....)))).))))))).....((((.(((((........))))).)))).(((((..((((.((..((.((.(((..(((..(((..(((((((.(((((....(((((....(((((((...(((((((((((.((.....))((..(((.(((((...))))).)))..)).((((((((.............)))))).)))))))..)))))).))))))).((((((..(......)..))))))..(((((.(((((...((((((((((.(((((..((((..(((((((((.((((((((((((.(((((((.((..((((((((((((..((..((((((.......))).)))..))....((((.((((....((((((..(((....)))...))))))..)))).))))......))))))))).)))))))))))).))..((..(((.(((.((...)).))).)))..))((((..(.((((((((...))))..)))).)..))))((((((((((.((((.(((.(((((.......)))))....(((((((((.(..((((......))))).)))))))))))).)))).))))))))))((((....)))).)))))).)).)).)))))))))..))))..)))))..(((((.(((((((((((.(((((.(((....)))..)))))........)))))))).))).))...)))((((.(((((..(.....)..)))))..))))........))))))..))))......(((((..((((((.......))))))..))))).((((....))))......((((((((((...(((((((((.(((((((((....)))))..((((((........(((.(((........))).)))..(((((.((..((.((..(.(((((((...((((......))))((((((((.(((((......))))).))))).))).....)))...)))).)..))))..)).)))))((((......)))).......))))))....)))).)).((.((.((((((((((.((((((((..(((((....((((((.......))))))((((.....))))...(((((.((.....)).)))))..((((........))))((((((.((((.((((((((((((((((((((......)).).))))).(((.(((.(.((((((...))).)))..).))).)))....((((..(((((((((.((.(((....))).)).))))))).)).)))).....((((((((.((.((.(((..((((((.(((((((((((.(((((((..((.((((((((..(((((..(((((........(((((.((((((((((((((((....((((((((((((((.................))))))).)))..((.(((((((.(((((...)))))))))).)).))..((((.((((....)))).)))).))))..)))))))..((((....))))...(((((((...((((........))))...))))))).))....)))))))))))).((((........))))..(...((((.((..(((((....)))))..)).))))...)...)))))((((((...((((....))))...))).))))))))..)))))))).(((((...)))))........(((((.(((((((((((..((((.(((...))).))))..)).))))........))))).)))))....(((((((........))))))).)).))))))))).)))))))))..))))))..)))..)))).))))))))........)))))))).((((.................)))).)))).)).)).))))))...............((((.((((((.(((((((((((.....(((((.((.(((...))).)).)))))....)))))(((((((((((((((((((.....))))).))))))))))..))))..)))))).))))))))))))))).)))))))).)))))))))).)).)).)))))))...)))))))))))).)))..))))).)))))))))))))))))..)))))).))).)).)).))..))))..)))))))))).)))))).))))))...(((((.((.((...((((((...)))))))).))))))).((((..((.((.(((...(((((.((((.((((.....((((........(((....((((((((((((((.(((.(..(((((......)))))((((((((((((((((......((((((.((..(((((.........)))))..)).)).))))...(((..((((((......(((((((((..........................))))))))).))))))..)))((((((.....))))))))))))).)))))))))).))).))...)))))))))).))))).......)))).....)))).)))).))))).)))))))..)))).((((((((.....)))))))))))).))))))......(((((((.................))))))).)))))).(((((((.(.((((.........((((((...))))))........)))).).)))))))..(((((.......)))))..............)))......)))).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{,(({({,,.,,((((((({((,.{(((((.(({(.(((({,(.((((((,..((((({,.....,...{{{,(((.(((((((.((((....)))).)))))))..})},|||,|,((({,...,{{|,,,((((((({.(((..,((({,{.,((.((((...}||},.,.{.{((((((((((((,....)))))))).(((((((...(((((((((((.{(,,...,,((..(((.(((((...))))).)))..)).{{((((((.............)))))).)))))))..)))))).)))))))....|||}},.....((((((({|({{(..,}}}}}.(((.(((.,.(((....)))...))))))|))))))),|}|,}}})})|})))))))...))}}}|}}|,|||||..|||,,,(({{{{{{.,,{{({({...,((.{{(({{.((((.......,||}}.|))))}).,...))))}},,||},.,|||.,{{{{|||,||((((((.{,{(((,{{{{..,{{,,(((.(((.{{...}}.))).}))..}|((((..(.((((((((...))))..)))).}..|}}}((((((((((.((((.(((.(((((.......)))))....(((((((((.{..(({{......)))}}.)))))))))))).)))).)))))))))),,{,,.{{{|||.{|{,,|,|,.{|||||||,|||..||||,{|,},|,.|{{{{.{{(((((((((.(((((.(((....)))..)))))........))))))))}|||,|}..}||}((((.(((((..{.....}..)))))..)))).,|}},.,}}}}}}.||((({.....(((((..((((((.......))))))..))))).((((....)))).,}}},||||{|{|||}|}|,{{||||||||||(((((....)))))..((((((........(((.(((........))).))),.(((((.((..((.((.,{.(((({{(,..,(((......)))}((((((((.(((((......))))).))))).))).....}}}...)))).).})}))..)).))))),|.({{.....})),....,.))))))..,.||||...,((,((,((((((((((.((((((((..(((((....{(((((.......)))))}((((.....)))),..(((((.{(.....)).)))))..{(((,,.,,,,.||}|(((((({(((({(((({{((((((((((({((......||.},}))),.({{,{,{|||{|||,|}}.)))),)),,}.}}}.}.},.,|||||,}|||||||,|,{||||,.|||))|{|,(({|{|||.,,.)))),....((((((((.((.({.(((..((((((.((((((((({(.(((((((..((.((((((((..(((((..(((((.,,..,.,(((((.(((((((.,(((((((.,,.(((({{((((((((.................))))))),,)}..((.(((((({{(((((...)))))))))).)).))..((({.((((....)))).)))).))))..)))))))..((((....)))).,.(((((((...((((.,....,.))))...))))))).},..,.)))))))))))).{{((,...,,..}}}}..{,.,((((.((..(((((....)))))..)).)))}.,.,...))))}((((((...((((....))))...))).))))))))..))))))))||{{{{...))))).},,..,.(((((.(((((({((((..((((.{({...})).))))..)).))))......,.))))).))))).}..{{{(({(||,,....))))))).)).)))))))}}.)))))))))..))))))..)))..},)).))))))))........}}||||}}.,||}}}......)}}},}}}.,||}||},,,}|||}.},))}}|.,..,}},......{{{{.((((((.((((({(((((..,..(((((,((.{{....,}}.)).)))))..,.)))))(((((((((((((({((((.....})))).))))))))))..))))..,))))).)))))),))}))))).)))))))).)))))))))}.}}.}}.))}))))},.)))))))))).,,}}}}.)}})}}))})))))))},})),)}}))))}..,})})),))}).))))},,.}))))))))),)))))).)))))).,.||{,{|{|.{|,..|||{||,,,)))))}}},|||}|||{{({{{{{(,({{{({.,.(((((.((((.{{{{..,,.((({......,.|{{{...({((((((((((((.,,{,|,,,|{((||...,)))}(((((((((((((((((......((((,({(,..(((((.........)))))..}}.)),))))...(((..((((((....{.(((((((((.....,,,.......,},........)))))))))}))))))..)))((((((.....)))))))))))))))))))))))){|||,||...}|||||||||,}||,|,|{,...}}}}..,,,|}}}.|||}.||||},}}}||||{{|}}}.,{{(((((.....)))))))))))).,|||||......{((((((.,.,,......,}....))))))).}.,,,,}||||{,..,|||{,}}},,.}}}}|||||}},)))}}..)})}}}}})})})}))))}},}}|||||.......)}},)})}...........)))},},,.)))),))}),.
Back