Basic Information

Symbol
CAPN2
RNA class
mRNA
Alias
Calpain 2 CANPL2 CANPml MCANP Calcium-Activated Neutral Proteinase 2 Calpain 2, (M/II) Large Subunit Calpain-2 Catalytic Subunit Millimolar-Calpain Calpain M-Type EC 3.4.22.53 M-Calpain CANP 2 Calpain 2, Large [Catalytic] Subunit Calpain, Large Polypeptide L2 Calpain Large Polypeptide L2 Calpain 2, Large Subunit Calpain-2 Large Subunit EC 3.4.22 CANP2
Location (GRCh38)
1:223701593-223776018
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001748.5
Sequence length
3366.0 nt
GC content
0.4955

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1119.87 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1180.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146068.2 NCBI
AGACUCUGAUGGCUCUGUAGCUAACUGGCCCAUCCUCAGAGACUAACGC… 3262 nt 0.4693
NM_001748.5 NCBI
AGUGGCCGCAGCAGCGCGCCGGGCCCUGGCCGCGCCCCAGCCGAGCGCA… 3366 nt 0.4955
Summary

The calpains, calcium-activated neutral proteases, are nonlysosomal, intracellular cysteine proteases. The mammalian calpains include ubiquitous, stomach-specific, and muscle-specific proteins. The ubiquitous enzymes consist of heterodimers with distinct large, catalytic subunits associated with a common small, regulatory subunit. This gene encodes the large subunit of the ubiquitous enzyme, calpain 2. Multiple heterogeneous transcriptional start sites in the 5' UTR have been reported. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2009]

Forensic Context

A study in humans identified the CAPN2 as a candidate mRNA marker for age estimation in forensic bloodstain analysis, where it was found to be decreasingly expressed with age in the RNAgE dataset [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. A separate review of human multi-omics studies also noted the CAPN2 as an aging-associated transcriptome feature, positively associated with aging in whole blood samples from a cohort of healthy people [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192]. A study in human post-mortem cardiac tissue demonstrated that the CAPN2 is a specific and sensitive diagnostic forensic marker for sudden cardiac death caused by early myocardial ischemia [Cecchi et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2024.102508].