Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001748.5
Sequence Length
3366 nt
GC Content
0.4955
AGUGGCCGCAGCAGCGCGCCGGGCCCUGGCCGCGCCCCAGCCGAGCGCAGCGCGGAGUCGCCCCGACCUUUCUCUGCGCAGUACGGCCGCCGGGACCGCAGCAUGGCGGGCAUCGCGGCCAAGCUGGCGAAGGACCGGGAGGCGGCCGAGGGGCUGGGCUCCCACGACAGGGCCAUCAAGUACCUCAACCAGGACUACGAGGCGCUGCGGAACGAGUGCCUGGAGGCCGGGACGCUCUUCCAGGACCCGUCCUUCCCGGCCAUCCCCUCGGCCCUGGGCUUCAAGGAGUUGGGGCCCUACUCCAGCAAAACCCGGGGCAUCGAGUGGAAGCGCCCCACGGAGAUCUGCGCUGACCCCCAGUUUAUCAUUGGAGGAGCCACCCGCACAGACAUCUGCCAAGGAGCCCUGGGUGACUGCUGGCUGCUGGCAGCCAUUGCCUCCCUCACCUUGAAUGAAGAAAUCCUGGCUCGAGUCGUCCCCCUAAACCAGAGCUUCCAGGAAAACUAUGCAGGGAUCUUUCACUUCCAGUUCUGGCAAUACGGCGAGUGGGUGGAGGUGGUGGUGGAUGACAGGCUGCCCACCAAGGACGGGGAGCUGCUCUUUGUGCAUUCAGCCGAAGGGAGCGAGUUCUGGAGCGCCCUGCUGGAGAAGGCAUACGCCAAGAUCAACGGAUGCUAUGAAGCGCUAUCAGGGGGUGCCACCACUGAGGGCUUCGAAGACUUCACCGGAGGCAUUGCUGAGUGGUAUGAGUUGAAGAAGCCCCCUCCCAACCUGUUCAAGAUCAUCCAGAAAGCUCUGCAAAAAGGCUCUCUCCUUGGCUGCUCCAUCGACAUCACCAGCGCCGCGGACUCGGAGGCCAUCACGUUUCAGAAGCUGGUGAAGGGGCACGCGUACUCGGUCACCGGAGCCGAGGAGGUUGAAAGUAACGGAAGCCUACAGAAACUGAUCCGCAUCCGAAAUCCCUGGGGAGAAGUGGAGUGGACAGGGCGGUGGAAUGACAACUGCCCAAGCUGGAACACUAUAGACCCAGAGGAGAGGGAAAGGCUGACCAGACGGCAUGAAGAUGGAGAAUUCUGGAUGUCUUUCAGUGACUUCCUGAGGCACUAUUCCCGCCUGGAGAUCUGUAACCUGACCCCAGACACUCUCACCAGCGAUACCUACAAGAAGUGGAAACUCACCAAAAUGGAUGGGAACUGGAGGCGGGGCUCCACCGCGGGAGGUUGCAGGAACUACCCGAACACAUUCUGGAUGAACCCUCAGUACCUGAUCAAGCUGGAGGAGGAGGAUGAGGACGAGGAGGAUGGGGAGAGCGGCUGCACCUUCCUGGUGGGGCUCAUUCAGAAGCACCGACGGCGGCAGAGGAAGAUGGGCGAGGACAUGCACACCAUCGGCUUUGGCAUCUAUGAGGUUCCAGAGGAGUUAAGUGGGCAGACCAACAUCCACCUCAGCAAAAACUUCUUCCUGACGAAUCGCGCCAGGGAGCGCUCAGACACCUUCAUCAACCUCCGGGAGGUGCUCAACCGCUUCAAGCUGCCGCCAGGAGAGUACAUUCUCGUGCCUUCCACCUUCGAACCCAACAAGGAUGGGGAUUUCUGCAUCCGGGUCUUUUCUGAAAAGAAAGCUGACUACCAAGCUGUCGAUGAUGAAAUCGAGGCCAAUCUUGAAGAGUUCGACAUCAGCGAGGAUGACAUUGAUGAUGGAUUCAGGAGACUGUUUGCCCAGUUGGCAGGAGAGGAUGCGGAGAUCUCUGCCUUUGAGCUGCAGACCAUCCUGAGAAGGGUUCUAGCAAAGCGCCAAGAUAUCAAGUCAGAUGGCUUCAGCAUCGAGACAUGCAAAAUUAUGGUUGACAUGCUAGAUUCGGACGGGAGUGGCAAGCUGGGGCUGAAGGAGUUCUACAUUCUCUGGACGAAGAUUCAAAAAUACCAAAAAAUUUACCGAGAAAUCGACGUUGACAGGUCUGGUACCAUGAAUUCCUAUGAAAUGCGGAAGGCAUUAGAAGAAGCAGGUUUCAAGAUGCCCUGUCAACUCCACCAAGUCAUCGUUGCUCGGUUUGCAGAUGACCAGCUCAUCAUCGAUUUUGAUAAUUUUGUUCGGUGUUUGGUUCGGCUGGAAACGCUAUUCAAGAUAUUUAAGCAGCUGGAUCCCGAGAAUACUGGAACAAUAGAGCUCGACCUUAUCUCUUGGCUCUGUUUCUCAGUACUUUGAAGUUAUAACUAAUCUGCCUGAAGACUUCUCAUGAUGGAAAAUCAGCCAAGGACUAAGCUUCCAUAGAAAUACACUUUGUAUCUGGACCUCAAAAUUAUGGGAACAUUUACUUAAACGGAUGAUCAUAGCUGAAAAUAAUGAUACUGUCAAUUUGAGAUAGCAGAAGUUUCACACAUCAAAGUAAAAGAUUUGCAUAUCAUUAUACUAAAUGCAAAUGAGUCGCUUAACCCUUGACAAGGUCAAAGAAAGCUUUAAAUCUGUAAAUAGUAUACACUUUUUACUUUUACACACUUUCCUGUUCAUAGCAAUAUUAAAUCAGGAAAAAAAAAUGCAGGGAGGUAUUUAACAGCUGAGCAAAAACAUUGAGUCGCUCUCAAAGGACACGAGGCCCUUGGCAGGGAAUAUUUAAAGCAACUUCAAGUUUAAAAUGCAGCUGUUGAUUCUACCAAACAACAGUCCAAGAUUACCAUUUCCCAUGAGCCAACUGGGAAACAUGGUAUAUCAUGAAGUAAUCUUGUCAAGGCAUCUGGAGAGUCCAGGAGAGAAGACUCACCUCUGUCGCUUGGGUUAAACAAGAGACAGGUUUUGUAGAAUAUUGAUUGGUAAUAGUAAAUCGUUCUCCUUACAAUCAAGUUCUUGACCCUAUUCGGCCUUAUACAUCUGGUCUUACAAAGACCAAAGGGAUCCUGCGCUUGAUCAACUGAACCAGUAUGCCAAAACCAGGCAUCCAAUUUGUAAACCAAUUAUGAUAAAGGACAAAAUAAGCUGUUUGCCACCUCAAAACUUUAUGAACUUCACCACCACUAGUGUCUGUCCAUGGAGUUAGAGGGGACAUCACUUAGAAGUUCUUAUAGAAAGGACACAAGUUUGUUUCCUGGCUUUACCUUGGGAAAAUGCUAGCAACAUUAUAGAAAUUUUGCCUUGUUGCCUUAUCUUCUUCCAAAUGUACUGUUAAAUAAAAAUAAAGGGUUACCCCAUGCAAUCACACCAUGCCAUGUUUUCCUUCCUGGAGGGCAGCCCCACAGGACGGUUUAUGAGCACACAAUUAUAGCUUGUUUCUACUUUAACAAGGUAUGCUGCCUCUGUAAAUUCAUGUAUUCAAAGGAAAAGACACCUUGCCUAUAAUUAAAAUGUGGAACUAUAAAAUUUUUUAAAAUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1119.87 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1180.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((....))).))))(((((((((..((((((..((((((((((.(.((.((((...))))))..).))))))(((..((((((.((..((((......))))...))))))))..)))..((((((...(((((((((((((((((...(((((........)))))....(((.(((.....)))))).(.(((((((........))))))).).((((((((.........((((....))))))))))))..))))))))))..(((((((((....)))))))))....((((((..(((((((((.((..((((.......))))(((((((((.((((.((((((((.....))))).)).).))...)).))))..))).))...)))))))))))...))))))(((.(((((((....(((((((.....((((.(((((....((((((.(((.(((((..........((((.((((.(.(......).).)))).))))((((((((.((((.((......)).)).)).))))))))(.((((((((...((((((((((....(((..(((((..(((...((((....((((((.(((.(((.(((((.(..((((((((((..(..(((....)))........(((.((((.((((((.((((((((((((((..((.((..(((((((...(((((.((((..(((...)))...))))..)))))...))))))).(((((..(((.(((....(((((((((((((.((......)))))(((((((..((((((((.......((((((((....(.((..((((.....)).))..)).)..)))))))).)))))).))...((((((.......)))))).(((((............)))))........((.(((((.((((...(((....)))....)))))))))))((((((((......).)))))))...((((..(......)..))))))))))).(((((((...((((((..(((....)))..)...)))))..))))))).(((((((((((.((......((((((((.((((..(((...(((....)))))).)))).((((......((((.....))))...(((((((...))).))))..)))))))))))).....)).))))))))))).((......)).......))))))))))..(((((...(((..((......))..)))....)))))..))).)))...))))))).))..))))).))))))))).)))...)))..))))))).)..)))))).))....))..).))))).))).).)).))))))...))))....))))))))......)))..)))))))).))..)))))))).).................))))).))).))))))((....))......))))))))).....)))))))((......)).....))))))).)))((((......))))..))))))).)))))).((((....(((((((((((((((((((((.((((((((((....))))))..)))).....(((.(((((......))))))))((.((((...(((((((.((((((.(.......).)))))).)))))))..)))).))((((((.....))))))...))))))))))))))((((.........)))).))))))).....))))(((((((...(((((.(((..((.(((.((((.......))))..))).))....))).))).))...))))))).))))..))).)))....))))))))).....(((((((((((...((((.((((((......................(((....)))..((((((((((((((.(((.((..(((...(..(((((.....)))))..).))).))))).)).)))...)))))))))....(((((..(((((.....(((((((((((..((((((((.((((((...............))))))..))....))))))..................((((((.((.(((((((......(((((((..(((((((.(((.........))))))))))))).))))(((((((.((...((((..(((((.((((...((((((((((.((...((((.(((((......((.....)).......)))))...))))...))...))))))))))..))))((((((..(((.(((((...........)))))...)))..))))))...)))))))))....)).))))))).....((((((((.............)))))))).....((((...(.(((((...))))).).))))........((((((.((((.........)))))))))).((((((((((...............................))))))))))........(((((((((((....((((((.(((((...((((.(.(((.((((((((((...(((((.((((........)))).)))))..(((((((...........))))))).((.(((((((((((((((.(......)))))))..)))))).))).)).......))))))))))..))).)...))))..)))))..))))))..((((((.((((.......)))).))))))))))))(((((.(((((((..(..((.........))..)..)))))))))))).........)))))..........(((((((...)))))))..))))))).))))))))...((((...))))(((((.......)))))...)))))))))))....))))).((((((....((((.((..((((.((((..(((((((((.((..(((........)))...)).))))))))).)))))).)).))))))...))))))..((..((((.(((....))).))))..))....)))))..........((((((...((((...))))...))))))...)))))).))))........................(((....)))..............(((((((....((.(((((..(((...)))..))))).))..)))).)))......((((.((((((........)))))).)))).(((....)))...............(((..(((....))).)))........))))))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((((,,,.}}},||||((({{((((,{(({(((.,((({(((({(,(,(({((((...)))},,..},)))))){{{..(((({,.{|,.|||(.,,.,,))))...,))))))),.)))},|(((((...(((((((((((((((((,(((((,{....{.(((.(((.{{.(((.(((.....))))))..}|))).)))}{{,,.||||||||{|.{{|||||{,},}},,,,((((....))))})))))))..))))))))))..(((((((((....)))))))))....((((((..(((((((((.((..((((.......))))((({{((((.((((.((((((((.....))))).)).).))...)).))))..))).}}..,),)))))))))...))))))(((.{((((((....{{{(({{.....{{{,,(((((...,((((((.(((.(((((.,,,,.....,{{(,{{{,.{,,......,.},)))}.,},|((((((((.({((.((......)).)).}).)))))))){.((((((((...((((((((((...,,{(..(((((,.{||,,.((((....((((((.(({.(((.(((((.(..((((((((((.....(((....)))....,|..(((.((((.((((((.((((((((((((((..((.((..(((((((...(((((.((((..(((...)))...))))..)))))...))))))).((((({.(((.{{{..,.(((((((((({((.((......))))|(((((((,,((((((((.......((((((((..,.,.((..((((.....}).))..)).}..)))))))).)))))).})...((((({,....,,)))))),{((((........,...))))).{,,...}||.(((((.((((...(((....)))....))))))))),,((((((((......),}))))))...((((..|......,..))))})))))).(((((((...((((({..(((....)))..)...)))))..))))))).(((((((((((.((......((((((((.((((,,((,...{{{....)))),,.)))).((((......((((.....))))...(((((({...})).))))..)))))))))))).....)).))))))))))).((......)).......))))))))))..((((,,{.(((.,((...,{.,,..)),..}})}))),,))),))).),))))))).))..)))))}})))))))).)))..,)))..)))))))..,.)))))).))....})..).))))).))).,.)).))))))...)))}....}}))))))...,..,)}..)))))))).))..)))))))).,.................))))).))).))))))|{,,,....,.,,,|||}}}}}}.....)))))))|{.....,)),....))))))),))}((({{.....}))).,))))))).)))))|.{(((..,.(((((((((((((((((((((.(((({(((((....)))))|..)))}.....(({.(((((......)))))))){,.((((...(((((((.((((((.{.......).)))))).)))))))..)))},|,{(((((.....)))))},..)))))))))))))){{({,,....,..)))}.})))))},....)))}{((((((...{((((.(((..((.(((.((((.......))))..))).))....))).)))},)...))))))),)))).,))).)))}}..))))))))),,,,,(((((((((((...((((.((((({.....,,,,.......,,{,..{((,...|}|,.((((((((((((((.(((.((..(((.,.,..(((((.....)))))..,.))).))))).)),}))...)))))))))....,,.,({{(({{{,,,..{{{(((({((({|{,,{,|||,{({{{{...,|,....,,,..)})))),,||{{{,||||||........{{{,.{....((((((.((.(((((((......{(((((,.{(((((((,{((.........,,))))))))))).)))|(((((((.((...((((..(((((.,{{{...(((((((((({({...{,{(,{,,{{..,....|||}..,|,..{{{,,,,))}}})))}...,,...}))))))))}..,}},((((((..((({(((((,........,.))))).,.)))..))))))...)))))))))....)).))))))),....((((((((.............)))))))),,{{{{{{{...{,{((((,,{|||||.|..||||||,....{(((((.((((.........)))))))))}.,,((((((({...,,......,.....}}}}}},......,||,}|}}}|}},}|||,||||{,{|,.,,.,..((((((.(((((...((((.(.(((,((((((((((|..{{{{{.,{{{.,,.....))}}....},,.(((((((.,,......,.))))))).{{.(((((((((((((((.,......,)))))),.}))))).))).)),,,,..)))))))))))..})).}...))))..)))))..)))))}..,(((((.((((.......)))).)))))},}}}},(((((.(((((((..{..((.........))..}..)))))))))))).,,,,....,,))}..........(((((((...)))))))..))))))).)))))))).,..})))),})},{((((.......))))).,.}}}}}}}}}})....}}}}}.((((((....((((.((..{{((.((((..(((((((((.((..(((........)))...)).))))))))).)))))).}}.))))))...))))))..,{..((((.(((....))).)))),,}}.,,,}}}|}|,........((((((...,{{,...,}),...))))))...)))))).))))...,....,,,.............(((....)))..{,..........(((((((....((.(((((..(((...)))..))))).))..)))).))}......{(((.((((((........)))))).)))).}},,,.,}},......,|||..,.,(((..,,,...}))).,,},,,.....))))))))))).....................
Back