Basic Information

Symbol
CATSPER2
RNA class
mRNA
Alias
Cation Channel Sperm Associated 2 Cation Channel Sperm-Associated Protein 2 Cation Channel, Sperm Associated 2 Sperm Ion Channel CatSper2
Location (GRCh38)
15:43628503-43668118
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_172095.4
Sequence length
4009.0 nt
GC content
0.4380

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1230.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1307.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1009.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282309.3 NCBI
GUUGCUCCGCAUGGUCCUGGGCUGUGGGGGUAGCCAGGCUCGGGGCACC… 3898 nt 0.4305
NM_001282310.2 NCBI
GGGGCGGGGCGGGGCCUAGGCGGCGAGUGGCUGGGCGAGCGUUGCUCCG… 1794 nt 0.4621
NM_172095.4 NCBI
GUUGCUCCGCAUGGUCCUGGGCUGUGGGUAGGGGCUAGGGCCGGGUCCC… 4009 nt 0.4380
Summary

This gene encodes a member of a family of cation channel proteins that localize to the flagellum of spermatozoa. Defects at this locus causes male infertility. Alternatively spliced transcript variants have been observed at this locus. Readthrough transcription originates upstream of this locus in diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 1 pseudogene 1 and is represented by GeneID:110006325. Related pseudogenes are found next to this locus on chromosome 15 and on chromosome 5. [provided by RefSeq, Mar 2017]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal cord injury (SCI) causes a significant, time-dependent reduction in sperm parameters and degenerative testicular histology, alongside a specific significant downregulation of the CATSPER2 at 4 and 6 weeks post-injury compared to control groups [Rezaian et al. DOI:10.1038/sc.2008.81].