Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_172095.4
Sequence Length
4009 nt
GC Content
0.4380
GUUGCUCCGCAUGGUCCUGGGCUGUGGGUAGGGGCUAGGGCCGGGUCCCGGGGUGAGCCGAAACCUGGGGGUCGAGCGGGGCGGGGAAUGGGGCGCAGUGAGGCUGGGAGCCGGCCCUGAGCUCGUCUUGCAUAGGGGUAGCCAGGCUCGGGGCACCUGAGCUGGAGGCGGAAGCGUGAAAUAAGGACUGAGUGGGCAAAGAGAACCUGGGCUGAGACAUGGCCGCUUACCAACAAGAAGAGCAGAUGCAGCUUCCCCGAGCUGAUGCCAUUCGUUCACGUCUCAUCGAUACUUUCUCUCUCAUUGAGCAUUUGCAAGGCUUGAGCCAAGCUGUGCCGCGGCACACUAUCAGGGAGUUACUUGAUCCUUCCCGCCAGAAGAAACUUGUAUUGGGAGAUCAACACCAGCUAGUGCGUUUCUCUAUAAAGCCUCAGCGUAUAGAACAGAUUUCACAUGCCCAGAGGCUGUUGAGCAGGCUUCAUGUGCGCUGCAGUCAGAGGCCACCUCUUUCUUUGUGGGCCGGAUGGGUCCUUGAGUGUCCUCUCUUCAAAAACUUCAUCAUCUUCCUGGUCUUUUUGAAUACGAUCAUAUUGAUGGUUGAAAUAGAAUUGCUGGAAUCCACAAAUACCAAACUAUGGCCAUUGAAGCUGACCUUGGAGGUGGCAGCUUGGUUUAUCUUGCUUAUUUUCAUCCUGGAGAUCCUUCUUAAGUGGCUAUCCAACUUUUCUGUUUUCUGGAAGAGUGCCUGGAAUGUCUUUGACUUUGUUGUUACCAUGUUGUCCCUGCUUCCCGAGGUUGUGGUAUUGGUAGGGGUAACAGGCCAAUCGGUGUGGCUUCAGCUUCUGAGGAUCUGCCGGGUGCUGAGGUCUCUCAAACUCCUUGCACAAUUCCGUCAAAUUCAAAUUAUUAUUUUGGUCCUGGUCAGGGCCCUCAAGAGCAUGACCUUCCUCUUGAUGUUGCUGCUCAUCUUCUUCUACAUUUUUGCUGUGACUGGUGUCUACGUCUUCUCAGAGUACACCCGUUCACCUCGUCAGGACCUGGAGUACCAUGUGUUCUUCUCGGACCUCCCGAAUUCCCUGGUAACAGUGUUCAUUCUCUUCACCUUGGAUCAUUGGUAUGCACUGCUUCAGGACGUCUGGAAGGUGCCUGAAGUCAGUCGCAUCUUCAGCAGCAUCUAUUUCAUCCUUUGGUUGUUGCUUGGCUCCAUUAUCUUUCGAAGUAUCAUAGUAGCCAUGAUGGUUACUAACUUUCAGAAUAUCAGGAAAGAGCUGAAUGAGGAGAUGGCGCGUCGGGAGGUUCAGCUCAAAGCUGACAUGUUCAAGCGGCAGAUCAUCCAGAGGAGAAAAAACAUGUCACAUGAAGCACUGACGUCAAGCCAUAGCAAAAUAGAGGACAGUUCAAGAGGAGCUAGUCAACAAAGGGAAAGUUUGGACUUAUCAGAAGUGUCUGAAGUAGAGUCUAAUUAUGGUGCCACUGAAGAGGAUUUAAUAACAUCUGCAUCAAAAACAGAAGAGACCUUGUCAAAAAAGAGAGAGUACCAGUCUUCCUCCUGUGUCUCCUCCACAUCCUCUUCCUAUUCUUCCUCUUCUGAAUCCAGAUUUUCUGAAUCUAUUGGUCGUUUGGACUGGGAGACUCUUGUGCACGAAAAUCUGCCCGGGCUAAUGGAAAUGGAUCAGGAUGACCGUGUUUGGCCCAGAGACUCACUCUUCCGAUAUUUUGAGUUGCUAGAAAAGCUUCAGUAUAACCUAGAGGAACGUAAGAAGUUACAAGAGUUUGCAGUGCAGGCACUGAUGAACUUGGAAGACAAGUAAAGCAAUGGAUGGCUUCAAUAUCCUUGGGCCCAGCAAAAGAUAAUGAAGGGAAUUGUUGGAAAUAGAGAAUUGAAAAUAUAAACAUUCAGAUAGAACAAUGUCUGUUCAUUAAAAUUAAAAAGUAUAAGUGUCUAGGCCAGGCGUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCAGAUGCUUGUAAUCAUAGCUACUUGGGAGCCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGUCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUGAGACUCUGUAUAAGUGUCUUAUAAAUACUCCUGAUAGCUGCUCAGUAGUGUGACCCUGAGAUAAGGGAUAUUGAAAGGCAUAAGGUCAAGUAAAAGAGUUAGUUCAAGCUGAGUGUGGUGAUGUGUGCCUCUAGUCCCAGCUAUGGGCUGAGGCAGGAUUGUUUGAGGCAGGGAGUUCGAGGCUACAGCAAGCUAGGAUCAUAUCACUGCAUUCCAGCCUGGGCAACAUAGCGAGACCCUAUCUCUAAAAAAGAACAAAACAAGUUAGCUCAGAUGCCAGUGGAGUCUGUGCUCCUUAGCUUUCUACCCUUUCCACAGCUCCUGAAUCUGACUCAUUUCUUGACUUUAUCAUUAUAGCUUCCACCCUUCCUGCAACCUCUACUGCCUGAUUAGAGUCCUAAUUUUACCCUCUCCCUCCCUGAUGCAUAGGUAAAGGCCCCUCUGUGGAGUAAGGAGAUCUUCAGAGCUGUUAGUGUAACUAAUUGAGAAGUAUUGUUUCCAUUGCGUGUUCCACUCAUGUUGCUUCUCUUGUGAACCAUUAACUUUAAUUGGAUAUUAUUUUUACCUGUUUCUGGACCGGAAGUCUCUUUAUUUCAUUUUGCCAUAGCUCAGGGCAGUGUUCAAAUCAGUAAGUGUUGUACAGGUUUUUAGUGUUAGAAGGGAUUUCAGAGUUAAUCUAUCUCCCAUCAAAGCAGGAACACCUUUUAGAACAUCACUGAAAGGAGGAUUAUCCAGGUAAUGCUUAAUGUUUCUAGUUAUUUGGGAUUUAUUAUCUAGAAGGGAUCCCAUUCCAUCGUUAGAAGACUUAAGUCUUUAGACAUGUUUAUUAUUAAAAAUUAUAUCACUUAUUGAGUGUUUAACAUGUAUGAGGUUAUUUAUAUAUUUAGUAUAUAUAUACUGUAUAUAGAGUAUGCAUAUUUCAUAAAAUAAUCAUAUAUGGAAGAUAGCGUCACAUUUUUAGAGAUCAGAAAACUAAGGCCUAAAGAAAUUAAGUAAGUUAAGUAGCUUGCCCAAGAGCACAUACCAAGUAAGAGGUAGAGCUAAGGUUCUAACUCAGGUUAAAAAUUCUGAGUUGAGAAAAAAAUCAGUUGAAGCCAUUUAAACAAUAAAAUAGCUUACUGGAGACUGGAAAAUUCAAAGGUAGUAUAGCUUCAGGAUUGAUUUAAUGUAAAAAUUCACUGUUGUUAGAUCUGUGGUUUUGUUUCUCUGGAAUUUUCCUGUCUGCGCUCUCCUCCACGUGUUCUUGUUAUUCUCAGACUGGCUUCACUUGGGUAGCCAGACAAUUUUCUGAAGCGCCUAGGCUUGCAUACCUAUUUCCCCAUAUGCAGGGGAAGAGAGCCGGUGACUCCUUUCUCAGUCAAUGAACAAAAUUUUUGAGCUUUGGGUCACAAUAAUGGUUAUUCUUGGAGUGAAGAUACUGAUGGGGAGGAAGCAUGAAGCAUCUGGAGUGCUAUAGAUAUGUUCCAUAUCUUGAUCUGCAUGGUGGUUACACCGGUAUAUACAGAUGUAAAAAUUCAACAAAAUGUACACUUAAAAUUUGGGCAUUAACUGCAGGUAAGUCAACCUCCACUCCUCUAAAGAUAUCCUGACCACCACUCUGAUUGGACCAAGAAGUUAGGUCAUAUGCUUACGUCUGAACAAAUUGUUGAGGUAAGGUGGUGGUUGUGAUGAAAUCACUAAUUAAGGCUUUCUCCUGAACUGGAGGUAAGGUCAGUAACACCCAACCUUAAGUAAGGGCUGCUACCCAAGUGGGGAAGAGAUGGAAGGGGGCAAUAGGGUGGUAAUUAUAAAGUCCUCACCUAAGAGUAUGUCUGGCAAAAAGGCCAAGAUGGGGAAAAGGCAAAUGAAUUGAAUGUCCAGAAUAAACAAAUCUAUGAAGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1230.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1307.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 1009.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((.((((((((((((((..(((((((...(((.((((((.((((........)))).))))))...(((((.(((((..(((..((((((.((((((...))))))(((.((((.(((.....))).).))))))(((((((...))))))).(((((((((((((((...(((.(((.((((...((((((.(..((((((......(((((((((((......((((((((.((((((((((....))))))....)))).))))..(((.....)))......(((((...((((.((..((((((..(((((((((((..(((((((.((((..(((((((.((.....((((..(((((..(((((((.(((((..(((((((...(((......))).))))))))))))((((((.((((...(((.....)))..))))...))))))...(((..((((((...(((...)))....))))))..)))))))))))))))..)))))).)))))))))))))............((((((((.((((.(((((..((((....(((((((....)))))))........(((.(((...))))))....))))....)))))..)))).)))...)))))))))))))))))))))))))))..)).))))....)))))...)))))))))))))))...((((((((.......))))))))))))))..).)))))))))).))).))).)))))).)))..)))))).((((((((((.(..(((.(((((.....(((..((((((((((((((((.((((.(......))))).)))))))))((((....(((....((((((((.(..........((((((((((....((.....(((((((((((((.(......).)))))))(((((((((((.((((((((((...((((((((((((.(((((..((.(((....)))))))))).))......((((((..(.(.(.((..(((((.(((((((((((((((((((..(((..(((((.((........)).)).)))..))).....((.(((((((((((((((.(((((...)))))))))))).)))).))))))..(((((((.(((..........))).)))))))..((.(((((.((((....(((....(((((((((...))))))))).(((((.((...))..))))).)))....)))).))))).)).)))))))))((((((...)))))).(((.((........)).))))).))))))))...)))))..)).).).)..))))))......))))))))))))))))).......))).)))).)).)))))...((((((((((((....(((((((.(...((((...((..................(((((((((.........((((.........))))...(((...)))......(((.(((.(((((........))).))))))))...)))))))))))...))))).))))))).)))))))))))).....(((((((.(((((.((((..(((((((((((((.((...)))))..(((((((.....((((.(((...)))))))..)))))))((.((((((..............)))))).)).....((((((.......((....)).......)))))))))))))))).)))).)))))))))))).(((((.....)))))........(((((.......)))))..))))))))...))))))))))).)))))))).)))....))))..................((((((......))))))........................(((((((((((((...(((((..(((((((((..((((.............))))..((((..((((((.(((.......)))...)))))).....)))))))))))).)..)))))....))))((((((((.(((.(((((........)))))))).))).))))).))))))))).....(((((((.((.....)).)))))))..(((((.((((.......)))).)))))..((((......)))))))))))..)))(((((((((((.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((....))))))))))))(((((.((((...)))).)))))..((((......)))).....)))))))))))))).))))...((((.(..(((((((.....))))........(((.......))).)))..).))))...((((.(((((.....(((....))).......))))))))))))).))))))).)))))))))))))).......))))).)))..).))))))))))))))))..((((((....))))))...)))..)))))))))).......)))...)))))))..((((((((((((((.((((......(((((((.........((((((((...........(((((.......)))))))))))))........))))))).....................((.......))....))))))))))))))))))....)))))))))))))).)))).....((((((((((.((((...((((((((((.((((.((((((((..((.((((.....(((((....((((((((((((((((((.......))))))))((.(((((....))))).))...))))))).)))...)))))...)))).))....))))))))....(((.(((.((((((....)))))).)))))))))).)))))))))))))).)))))))))).(((((..(((((((((..((((((...(((..(((((...((((((........)))))).)))))..))))))))))))))))))..)))))........(((((((.(.((..........))))))))))......(((((((....))))))).(((((((((.......((..((((.(((((.....((((((((((((........)))))))).))))......((((..((((.((((........)))).)))))))).((((.(((((((((...((......((((.((((.(((((.....((........))....))))).)))).))))......))...))))))))).))))..))))))))).)))))))))))...(((.((......(((((((((((((((((((......))))((((......))))...........(((((.......)))))((((((((.(((((((....(((((..(((.......))).)))))....)))))))........((((((...)))))).((((((...(((((((.((..(((...(((((.(((.....(((((((...)))))))..(((((.(((.((((...)))).)))...)))))...............(((((.((.........)).))))).))).)))))...)))..)).).))))))...)).))))..(((((((((....((..((((.........))))..)).(((((.((..((((...)))))).))))))))))))))(((((...))))).......))))))))(((..(((.(((((..(((.......)))..))))).)))..)))..)))))))))))))))......))))).)))))))).((((((..(((....)))..))))))........(((((((......))).))))..(((..(..(((.....)))..).)))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((.((((((((((((((..(((((((...((({(,((((,(({{........}))),))),))..}|((((,(((({..((({.((((.((((,(((({((|||{((((.((|,.,,,.}|.|}))||,,|||||{(((((({{.|||||,|,((((((((((,.(((...((((((,{((({{({((((((.{..((((((,{.{,.{((((((((({......{{{,({((.((((((((((....))))))....)))).)))}..{,,....,},.....||((({{...((((.((..((((((..(((((((((({.{(((((((.((((..{((((((..,,,{{.((((..(((((..(((((({,,,{(({.(((((({...({{......))).))))))),}}},{(((((,(((({(,(((.....|||{,|}||,..}})))),..|||..{{{|||.|||||,}}),}}.,|||||,,.})))))))))})))))..))))})})))))))))))))............((((((((.((((.(((((..((({....(((((((....)))))))........{((.(((...)))))}....}},,....)))))..)))).)))...)))))))))))))))))))))))))))..)).))))....)))))..|}}}}))))))))))}||,(((((((({.....,))))))))}}})))..}.)))}}}{||,.,,,|,,,((.(((((((((((((..(({......}))....)))))))))))))}|{|,.,,}}|,.(((((((((.{(((.(......))))}.))))))))).}}},...}))}}))))..)))))})....,{(((.......))))||}},}.}}))))))}|{{{|||,.,{,,.,|{|||||||,{{{(((({{{.{{{(((((((...((((((((((,(.(((((,{{{.{{{....,)))}))))).}}......((((((..(.(.(.((..(((((.(((((((((((((((((((.....,((....))|{({,(,.{((((((({{..|,,.....||.(((((((((((((((.({{({...}))))))))))).)))).)))),..,(((((((.(((..........))).))))))}||(({(|,,,.{{{(({(((((....(((((((({...}))))))))))))),.)),..,,,|,,..}}})))}.,)))))))})),)).)))))))))((((((...)))))).,((,({....,,,.}}.}}})).))))))))...)))))..)).).}.)..))))))...,,.))))))))))))))))),,,,,,}))),)))}.}),))}}}...{{{{{{{(((((,,,.((((({{..,,,||,,{{|||||||....,}}.}},,}}{{{((((({.........((((.........)))).}.{{{...})}......(((.(((.{{{((........))),))))))))...}}}))))))))}}}).,,}.))))))}.})))))}}}}}}..,{{(((((((.(((((.((((.{({{(((((((({(,{,...,||}},.(((((((.....((((.(({...}))))))..))))))),|,{{{{{.{(((...,.{{(.{{({({{,{{.....}))})})),}},.,..})))}}.,,..,,,,}}})))))))))).)))).)))))}}}}}}}.(((((.....)))))....|,,,||||{,{((((((((((((..{{{{{{|......{{{{{{{.{{{{{||{{,......,.,,.,{,............}}}|,,,..}}}}}).))),))))))}.................(((((((((((((...(((((..{((((((((..{{,..............,,||.{(({({{((((((,{{,..,||,.}})}},})))}}.,...,}}|)))))))).}..)))))....))))((((((((.(({,(((((........)))))))).))).))))).))))))))}(((((((...))))))).....{(((({{...(((((.((((.......)))).))))).....)))))}}))))))))))),.),){((((((((((.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((....))))))))))))(((((.((((...)))).)))))..((((......)))).....))))))))))))))}})))(({((((.{..(((((((.....))))........{{{.......))).))),,).}}}},}.((((.(((((.....,{{....}}}.......))))))))))))).))))))).)))))))))))))).......))))))).)}}}.))))..,|||||,,|,,.{{,|||},..}},}}}...)))..))))})))}}...,...)))...)))))))..((((((((((((((,(((({{,,,.(((((({..,|,,,..((((((((...........(((((.......)))))))))))))..,},..,|}}}}}}...,,..||..,.......,,}|.}}}}}}))..,,)),)))))))))))))))....)))))))))))))).)))).....((((((((((.((((...((((((((((.((((.((((((((..((.((({.,{..(((((....((((((((((((((((((.......))))))))((.(((({....))))).))...))))))).)))...)))))..,)))).))....))))))))....(((.(((.((((((....)))))).))))))}})).)))))))))))))).)))))))))).(((((..(((((((((.,{((((({(((((.,{((((,,,,|||||}|}}}},,}}))}},,|}||..,},})))},)))))))))..))))}.}.,,...{((((((.{.{,||....,,..||}))}}}}}......(((((((....))))))).(((((((((.......||..((((.(((((.....((((((((((((........)))))))),})))......((((..((((.((((........)))).)))))))),((((.(((((((((..{((.,,,{.((((.((((.(((((..,.{(,.......,),....))))).)))).)))).}},,.)),}.))))))))).))))..))))))))).,,)))))))))...{{{,{{...,..(((((((((((((((((((......))))((((......))))..........,(((((.......)))))|(((((((.(((((((....(((((..{{(.......}}}.)))))....)))))))......{{,(((({,{{|||}||.{{{{{{...(((((((.,{..({{,{,(({{{.,|||||..(((((((...)))))))..{{{{{{,{((((....))))}|||{,{.},|,||,.......,,.,..,||||,|.,,.......}),}}},,..,)})))}}...}},.})),).)))))),,,}),)),),.(((((((((....{{..((((......,,.))))..,,.(((((.((..((({...}))))).))))))))))))))(((((...))))).......)))))))}(((..(((.(((((..(((.......)))..))))).))).})))..))))))))))))))).,),,.})))}.)))))))).((((((..{{{....}))..)))))).......,(((((((......))),,}}},.({{..,..(({.....}))..,.)))............,}}....,}}}.
Back