Basic Information

Symbol
CBFA2T3
RNA class
mRNA
Alias
CBFA2/RUNX1 Partner Transcriptional Co-Repressor 3 ZMYND4 MTGR2 MTG16 RUNX1T3 ETO2 Core-Binding Factor, Runt Domain, Alpha Subunit 2; Translocated To, 3 Myeloid Translocation Gene On Chromosome 16 Protein Zinc Finger MYND Domain-Containing Protein 4 Myeloid Translocation Gene 8 And 16b CBFA2/RUNX1 Translocation Partner 3 MTG8-Related Protein 2 Protein CBFA2T3 MTG8-Related Gene 2 HMTG16
Location (GRCh38)
16:88874858-88977207
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005187.6
Sequence length
4480.0 nt
GC content
0.6065

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1751.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1831.09 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 993.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005187.6 NCBI
AAACCGGAAUGGCCCGAGGGAAGGCCGCGCAGGGCAGGGCCCCAGAUGG… 4480 nt 0.6065
NM_175931.3 NCBI
GUGAGACUCUCGGGCGAGCGCGCGGCGUUGGAGCCACAGGCGCGGCGGC… 4185 nt 0.6103
Summary

This gene encodes a member of the myeloid translocation gene family which interact with DNA-bound transcription factors and recruit a range of corepressors to facilitate transcriptional repression. The t(16;21)(q24;q22) translocation is one of the less common karyotypic abnormalities in acute myeloid leukemia. The translocation produces a chimeric gene made up of the 5'-region of the runt-related transcription factor 1 gene fused to the 3'-region of this gene. This gene is also a putative breast tumor suppressor. Alternative splicing results in transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2010]

Forensic Context

A study in humans analyzing leukocyte gene expression profiles from severe burn patients identified the CBFA2T3 as a top sustained increasing gene (SIG) and a core biomarker for burn recovery, with its expression rising from the healthy state through the late recovery phase (>400 hours post-injury) [Xu et al. DOI:10.1159/000493451].