Basic Information

Symbol
CCKBR
RNA class
mRNA
Alias
Cholecystokinin B Receptor Gastrin/Cholecystokinin Type B Receptor CCK-BR CCK-2R CCK2R GASR Cholecystokinin Type 2 Receptor Cholecystokinin-2 Receptor Gastrin Receptor CCK-B Receptor CCK2 Receptor CCK2-R CCK-B CCKRB
Location (GRCh38)
11:6259806-6272127
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_176875.4
Sequence length
2019.0 nt
GC content
0.5924

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-805.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -836.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318029.2 NCBI
AGCCUGAGCCGGAAUCGCAGCGUGAGCAGGUGGAGCCGCGUUGGGAGCC… 1767 nt 0.5982
NM_001363552.2 NCBI
AGCCUGAGCCGGAAUCGCAGCGUGAGCAGGUGGAGCCGCGUUGGGAGCC… 2226 nt 0.5952
NM_176875.4 NCBI
AGCCUGAGCCGGAAUCGCAGCGUGAGCAGGUGGAGCCGCGUUGGGAGCC… 2019 nt 0.5924
Summary

This gene encodes a G-protein coupled receptor for gastrin and cholecystokinin (CCK), regulatory peptides of the brain and gastrointestinal tract. This protein is a type B gastrin receptor, which has a high affinity for both sulfated and nonsulfated CCK analogs and is found principally in the central nervous system and the gastrointestinal tract. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A misspliced transcript variant including an intron has been observed in cells from colorectal and pancreatic tumors. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal nerve ligation induced significant transcriptional changes in injured dorsal root ganglia, including a 10.00-fold upregulation of the CCKBR (Cckbr) [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].