Basic Information

Symbol
CCR6
RNA class
mRNA
Alias
C-C Motif Chemokine Receptor 6 CKR-L3 CMKBR6 GPR29 GPR-CY4 STRL22 CD196 DCR2 BN-1 Chemokine (C-C Motif) Receptor 6 C-C Chemokine Receptor Type 6 Chemokine Receptor-Like 3 LARC Receptor C-C CKR-6 CC-CKR-6 GPRCY4 DRY-6 CCR-6 CKRL3 DRY6 Seven-Transmembrane Receptor, Lymphocyte, 22 G Protein-Coupled Receptor 29 G-Protein Coupled Receptor 29 Chemokine (C-C) Receptor 6 CD196 Antigen
Location (GRCh38)
6:167111795-167139141
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031409.4
Sequence length
3136.0 nt
GC content
0.4308

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-941.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -999.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 753.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001394582.1 NCBI
AACUCACACGGCCUCUUGCAAACGUUCCCAAAUCUUCCCAGUCGGCUUG… 3193 nt 0.4341
NM_004367.6 NCBI
AGCACACCACCCAGUGUAUGGGUGAAGGAGGCAGCAGUGUGGCCGGAGA… 3228 nt 0.4334
NM_031409.4 NCBI
GCUUUUUUCUUAAUGACUGCUAGAAGCUGCAUCUUAUUGACAGAUGGUC… 3136 nt 0.4308
Summary

This gene encodes a member of the beta chemokine receptor family, which is predicted to be a seven transmembrane protein similar to G protein-coupled receptors. The gene is preferentially expressed by immature dendritic cells and memory T cells. The ligand of this receptor is macrophage inflammatory protein 3 alpha (MIP-3 alpha). This receptor has been shown to be important for B-lineage maturation and antigen-driven B-cell differentiation, and it may regulate the migration and recruitment of dentritic and T cells during inflammatory and immunological responses. Alternatively spliced transcript variants that encode the same protein have been described for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that polytrauma (osteotomy, blunt chest trauma, and burn) significantly upregulated local mRNA expression of the CCR6 at the fracture site 24 hours post-trauma compared to osteotomy alone, indicating an altered early local immune response [Mangum et al. DOI:10.1186/s13018-019-1082-4]. This dysregulated inflammatory state was associated with significantly impaired bone healing, as evidenced by a reduced bone volume fraction at five weeks.