Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004367.6
Sequence Length
3228 nt
GC Content
0.4334
AGCACACCACCCAGUGUAUGGGUGAAGGAGGCAGCAGUGUGGCCGGAGAGGAGAGCUGGGCUGGGAGCACAGGAAGGUCCCCAGGACUCUGUGGUCAUCAGUAAGAGAGGGCCCACGUGUAUAUGCUGGUGAACAGAAAUGUCAACCUUUUCAAAGUCUGACAUUUAAGAGAAAAAACUGUGGCUGUUGGUUUGUGGAACAGACAGCUCCUUCUUUAUUGAGUCACCUCUACUUUCCUGCUACCGCUGCCUGUGAGCUGAAGGGGCUGAACCAUACACUCCUUUUUCUACAACCAGCUUGCAUUUUUUCUGCCCACAAUGAGCGGGGAAUCAAUGAAUUUCAGCGAUGUUUUCGACUCCAGUGAAGAUUAUUUUGUGUCAGUCAAUACUUCAUAUUACUCAGUUGAUUCUGAGAUGUUACUGUGCUCCUUGCAGGAGGUCAGGCAGUUCUCCAGGCUAUUUGUACCGAUUGCCUACUCCUUGAUCUGUGUCUUUGGCCUCCUGGGGAAUAUUCUGGUGGUGAUCACCUUUGCUUUUUAUAAGAAGGCCAGGUCUAUGACAGACGUCUAUCUCUUGAACAUGGCCAUUGCAGACAUCCUCUUUGUUCUUACUCUCCCAUUCUGGGCAGUGAGUCAUGCCACCGGUGCGUGGGUUUUCAGCAAUGCCACGUGCAAGUUGCUAAAAGGCAUCUAUGCCAUCAACUUUAACUGCGGGAUGCUGCUCCUGACUUGCAUUAGCAUGGACCGGUACAUCGCCAUUGUACAGGCGACUAAGUCAUUCCGGCUCCGAUCCAGAACACUACCGCGCAGCAAAAUCAUCUGCCUUGUUGUGUGGGGGCUGUCAGUCAUCAUCUCCAGCUCAACUUUUGUCUUCAACCAAAAAUACAACACCCAAGGCAGCGAUGUCUGUGAACCCAAGUACCAGACUGUCUCGGAGCCCAUCAGGUGGAAGCUGCUGAUGUUGGGGCUUGAGCUACUCUUUGGUUUCUUUAUCCCUUUGAUGUUCAUGAUAUUUUGUUACACGUUCAUUGUCAAAACCUUGGUGCAAGCUCAGAAUUCUAAAAGGCACAAAGCCAUCCGUGUAAUCAUAGCUGUGGUGCUUGUGUUUCUGGCUUGUCAGAUUCCUCAUAACAUGGUCCUGCUUGUGACGGCUGCAAAUUUGGGUAAAAUGAACCGAUCCUGCCAGAGCGAAAAGCUAAUUGGCUAUACGAAAACUGUCACAGAAGUCCUGGCUUUCCUGCACUGCUGCCUGAACCCUGUGCUCUACGCUUUUAUUGGGCAGAAGUUCAGAAACUACUUUCUGAAGAUCUUGAAGGACCUGUGGUGUGUGAGAAGGAAGUACAAGUCCUCAGGCUUCUCCUGUGCCGGGAGGUACUCAGAAAACAUUUCUCGGCAGACCAGUGAGACCGCAGAUAACGACAAUGCGUCGUCCUUCACUAUGUGAUAGAAAGCUGAGUCUCCCUAAGGCAUGUGUGAAACAUACUCAUAGAUGUUAUGCAAAAAAAAGUCUAUGGCCAGGUAUGCAUGGAAAAUGUGGGAAUUAAGCAAAAUCAAGCAAGCCUCUCUCCUGCGGGACUUAACGUGCUCAUGGGCUGUGUGAUCUCUUCAGGGUGGGGUGGUCUCUGAUAGGUAGCAUUUUCCAGCACUUUGCAAGGAAUGUUUUGUAGCUCUAGGGUAUAUAUCCGCCUGGCAUUUCACAAAACAGCCUUUGGGAAAUGCUGAAUUAAAGUGAAUUGUUGACAAAUGUAAACAUUUUCAGAAAUAUUCAUGAAGCGGUCACAGAUCACAGUGUCUUUUGGUUACAGCACAAAAUGAUGGCAGUGGUUUGAAAAACUAAAACAGAAAAAAAAAUGGAAGCCAACACAUCACUCAUUUUAGGCAAAUGUUUAAACAUUUUUAUCUAUCAGAAUGUUUAUUGUUGCUGGUUAUAAGCAGCAGGAUUGGCCGGCUAGUGUUUCCUCUCAUUUCCCUUUGAUACAGUCAACAAGCCUGACCCUGUAAAAUGGAGGUGGAAAGACAAGCUCAAGUGUUCACAACCUGGAAGUGCUUCGGGAAGAAGGGGACAAUGGCAGAACAGGUGUUGGUGACAAUUGUCACCAAUUGGAUAAAGCAGCUCAGGUUGUAGUGGGCCAUUAGGAAACUGUCGGUUUGCUUUGAUUUCCCUGGGAGCUGUUCUCUGUCGUGAGUGUCUCUUGUCUAAACGUCCAUUAAGCUGAGAGUGCUAUGAAGACAGGAUCUAGAAUAAUCUUGCUCACAGCUGUGCUCUGAGUGCCUAGCGGAGUUCCAGCAAACAAAAUGGACUCAAGAGAGAUUUGAUUAAUGAAUCGUAAUGAAGUUGGGGUUUAUUGUACAGUUUAAAAUGUUAGAUGUUUUUAAUUUUUUAAAUAAAUGGAAUACUUUUUUUUUUUUUUUAAAGAAAGCAACUUUACUGAGACAAUGUAGAAAGAAGUUUUGUUCCGUUUCUUUAAUGUGGUUGAAGAGCAAUGUGUGGCUGAAGACUUUUGUUAUGAGGAGCUGCAGAUUAGCUAGGGGACAGCUGGAAUUAUGCUGGCUUCUGAUAAUUAUUUUAAAGGGGUCUGAAAUUUGUGAUGGAAUCAGAUUUUAACAGCUCUCUUCAAUGACAUAGAAAGUUCAUGGAACUCAUGUUUUUAAAGGGCUAUGUAAAUAUAUGAACAUUAGAAAAAUAGCAACUUGUGUUACAAAAAUACAAACACAUGUUAGGAAGGUACUGUCAUGGGCUAGGCAUGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCAUUUUGGGAAGCUAAGAUGGGUGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGCGAAACCCCUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUUGCCAGGCGUGGUGGCGGGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAAGAGAAUCGCUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGUGACAAAGCGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAACUGUCAUGUAAACAUACCAACAUGUUUAAACCUGACAAUGGUGUUAUUUGAAACUUUAUAUUGUUCUUGUAAGCUUUAACUAUAUCUCUCUUUAAAAUGCAAAAUAAUGUCUUAAGAUUCAAAGUCUGUAUUUUUAAAGCAUGGCUUUGGCUUUGCAAAAUAAAAAAUGUGUUUUGUACAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-978.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1039.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 670.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((((.....))))))....(((((((.(.(((((.((((((.((((.((((((((((.(((((...(((((...)))))))))).)).))))).((((((((..(((..((....))..))).((((((((((((..(((....)))..))))))))...........))))(((((((.((((...)))).)))))))))))))))......))).)))).)))))).)))))))))))))((((((((((((((.((.......))))))))..........))))))))............(((...((((((((((((..(((...)))..))).)))))).)))..)))((((((((((((.(((.(((.....((((((.(((((((((.....((.((((((.(((..(((((...)))))..)))(((((((.(((((..(((.((((((((.(((((((.((((.(((((((((((..(.((((((((....(((((((.((((.(((....((((((((..(((((((...((((.....)))))))).)))..))))((((((((((((.((((.......)))).........(((...))))))))).))))))..((((((.(((((((..........)))..(((((((((.......(((((((.(((..............))))))))))......)))))))))...)))).))))))...(((((........)))))....(((.(((((.((((..............(((((((((((...........)))))))))))((((((..((.......)).)))))).......((((.((((((.((((((((((((....(((((((((((.((((((.((((.((((((..((((((.((((((((((..(....)..)))))....)))))))))..))..))))))...........))))..))))))))))))..((((((((..............((.(((....))).))..........(((.....)))...))))))))....))))))))).)))))))).))).)))..))))........(((.((((..((((((...(((((.......(((..((((((..((.....((((((((.....)))..)))))....)).........(((..((.((.((((.(((((((((((((((.......((((((..((((((.....))))(((..((((((((....))))))))..))).((((((((((((((.(((((..((((........))))......((((((((((((((((((...........)))))))))))...))).))))((((.....(((((.....))))).((((((...)))).)).....(.(((.((((.(((((.(((((((((......(((((((...............)))))))(((((((.(((.((((((((((..............((((((...(((((.(.((((.((((....(((.(((....))))))....))))..))))).)))))...)).)))).....)))))))))))))..((((((((....)))))))).....((((....))))))))))).))))))...)))))))).))))...))).)......((((((..((((.(((((....)))))))))....))))))...))))))))).))))))).))))))).))...)))))).......)))))))))........((((((............(((...)))............))))))((((.....((((((((((........))))))))))))))((((.......))))))))))..))))))))..)))......))))))))).......))))).))))))..)))).))).....)))).))))).)))))))....))).)))).))).))))...)))))))).)..))))))....))))).)))).(((((((((....)))))))))........(((((....))))))))))))............))))))..))...)))...)))))))))))).(((......))).............))))))))...))))..))))).)))))))))..))).))))))))))))(((((.(((...))).)))))((...)).((((.(((..........)))))))(((((((((..((((....)))).......(((((((((((((......((((((((.((((((....)))))).))))))))..........((((((((((((((((....(((((..((((.(((........)))))))..)))))(((((((..((((.((((.(((((((((........(((((.(((((((((((((.((((((((((..((((((.(....))))))).....))).))))))).)))))........))))))))((((((((.........))))))))..)))))))))))))).))))..))))...)))))))...((((((((..(((((((.....((.........)).....)))))(((.((((((...........)))))).)))(((..(((..(((((((((((((((.(((((((((..((((((.((((...((((((((....))))))))...)))).))...))))...)))))....))))))))))))..)))))))..))))))..))..)))))))).....((((((((.......))))))))((((....((((((....)))))).....))))..(((..((((((..(((((((..(..(((..(((((((.((((....)).)))))))))))))..)))))))....))))))..)))............))))))))))))))))..(((((((((((..(((((((......)))))))....)))))((((.(((......))).))))...)))))))))))))))))))..))))))))).((((((((.......(((....)))........))))))))....(((.(((....))).)))...........)))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({({.((((((.....))))))....(((((((.{.(((((.((((((.{(((.(((((({,((.(((((...(((((...)))))))))).)).}||||.((((((((.{((({{,....,)}}}),}.,{{{((((((((..(((....)))..))))))))...........))}}(((((((.((((...)))).))))))))))))))),,,,,,))).)))}.)))))).)))))})))))))((((((((((((((.((.......))))))))..........)))))))),..,{{{((((.({...,}.))))||||,,..{{,...}}|,{||}.,,,))).}}|,.|||((((((((((((.(((.(({....,((((((.({(((((((.....((.((((((.,{(,,(((((..,}|}||,,|{((((({{...,((({..,|,}....)))})))),|..(((((.((.(((((((.((((((((((((({....,(((({...,))))....(((({....}))))(((((((.,.((((((((((.{(,{{{.(((((((((...((((((((((((({{{((..((((((..((({...}))).)))))).,,,{{,,{.{{({((((({{........|,||},,|(((((((({......(((((({.|({..............))}))))))).....|))))))))}..}))}{{{|{{{,...(((((........)))))...,{{,...},)),))),.,,},|,,..,..(((((((((((...........)))))))))))((((((..{{.......}}.))))))...{{(((........)}}}}..........})))),)).)))))))))))..}}{((.((((((..((((({{((((((((((.,{....),.)))))....)))))))))..))..))))))..))}..........))))))).)).,....}.}}.))))}...)))))..}))}})))((((((.(((({........,((((((.(((((,.{((....})).}..)))))..))))))))))))))))).,,))))))))..(((.((((..((((((,,,{{{{{{{{{...(((..((((((.,{({{,,.((((((((.....)))..})))).....|.....,,..,{{,.{({,,{((((,((({{,(((((((((.......((((((..{,((((.....))))(((..((((((({....})))))))..))),((((((((((((((.((((({.{(((........)))),..,..{(((((((((((((((((...........)))))))))))...))).)))}((((.....(((((.....))))),.,((((...)))}..}..,||..,||.((((.{((((.(((((((({......(((((((.,,.,.......,..)))))))(((((((.(((.((((((((((..........,...{((({(,..(((((.{,((((.((((.,..(((.(((....)))}))..}.))))..))))).))))).,.}}.)))).....)))))))))))))..{((((((,....,))))))}.....((((....))))))))))).})))))}..,))))))}.))))...}}|{{{{....,((((,{{((,({,,,,|,.,})),,)))),....))))},...))))))))).))))))).)))))))}},...)))))).......))))))))},,.............,...........|}}}))))..,}.,,...,,,||,,||{,,.,},.((((((((((........)))))))))).,{|((((.......)))))))))),}))}}|||,..,))..,...)))))))))}}}}...}}))).))))))..)))).))).....)))))).))}})))))).))))).},......((((({.....)))))).(((((((((((((((((((.,,...(((((((((....))))))))).......{((((((((((((,.((((((((..(((....)))..)))))))).,))....))),.)))))))}.))))))))...)))))))).))).))))))))...)))))}),})).)))))))))..))).)))))))))))}{{|||,{(({{.||}.}}}}}||.,,}),(((|{(((..........)))))))(((((((((.{((((....}}}),.,,...(((((((((((((....,,((((((((.((((((....)))))).))))))))..........((((((((((((((((....{((({..{(((.(((,......,}}}}}}}..}}}}}(((((((..((((.((((.(((((((((........(((((.{((((((((((((.((((((((((.,((((((.(....))))))}..,..))).))))))).)))))........)))))))|((((((((.........))))))))..)))))))))))))).))))..))))...))))))).,,{{({((({..,.{{{{{.,....}}},}.....},.....}}}}}{{{.((((((...........)))))).))}{((..(((..(((((((((((((((.(((((((((..((((((.((((,..((((((((....))))))))...)))).))...))))...)))))....))))))))))))..)))))))..)))}}),,}},.......,......{(((((((.......))))))))((({....((((({....}))))).,,,,|||}..(((..((((((,.(((((((..(..(((..(((((((.((((....)).)))))))))))))..)))))))..,.))))))..)))..}}}},.....})))))))))))))))..{{{{{{(((((.{(((((((......))))))}..,.))))),{{{,{{{....,.}}}.}}}}..,))})}})))))))))))))..))))))))).,{{{{(((.......{{{....}}}.,,{{||{|||}}}},.,..|||.|||},}}))).|||{,,,,,.....,})))),,,,,......
Back