Basic Information

Symbol
CD19
RNA class
mRNA
Alias
CD19 Molecule B-Lymphocyte Surface Antigen B4 T-Cell Surface Antigen Leu-12 Differentiation Antigen CD19 B-Lymphocyte Antigen CD19 CD19 Antigen CVID3 B4
Location (GRCh38)
16:28931965-28939342
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001770.6
Sequence length
1918.0 nt
GC content
0.5954

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-817.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -849.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 361.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001178098.2 NCBI
AAGCUGGGUGCCCCGGAGAGUCUGACCACCAUGCCACCUCCUCGCCUCC… 1921 nt 0.5955
NM_001385732.1 NCBI
AAGCUGGGUGCCCCGGAGAGUCUGACCACCAUGCCACCUCCUCGCCUCC… 1651 nt 0.5924
NM_001770.6 NCBI
AAGCUGGGUGCCCCGGAGAGUCUGACCACCAUGCCACCUCCUCGCCUCC… 1918 nt 0.5954
Summary

This gene encodes a member of the immunoglobulin gene superfamily. Expression of this cell surface protein is restricted to B cell lymphocytes. This protein is a reliable marker for pre-B cells but its expression diminishes during terminal B cell differentiation in antibody secreting plasma cells. The protein has two N-terminal extracellular Ig-like domains separated by a non-Ig-like domain, a hydrophobic transmembrane domain, and a large C-terminal cytoplasmic domain. This protein forms a complex with several membrane proteins including complement receptor type 2 (CD21) and tetraspanin (CD81) and this complex reduces the threshold for antigen-initiated B cell activation. Activation of this B-cell antigen receptor complex activates the phosphatidylinositol 3-kinase signalling pathway and the subsequent release of intracellular stores of calcium ions. This protein is a target of chimeric antigen receptor (CAR) T-cells used in the treatment of lymphoblastic leukemia. Mutations in this gene are associated with the disease common variable immunodeficiency 3 (CVID3) which results in a failure of B-cell differentiation and impaired secretion of immunoglobulins. CVID3 is characterized by hypogammaglobulinemia, an inability to mount an antibody response to antigen, and recurrent bacterial infections. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2020] CIViC Summary for CD19 Gene

Forensic Context

A study in humans identified CD19 as a key sialylation-related gene and a predictive biomarker for sepsis-induced acute respiratory distress syndrome (ARDS), with its expression significantly upregulated in the ARDS group compared to sepsis controls in both public datasets and validated clinical blood samples [Liu et al. DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769].