Basic Information

Symbol
CD1A
RNA class
mRNA
Alias
CD1a Molecule T-Cell Surface Glycoprotein CD1a T-Cell Surface Antigen T6/Leu-6 CD1A Antigen, A Polypeptide HTa1 Thymocyte Antigen CD1a Antigen CD1 Epidermal Dendritic Cell Marker CD1a Differentiation Antigen CD1-Alpha-3 Cortical Thymocyte Antigen CD1A Cluster Of Differentiation 1 A FCB6 HTA1 R4 T6
Location (GRCh38)
1:158254424-158258269
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001763.3
Sequence length
1809.0 nt
GC content
0.4748

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-594.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -628.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 567.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320652.2 NCBI
AUAUCUGGGUUCUGAGGAGAGCUUCAAUGGGGAAGGAAGAAUUUAGGAG… 1581 nt 0.4813
NM_001763.3 NCBI
AAGUUGGAGGUUGGUGACAAGGAGAGAAGCUGGAACAGAGAGGAGAGUC… 1809 nt 0.4748
Summary

This gene encodes a member of the CD1 family of transmembrane glycoproteins, which are structurally related to the major histocompatibility complex (MHC) proteins and form heterodimers with beta-2-microglobulin. The CD1 proteins mediate the presentation of primarily lipid and glycolipid antigens of self or microbial origin to T cells. The human genome contains five CD1 family genes organized in a cluster on chromosome 1. The CD1 family members are thought to differ in their cellular localization and specificity for particular lipid ligands. The protein encoded by this gene localizes to the plasma membrane and to recycling vesicles of the early endocytic system. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

A study in human skin wound healing identified the CD1A as a marker for Langerhans cells, a specific immune cell type, within the comprehensive single-cell atlas [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013].