Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320652.2
Sequence Length
1581 nt
GC Content
0.4813
AUAUCUGGGUUCUGAGGAGAGCUUCAAUGGGGAAGGAAGAAUUUAGGAGCCAUGUUUGCGUUUGGAGGAGCAACAGGGCUCAAGGAGCCUCUCUCCUUCCAUGUCACCUGGAUCGCAUCCUUUUACAACCAUUCCUGGAAACAAAAUCUGGUCUCAGGUUGGCUGAGUGAUUUGCAGACUCAUACCUGGGACAGCAAUUCCAGCACCAUCGUUUUCCUGUGCCCCUGGUCCAGGGGAAACUUCAGCAAUGAGGAGUGGAAGGAACUGGAAACAUUAUUCCGUAUACGCACCAUUCGGUCAUUUGAGGGAAUUCGUAGAUACGCCCAUGAAUUGCAGUUUGAAUAUCCUUUUGAGAUACAGGUGACAGGAGGCUGUGAGCUGCACUCUGGAAAGGUCUCAGGAAGCUUCUUGCAGUUAGCUUAUCAAGGAUCAGACUUUGUGAGCUUCCAGAACAAUUCAUGGUUGCCAUAUCCAGUGGCUGGGAAUAUGGCCAAGCAUUUCUGCAAAGUGCUCAAUCAGAAUCAGCAUGAAAAUGACAUAACACACAAUCUUCUCAGUGACACCUGCCCACGUUUCAUCUUGGGUCUUCUUGAUGCAGGAAAGGCACAUCUCCAGCGGCAAGUGAAGCCCGAGGCCUGGCUGUCCCAUGGCCCCAGUCCUGGCCCUGGCCAUCUGCAGCUUGUGUGCCAUGUCUCAGGAUUCUACCCAAAGCCCGUGUGGGUGAUGUGGAUGCGGGGUGAGCAGGAGCAGCAGGGCACUCAGCGAGGGGACAUCUUGCCCAGUGCUGAUGGGACAUGGUAUCUCCGCGCAACCCUGGAGGUGGCCGCUGGGGAGGCAGCUGACCUGUCCUGUCGGGUGAAGCACAGCAGUCUAGAGGGCCAGGACAUCGUCCUCUACUGGGAGCAUCACAGUUCCGUGGGCUUCAUCAUCUUGGCGGUGAUAGUGCCUUUACUUCUUCUGAUAGGUCUUGCGCUUUGGUUCAGGAAACGCUGUUUCUGUUAAGACACACCAUGAGCCUCCUCGUCACCCUUCUCCUUUUGGGGUGAGAGACCAGCAGCCCAAGGGCUCCAGACACACCUGAACACAUCGUGAUGAUGACGUCCUCUCAACUCUCUUUGUAAAAAUUUUGUUAUUUUUGCUUGUUUCUGAUUAAUGAUUGUUUGUCAAUAUAAGCUCAAUUUAAUUUUGCAGGAUUUGUUGUUCUGACCUGGGUUCUGGGACUUUUAAAUUCAAAUUUUAUCUCCAGAUGGAAUGGGGUCCUAGCAACCUCCACAUGUUCAACUAUUAAUGGAUCAUCAGGCCUGUUUUAGAUAUCCCUUACUCCAGAGGGCCUUCCCUGACUUACAAGUGGGAAGCAGUCUCUUCCUGGUCUGAACUCCCGCCACAUUUUAGCCGUACUUUGCUAACUGUGCUCCUCACUUCCUCUUCUUCAUUGCAGUUAUUUAGAUCCCCCCUUUCCUUCUAAUUUUUCAGCUCCUUCAAUGCAAAGUACAUGUAUUUUUAAUAUAUGCAUCCCUGGUGAAGGAUCUUGCCUGCAUGAAACAUGUUCUCAAUAAAACUCUGUGUUGAAUUUAUGCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-514.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -544.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 386.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((.((((((...((((.(((((((((((((((.....((((((((.(((.((((.((((((((....(((((((...))))).)))))))(((.(((((((((..((.(((((((((((..(((((.(((((...........(((((((((....(((((.........))))).))))))))).((.......)).......((((((((.(((...))).))))))))..))))).)))).)..)))))))))..(((((......)))))..............((..((((((((.(((((((.(......).))))))).)..)))))))..))...)).))..))))))))))))(((((((((..((..((((((....)).))))..))..)))))))))((((((.(((((......)))))))))))..(((((((((..(((.(((((((((((((...))))..)))))).))).)))(((((((((((....((((((((.(((((..(((((((((.....(((..........)))...(((.((((.((....(((((.(((.....))).)))))..(((.(((((((((.(((.......))).(((((((.(((((((..(.(((((((((((((.(.(((((((.........))).)))).).).)))))))...((((..((((....))))..)).))....))))).)...))).)))).)))).))).(((.(((((.(((.((((((.......)))).)).))).))))).)))....)))))))))))))))))).)))..(((.(((((......)))))..)))....((((..(((((((.........)))))))))))(((((......)))))(.((((.((((((((...((((((..(((((.....((((....)).)).....)))))..((((((((......(((.(((....))).))))).))))))..(((.(((((((.........))))))))))......((((....)))).(((......)))....)))))))))))))).)))).)......................)))))))))))).)).))))))))..(((..((((((....))))))))).....)))))))))))...)))))))))....(((((((((((((((.........((((((((....)))))))))))))))))).)))))))).))))..))).......(((...(((((((......((((..(((((......))))).((((((..(((....)))))))))..))))......)))))))..))).........(((((........))))).)).))))))..))))))..))))))))).)))).)))))).)))................((((((((((((((..........((((((((...)))))))).........)))))))........)).)))))((((...((((((........))))))...)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((.((((((...((((.(((((((((((((((.....((((((((.((,.(((..{(((((((....,((((((...))))),.,))))}|||,(((((((((.,((.({(((((((((..(((({.(((((........,{,(((((((((.,,.(((((.........))))).))))))))).|{...,,,,)}......{((((((((.(((...))).)))))))}}}}}))).}))).)..)))))))))..,((((......))))},....,.{((....))}.,,,,(((({((((((,.{,,..,,,.}}}}}}},}.,}}})}}}.,}}}},}).)),.)))))))))|||(((((((((..((..((((({....}},))))..))..)))))))),((((((.(((((......)))))))))))..(((((((((..(((.(((((((((((((...))))}.,)))))},)).)))(((((((((((....((((((((.(((({.,(((((((((......,{,..,.,,,,,|||...,,,,((((.{,....,|{||,||{.,,,,|}}.))))),.(((.(((((((((.(((.......))}.(((((((.((((({(,.(.((((({(((((((.{,(((((({,........))).)))).}.,}))))))|,,,({{{..((((....))))..})}))....))))).}...)),})))).)))).))).(((.(((((.(((.((((((.......)))).)).))).))))).)))....))))))))))))|||||}||||{.(({,(((((,,....}}|||,||||,,..((({.,(((((((.,.......)))))))))))(((((..,,,.}}}}}|,||||}||((((((...{{||||},,||||,},,||||,....)),))}},..))))).,((((((((......(((.(((....))).))))).))))))..(((.(((((((.........)))))))))).,,,},((((....)))).(((......)))....}}}}}}}}}))))}.))}}.,..........,})}........))))))))))))},).))))))))..{{{..((((({....}))))),,,.....)))))))))))...)))))))))....(((((((((((((((.........((((((((....)))))))))))))))))).))))}{{{.,,{{,,,...,....)))}...{((((((.,....((({..(((((......))))).((((((..{{,....,}}))))))..))))......))))))).,}}),}}.,,...{{{{{........))})),)).))))))..)))))).,))))))))).)))).)))))).)))...................,{({{((((((,,,,,..{{.((((((({...}))))))).|,......)))))))..,,,...(((((|,.||||}..,||{,,..,,..,,)))))),.,}}})}....
Back