Basic Information

Symbol
CD209
RNA class
mRNA
Alias
CD209 Molecule DC-SIGN1 DC-SIGN CLEC4L CD209 Antigen HDC-SIGN CDSIGN Dendritic Cell-Specific ICAM-3-Grabbing Non-Integrin 1 C-Type Lectin Domain Family 4 Member L Dendritic Cell-Specific Intracellular Adhesion Molecules (ICAM)-3 Grabbing Non-Integrin Dendritic Cell-Specific Intercellular Adhesion Molecule-3-Grabbing Non-Integrin HIV Gpl20-Binding Protein
Location (GRCh38)
19:7739993-7747564
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021155.4
Sequence length
4284.0 nt
GC content
0.5075

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1461.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1533.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 790.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001144893.2 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 3876 nt 0.5018
NM_001144894.2 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 4152 nt 0.5053
NM_001144895.2 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 4008 nt 0.5042
NM_001144896.2 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 4212 nt 0.5057
NM_001144897.2 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 4266 nt 0.5075
NM_001144899.2 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 3801 nt 0.5012
NM_021155.4 NCBI
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACU… 4284 nt 0.5075
Summary

This gene encodes a C-type lectin that functions in cell adhesion and pathogen recognition. This receptor recognizes a wide range of evolutionarily divergent pathogens with a large impact on public health, including leprosy and tuberculosis mycobacteria, the Ebola, hepatitis C, HIV-1 and Dengue viruses, and the SARS-CoV acute respiratory syndrome coronavirus. The protein is organized into four distinct domains: a C-terminal carbohydrate recognition domain, a flexible tandem-repeat neck domain, a transmembrane region and an N-terminal cytoplasmic domain involved in internalization. This gene is closely related in terms of both sequence and function to a neighboring gene, CLEC4M (Gene ID: 10332), also known as L-SIGN. The two genes differ in viral recognition and expression patterns, with this gene showing high expression on the surface of dendritic cells. Polymorphisms in the neck region are associated with protection from HIV-1 infection, while single nucleotide polymorphisms in the promoter of this gene are associated with differing resistance and susceptibility to and severity of infectious disease, including rs4804803, which is associated with SARS severity. [provided by RefSeq, May 2020]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that a dendritic cell subset defined by the CD209 was expanded at 1 day post-myocardial infarction, expressed the activation marker Cd69, and was associated with proinflammatory effects and high Fos/Fosb regulon activity [Zhuang et al. DOI:10.1161/JAHA.122.027228].