Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001144895.2
Sequence Length
4008 nt
GC Content
0.5042
ACACUGGGGGAGAGUGGGGUGACAUGAGUGACUCCAAGGAACCAAGACUGCAGCAGCUGGGCCUCCUGGAGGAGGAACAGCUGAGAGGCCUUGGAUUCCGACAGACUCGAGGAUACAAGAGCUUAGCAGGGUGUCUUGGCCAUGGUCCCCUGGUGCUGCAACUCCUCUCCUUCACGCUCUUGGCUGGGCUCCUUGUCCAAGUGUCCAAGGUCCCCAGCUCCAUAAGUCAGGAACAAUCCAGGCAAGACGCGAUCUACCAGAACCUGACCCAGCUUAAAGCUGCAGUGGGUGAGCUCUCAGAGAAAUCCAAGCUGCAGGAGAUCUACCAGGAGCUGACCCAGCUGAAGGCUGCAGUGGGUGAGCUUCCAGAGAAAUCUAAGCUGCAGGAGAUCUACCAGGAGCUGACCCGGCUGAAGGCUGCAGUGGGUGAGCUUCCAGAGAAAUCUAAGCUGCAGGAGAUCUACCAGGAGCUGACCUGGCUGAAGGCUGCAGUGGAACGCCUGUGCCACCCCUGUCCCUGGGAAUGGACAUUCUUCCAAGGAAACUGUUACUUCAUGUCUAACUCCCAGCGGAACUGGCACGACUCCAUCACCGCCUGCAAAGAAGUGGGGGCCCAGCUCGUCGUAAUCAAAAGUGCUGAGGAGCAGAACUUCCUACAGCUGCAGUCUUCCAGAAGUAACCGCUUCACCUGGAUGGGACUUUCAGAUCUAAAUCAGGAAGGCACGUGGCAAUGGGUGGACGGCUCACCUCUGUUGCCCAGCUUCAAGCAGUAUUGGAACAGAGGAGAGCCCAACAACGUUGGGGAGGAAGACUGCGCGGAAUUUAGUGGCAAUGGCUGGAACGACGACAAAUGUAAUCUUGCCAAAUUCUGGAUCUGCAAAAAGUCCGCAGCCUCCUGCUCCAGGGAUGAAGAACAGUUUCUUUCUCCAGCCCCUGCCACCCCAAACCCCCCUCCUGCGUAGCAGAACUUCACCCCCUUUUAAGCUACAGUUCCUUCUCUCCAUCCUUCGACCUUCACAAAAUCUCUGGGACUGUUCUUUGUCAGAUUCUUCCUCCUUUAGAAGGCUGGGUCCCAUUCUGUCCUUCUUGUCAUGCCUCCAAUUUCCCCUGGUGUAGAGCUUGUUUUUCUGGCCCAUCCUUGGAGCUUUAUGAGUGAGCUGGUGUGGGAUGCCUUUGGGGGUGGACUUGUGUUCCAAGAAUCCACUCUCUCUUCCUUUUGGAGAUUAGGAUAUUUGGGUUGCCAUGUGUAGCUGCUAUGUCCCCUGGGGCGUUAUCUUAUACAUGCAAACCUACCAUCUGUUCAACUUCCACCUACCACCUCCUGCACCCCUUUGAUCGGGGACUUACUGGUUGCAAGAGCUCAUUUUGCAGGCUGGAAGCACCAGGGAAUUAAUUCCCCCAGUCAACCAAUGGCACCCAGAGAGGGCAUGGAGGCUCCACGCAACCCCUUCCACCCCCACAUCUUCCUUUGUCUUAUACAUGGCUUCCAUUUGGCUGUUUCUAAGUUGUAUUCUUUAUUUUAUUAUUAUUAUUACUAUUUUUCGAGAUGGAGUUUCACUCUUGUCGCUCAGGCUGGAGUGCCAUGGCGCGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCACGAGUAGCUGGAAUUACAGGCAGGCGCCACCAGACCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUACAGAUGGGGUUUCUCCGUGUUGGUCAGGCUGGUCUUGAACUCCCGACCUCAGAUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAAUUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGCGCCUGGCCUAUUAUUUUUUGUAAGAAUAAAACAGGUUUAUUGGGAUUUGGGACUCUGAACAGUUCUGUCUCUACUACCUGAUCUCCUCCUACCACGACUUUGGGAUCUAGAGGAGCUUUGGCUCCGGCUGUGACGGCUCCGGCCGUUCUCACUGCGGCUGCACCGGCCCCCGCUGCGGUCACUAUUUCUUCCUCUGCUAGGUGAAUUGUGCCUCUCCUGGCUCUUUGACAUGUGCUAGUGAGAUUUCUUCCUUUUCCUUUCGGAUUCCCCAUUUCUUUUGUAGGAAUGGUCUGGACUAGGGUUCUCCUUCCCCGCAGCCUGUAGUAUUCAUCGUGGUGGCCCACCCUCUCUCUCCCCUUGGAGCUCUUGCCAAAGGAGGAGACAAGCAGAGGUCUCUAUUGGAUUUCUCAACACCUGAAGAAAGUUGCAGUGUUUUCCUCUUGGACAUUGUUGUAUUUCAAAUAAACCACAAAUCAUCAUUUUCCACCGAGCCACUGGGCAGAAUUCACACUGAAGCUGUCGUCCUGCGUACAUACCAUCGUCCGUUAAACAGAGAAAGAGCUGCUUGGCAUUCUUCUUCCGACUGGUACUGAACAUAUAUACUUGCCCCUCAGGUGAGGUUCCAAGUUGCAACUGACCUUGAACUGAAUCACUCUCCCCACGUUAUUUUUUAAUUACUAUUUUUUUUUAAAGAUGGGGUCUUGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUAGGCUCACUGCAACUUCCGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUCCACUAAAAGUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGCACCACUGCGCCCAGCUAAUUCUUGUAUUUUUGGUAGAGACGGGGUUUCAACAUGUUGACCAGGAUGGUCUCGAUCUCUUGACCUCGUGAUUCGCCCGCCGCGUCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCCUGAGCCACCGCGCCCAGUCUCUCCCCACGUUCUUGAACUCGGGCAGCACAUCCUCACAGAAAUCUAGGAACUGUUGGUAGGUUUCUUCCUCGCUGUACUCCAGGCUUGCUUCGGAGUCAUAGUCAUCCCUCCUGCACUGCUCCUUUCCAAACACUGUAAACAUGCUUUUAAUAAGAAGGGUAGGACUGGAUGUUGGGAAAUCAUGUGAACAUCUAUCUCCAAAUCUGCAAGCUCCUGUUUUACUGUAGAAGGGACAAUUAACUCCAUCCUUCUCCAUGACUCUGAAAUCCAAGGGGGGGUUCCGGGUUUUGCCAUGUGGCGCCAUUUUCCAACUCAUUUUCAGCCUGAUCCAGCAUCUUCUGGACAGCUUCCGGUUUUUGUUUCUUCUGUCGUUUCUGUUCCUCCUCCUCUCUCUCUUUCCUCUGCUGUUCUUCCCAUUGUUCCUUUAACUUUCGCUCUUGUUCUUGCCGUUUUCUAGCCACCUCUUCCUUUUCCUUCUUUAUUCUGAAUUCUUCUUGUGCCUUCUGCUCUCUCAGCAACCACUCCUCAUGUAAUCUUUGCCUCUCUCUUCCCCAUAGCUUUUCUAGUUGUUGUUUUUCAAUAAAAGUGUCCUCCUCUUUCUGUGAGAGUCCUGAGUCCCUCAGUGGAGCAAGUUCCUGCUGGCGUUUCUUUCGUUUCUCCUUCUUCAGGGCGGCCCUGUACUUUUUGUGGCUUGGUUUCUCUGGAAAUGUCACCUUUUCGGGCGCAGCCAUCUUGCCGGCACCGCCCCGCCCCUCUAGUUGUAUCCUUUAUAAUAAACUGGUAAACAUUGUAACCGCAGAUUCAGCCCAAUCUGGUUCAACUUUGUGUAAUAAAAUGGCGAGUUGUUUUUCAGUUGUCGUGGACCCCCAGGUUGCAAGUUACAUACCCUGGGCAUGUCCAGAUGAACGAAGCGUGCAAAUCCACGUGGAACCUAAGUGCUCAGACCGAGGAACAGGGACUGAGUUAAGAAGUGGACACCACGUGGCAUGAUCCUUGAUCCAAUCAGAUUGAGCCCUGGCGUGAUCCAGUCAGAUCAAGCCUCCUGAAUCCCCUCAUUACAAGAUCCAAUCAUAUCAUGCCUCACUACCCUCUGUAUAUAAAAUCUGCCCCAGCCUCCAACUUGGAGAGACAGAUUUGGGCCAGACUCCUGUGUCCUUGCUUGGCUGCCUUGCAAUAAAUUUUUCUCUCUACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1333.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1399.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 818.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((((..((.((((((((((((((((((...((((((.((.(((((((((..(((((...(((((((((((((((.....(((......((((((((.....((((((((................((((((((((((((..(((((..(....)..)))))..)))))))......(((.(((....))).))))))).)))............(((...(((((...)))))))).((((.((((((..((((..(((........)))..))).)..)))))).))))(((.((((((.((((.(((((.(((...(((((.......((.(((((((......(((((((.((...((.((((((..((((((((.((((...(((((.(((..((((.((((((((...(((.(((((((.((.(((.((.((.((((((((...(((.((((((......(((((((((.(((((((.......((....))........)))))))..)))))).)))..))))))(((((((((...((((.((......)).))))((((((((((((((........(((((((((......))))).))))(((..(((...))).)))...((((((...(((((((....(((((((((.((((((.(((((..((((((.(((.(((((((((.((((((((.(...(((......)))...).)))))))).)))))..........((((..((((.(((((((((.....((((((..(((((((..((..((....))..))...(((.....)))..((((.........))))..(((((...)))))..((((((....)))))).)))))))..))))))............))).)))))).....))))..))))....(((..((((((((.................................)))))))).))).....(((((..(((........)))..))))).......)))))))))))))))))).........)))))).)))).........)))))))))))).)))))).)))))).)))))))).((((((.(((...(((((((((((((.....)))).((((....(((((.......)))))...))))....(((((((...(((.((((.((((((((((((((((((..........))))...................(((((((((...(((.......((((.......)))).......))).((((((.....))))))))).)))))).....(((((....)))))...((((.....)))).))))).).)))))))).)))).))))))))))..)))))))))(((........))).........)))))))))..((((.......))))......................................)))))))))........(((((((((((......))).))).)))))...))))))))))).)))).)))..(((((((...(((...(.(((((((((((..(....)..)))).......))))))).).)))..))))))).......((((((((...)))))))).((((...))))((((((((((((((((...(((.....(((((((((.(((((((((((.(((((..(((((.......)))))...((((((((.(((((((((((((.....((((((((...))))))))..))))).....(((((..((((((......)))))))))))((((((((((((.((...............)))))).)).(((((....)))))((((((((((((....)))))((((((((((((((((.(((...))).)))))))...............((((((.((........)).))))))............)).)))))))...........(((....))).(((((((((((.....))))))))...)))...(((........)))))))))).))))))......)))))))).)........(((((((((.(.((....))).)))).))))).....((((((((.....))))))))..)))))))..((((...(((((((((.......)))))))))....))))...........................)))))....))))))))..)))..))).))..))))......((.((((((((((...........(((.(((((.(((...)))))))).)))))).))))).)).))........(((((.....)))))(((.(((.((.((((..(((((.((((.........((((((..((((.....)))).................((((((((...))))))))((.((.((((((((((((((((.((.....((.....))....)))))).(((((((((((((((.((......((((((..(....)..)))))).(((.(((((((((((((.((((((((((((((........)))))))))))))).))))))))))))).)))((((((((..........(((((...)))))..........)))))))))).))))..(((..((..(((((......)))))..)).)))(((.((......)).)))...............)))))))))))(((((..((((...((....))))))..)))))(.(((......)))))))))))))))).)).))((((((((((((((..(((((.(((((((((.(((((.........(((....))).........)))))))))((.((((((((.(.(.....).).))))))))))...........((((....))))...))))).)))))..))))................))))))))))......)))))))))).))))))))).)).))).)))..........)))...))))))))).))))))).....)).))))))).))).......)))))))).))))..)))....................)))))..))))..)))))))).)))))).)).)))))))))))))))).)))))))))))))))...........(((........)))......)))))))))).)))....)))).))))....)))))........)))........)))...)))))))....((((((.....))))))..)))))))).....)))))..)))))).))).))))))))..((((......))))((((.......))))..))))))))))))).))))).)).....)))))))))))))))).))))...)))))......(((((..(((........)))..)))))..........((((((.....))))))....(((......((((((.....((((((((.((((((((((((((((.((...........))))))))..((((..(((((.(((((.((((((.((.......))...))))))...))))))))))..)))).........((((((((..((.....((((((.((........))..))))))........))...))))))))...((((...)))).)))))))))).))...(((.(((((......))))).)))...))))))......))))))...))).)))).))..)))))))..................))).)))))).........((((((((.(((((((((((((....))).))))((((..((...))..)))).)))))).)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((.(((({((((((,.{{({(((((((((((((((((((.((((((.,((.((((((((((((((((((.{.((((((.((.(({((((((..(((((...((((((((((((((,.{(.{(((,(,...{((((,((...}}||||{{,|..,,.,},,,.}}....}}}}}|(((((((..(((((..{....)..)))))..))))))}.,,.,||,.|(({.....,,.((((((({((({.....,{{...}||...(((((...})))){{{(((((.((((((..{(((..(((........)))..))).,..)))))).))))|,||{((((,.((((((((,((((,..{(((({,,....{{..{.(((((........((((({.({{{{{{((.,,,...)))))))).)))}})|,(((.(({..((((.((((((((...(((.(((((((.((.(((.({{((.((((((((...(((,((((((.....,(((((((((.(((((((.......((....))........)))))))..)))))).))).,))))))(((((((((.,.((({.(,.....||||||||((((((((((((((......{{(((((((((......})))).)))).}}..,,,..,|||{|,....((((((...(((((((.,,.,((({((((.((((((.((((,..((((({.(((.(((((((((.((((((((.{(,,(((......})}...)))))))))).)))))...,......((((,,((((.(((((((({.....((((((..(((((((..{{.,({...,||..||,,.{{,.....|||{.(({{.....,...||||..,{|||,..)))))..{{(({|....}))))}.)))))))..))))))............},),)))))).....}}}}..}}}}....{{{..((((((((.................................)))))))).}}},}.,}|,,||}}|||,,}..,|||||.,}}}}},,,.,},)}))}))))))))))))).........)))))).)))).........)))))))))))).)))})).)))))).)))))))).{,(((({(,...((((((((((((((.....)))).((((..,,(((({.......)))))...))))....(((((((...(((.((((.((((((((((((((((((,,,...,,}.)))).............,.....(((((((({...({{.......((((.......)))).......))),((((((.....))))))))).)))))).....(((({....}))))...{{{{.....)))).))))).).)))))))).)))).))))))))))..))))))))))},,,,,....,||,,,,.,,,,||||}}}}},,}}}|},...,||||.{{{......,.......,.......,}}..........))))))))).,,{{{,.((({{,,,|||.,}}},)}}.})),)))},...))))))))))).)))).)))..(((((({,..(((...(.(((((((((((..(....)..)))).......))))))).).)))..))))))).......((((((({...}))))))).((((...))))((((((((((((((((...{((.....(((({((((.(((((((((((.(((((..(((((.......)))))...((((((((.((((((((({{((,.,{.((((((({...})))))))..})))}.....(((((..((((((......)))))))))))(((((({{((((,({...............)))))).)).(((((....)))))((((((((((((....)))))((((((((((((((((.(((...))).)))))))...............((((((.((........)).)))))).....,,.....)).)))))))...........{{{....))).{{{((((((((.....))))))))...)))...(((........)))))))))).)))))).....))))))))).},.||{,,,(((((((((,(.{{....))).)))).)))))...|.|||||{{,.....))}}}}})}.}))))))..((((...(((((({,,.{{....)))))))))....))))...........................)))))....,)))))))..)))..)))}.}..)))}....{,({,({{{{{{,,||..|.......(((,(((((,(((..,))}}))))}}}|})),))))}.}}.}}......,,{{|||..,},))})}||{.{||,||.{{{{..{({{{.(({{.........{(((((..,{.,.,...,||,..............},,((((((((...})))))))((.((.((((((((((((((((.((.....((.....))....)))))).(((((((((((((({.,{....,.({({{{..{..,,}..)}}))).(((.(((((((((((((.((((((((((((((,......,)))))))))))))).))))))))))))).)))((((((((......,...(((({...}))))...,,.....))))))))}}.}||}..(((..((..(((((......)))))..)).))){{{.({......}),))),..........,..,)))))))))))(((((..((((...{{....}}))))..))))),.(((......)))})))))))))))).)).))((((((((((((((..(((((.(((({{(((.(((((.........(((....))).........))))))))|({.((((((((.(.{.....}.).)))))))),,,},.....,,,((((....))),...))))).)))))..}}},...............}))))))))))......)))))))))).)))))}})),},.))),)))..........)))...))))))))).))))))}.....)).))))))).))).......)))))))).))))..))}.)))))))},.,,...,)).)))))..))))..)))))))).)))))}.,,.)))),,,,)}))))))}|||....})),...............{{{........))}.....,,}}}},....{||{....,)))}.,,,.....,,,|,.....,,)),.........,,.,{||||,....}}||||{{.....}}}}},..)))))))).....)))))..)))))).))).)))))))),,((((......)))){(((.......)))}..))))))))))))).))))).)).....)))))))))))))))).))))...)))))......(((((..(((........)))..))))),},,,,.{{,((((((.....}))})).,,,|||......((((((..,..((((((({.(((((((((((((({{{((.........,.}}))))))..,(((.{(((((.(((((.((((((.{{.......,,.,.))))))...))))))))})}})))},{{{,....((((((((..((,....((((((.((........}),.))))))........))...)))))))),}}{(({...})}}.)))))))))).}}...(((.(((((......))))).)))..,))))))......)))))),..,...}},,.))},}}}})}},.,.....,,........})).)))))).........((((((((.(((((((((((((....))).))))((((..((...))..)))).)))))).)))))))).....
Back