Forensic RNA Knowledge Base

Basic Information

Symbol

CD247

RNA class

mRNA

Alias

CD247 Molecule TCRZ T-Cell Surface Glycoprotein CD3 Zeta Chain CD3-ZETA CD3ZETA CD3H CD3Q CD3Z CD3z Antigen, Zeta Polypeptide (TiT3 Complex) T-Cell Receptor T3 Zeta Chain CD247 Antigen T3Z T-Cell Antigen Receptor Complex, Zeta Subunit Of CD3 Tissue Factor-Targeting CAR1 Monomer Tissue Factor-Targeting CAR1 Dimer CD247 Antigen, Zeta Subunit TCR Zeta Chain CD3zeta Chain IMD25

Location (GRCh38)

1:167425027-167518640

UCSC Genome Browser Search in Marker Scope

Forensic tag(s)

Cause of death analysis

External database

HGNC

NCBI

Ensembl

OMIM

UniProt

GTEx

MANE select

Transcript ID

NM_198053.3

Sequence length

1600.0 nt

GC content

0.5437

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.

Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.

Minimum free energy

-588.00 kcal/mol

Thermodynamic ensemble

Free energy: -613.68 kcal/mol

Frequency: 0.0000

Diversity: 305.07

MFE Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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Transcripts

ID	Sequence	Length	GC content
NM_000734.4 NCBI	AACCGUCCCGGCCACCGCUGCCUCAGCCUCUGCCUCCCAGCCUCUUUCU…	1597 nt	0.5435
NM_001378515.1 NCBI	AACCGUCCCGGCCACCGCUGCCUCAGCCUCUGCCUCCCAGCCUCUUUCU…	1693 nt	0.5470
NM_001378516.1 NCBI	AACCGUCCCGGCCACCGCUGCCUCAGCCUCUGCCUCCCAGCCUCUUUCU…	1690 nt	0.5467
NM_198053.3 NCBI	AACCGUCCCGGCCACCGCUGCCUCAGCCUCUGCCUCCCAGCCUCUUUCU…	1600 nt	0.5437

Summary

The protein encoded by this gene is T-cell receptor zeta, which together with T-cell receptor alpha/beta and gamma/delta heterodimers, and with CD3-gamma, -delta and -epsilon, forms the T-cell receptor-CD3 complex. The zeta chain plays an important role in coupling antigen recognition to several intracellular signal-transduction pathways. Low expression of the antigen results in impaired immune response. Two alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified CD247 as a core prognostic biomarker for sepsis, where RT-qPCR validation in a THP-1 cellular model and meta-analysis of patient datasets demonstrated its expression was significantly down-regulated in sepsis and positively associated with 28-day survival [Zhang et al. DOI:10.1186/s12920-023-01460-8].