Basic Information

Symbol
CD4
RNA class
mRNA
Alias
CD4 Molecule T-Cell Surface Glycoprotein CD4 Leu-3 T4 T-Cell Surface Antigen T4/Leu-3 CD4 Antigen (P55) CD4 Receptor CD4 Antigen CD4mut IMD79 OKT4D
Location (GRCh38)
12:6786858-6820807
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000616.5
Sequence length
3049.0 nt
GC content
0.5451

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1111.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1162.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 868.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.(((..((((((((((.((((........(((........))).))))..)))))))).))......((((.((((......)))).)))).(((((.(((..(((((...(((.(((....)))..)))..)))))((((((.(((((.......((.(((((((..((((......)))).))))....))).))((((((((((.....((((....((((((((.((((((((((.(((((.(((((((.(((((...........))))))))))))........((((((((((((((.((...(((.(..((((...))))..).)))..)).)))))))(((.....)))..(((((.......)))))....((((((((((((((........(((((.((((..((..(((((((.(((............)))....((((..(((....))))))).)))))))..))..(((......)))...(.(((((......))))).)...))))))))))))))))).(((((.........((((.(((((((.....))).)))))))).)))))...(((((.......)))))))))))....((((((((((((((...((.((((((.(.(.(......).).)...))))))....))...)))))))).......)))))))))))))....))))).))))(((((((.((........))))))))))))))).)))))))).(((.((((......((((((((..(((.(((..((....))..)))..)))..)).))))))..((((.((((((((.(((((.(((..........))))))))....(((((....(((((.(((.(((((.(((....((.((.(((.((((((((..((((..(((((...)))))(((....)))(((........))).(((((((((.....(((((......)))))...((((.....)))).....((((((((((.........(((.....((((((..((((...(((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((..((((((...((...((((........(((((.((((..((((((((((((..(((.........((((...))))..(((((......)))))....)))..)))))))..(((((((((((.(((((((((...(((((..(.((((((((..(((((((((((...(((((.(((.(..(((.(.((((((.((((((((((...)))))..)))).))))))).).)))..).))).))))).))))))).(((((.(((((((((((((...)))......))))))))))))....)))((((((.((((((.....(((((((((((((((((((......((((((.........))))))...((..(.(((.(((((.......)))))))).)..)))))))))))..)))).(((((.((..........)).))))).)))))).....)))))).)))))).((((((...((((((.........)))))))))))))))).)))))))).)..)))))........(.(((((....((((...))))....)))))))))))))..(((....((((.((.....((.((((...)))).))...)).))))....))))).)))))))))))....))))).)))))))))))))....))..))))))))))))))))).((((((................(((((((..((((...((((((.....(((...)))((((.((((((((((........(((((...((.(((((.(((.((.(.(((((..(((..(.((((((((.((((.(((....)))))))..(((((......))).))(((((((((.((..................(((((.......(((((....))))).......))))).)).)))...)))))))))))))).)..)))((((((((.....))))))))...))))).).)).))).))))).))....))))).))))))))))..)))).......((((((...(((((((((((...............))))))........)))))...))))))))))))...(((((.((((....))))..))))).............)))).)))))))))))))......((((.(((.((((..(.....)..)))))))))))((((((......))))))(((((((..((((..............))))...)))))))..(((....)))..........)))))).))))(((((.......)))))...)))))..))).))).)))))....)))).)))))).....))).........)))).((((((((((....................))))))))))((.((((((((((...)))))))))).))....(((..((((((((.......))))).)))))))))))))))))))))....(((((((....((((((....)))))).(((((((.......((((((((((((...))))).((((.((((((((...((((..((((...((((...)))).))))..))))...((((.(((((.....)))))...)))).......))))))))))))......))))))))))))))..(((((((..........)))))))....)))))))))))..)))))))).))).))))..))).))))).))))))))..)))))..)))))))).))))...)))).)))(((((.....((((.......)))))))))........))))...))))))))))....((.......))))))).))))))......)))))))).......))).))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,.....(((((({{{(((((.((({.,,,,,..,{,.,,,,..,|||||}}|,.,}})))))},},.....((((.((((......)))).)))).(({{((((((...((((((({,{(((((,((({..{||{...,}},|||||}{,({{{{{..||((.(((((((..((((......)))).))))....))).))||(({{{||{.....||||{,.}}},,,))}))),,...,||,}||}|.(((((({,(((((...........))))))))))))......,((((...((((((((.((...(((.,..((((...))))..}.)))..)).)))))))),.....})))..(((((.......)))))....,,((((((.((((((.......((({..,|,.{(((({....))).))),,,,.}))))).)))))},||||},,{({,..,,,}})}|||||,.||.,}.,|||,......,}.,,,,(((({......})))).|,|||((((({..,({(((((((((.(((.{((({{(({{(((({{({,,,,,|}}.}}}|||||.,.,,|,(((((((..(((((..((({(,.((,,((((((,,((((((((,,.{{.((((((.,.{,(......}.}.}...))))))....}}...)))))))|((((.((((((((((.{,{,.{(((,(((({({((({((({{((,,.,,,..|}||||}}|||}..,.,{{,.,,,..}})),,}}))...{{{{{{,,..{||||||.,||.|,,,}..))).,))),}}}.)})}}}......((((((((((.......))))))))))(((((.((((.,.(((((....)))))}.))))))))).}}}}},}}}}}),),))))))))))))))),.)))))))))..)).))).))))).)))))))....|))..|||||,{{.....(((((......)))))...{,((((((.((((.....{{||{,(({((({{{((((((...(((,(((..(({..{{...(((((((((({,.,{(((.((((((,.(((((((.((((..((((((...((.,.{(({.,.,,.,.|((({{((((..((((((((((((..(((.........{(({...}))}..(((((......)))))....)))..))))))),.(((((((((((.,,(((((((...((((,{{,.((((((((,.(((((((((((...(((((.(((.{..(((.(.((((((.((((((((((...)))))..)))).})))))).}.)))..}.))).))))).))))))).{{{{{.((((((((((({(,..}}}..,,.,))))))))))||,...)))((((((.((((((..,,.(((((((((((((((((((.{{{..((((((.........))))))..}}}..{.(((.(((((.......)))))))).}..,,)))))))))..)))).(((((.((..........)).))))).)))))).,...)))))).)))))).((((((...((((((..,......)))))))))))))))).)))))))).).})))))........,.(((((....((((...))))....))))),)))))))..(((,{..{{{|,||,....{(.((({...}))).)|,..||{|}}}..)})),,),))))))))))).,..))))).)))))))))))}),,..))..)))))))))))))))))....,,....................,,||....,,,,{{..........,})...))))))))).}})))))|||||}.},})),))).}}}))))))))).}))}}||,}|}||||..|||||,{(({.((({{(({....}))))))..|||(({{....||}.(((((((({((,((.............|....{(({{....,..(((((....)))))..,,|..||||}.}),))},,,)))))))),,))}},)),},,((((((((.....))))))))...|||},.,.,.,}})},,|,,||,,.....}}}}.}))))}|{{,,|{...,,,....|||{{...(((((((...})))))},|{{{{.,,||||,|,,.,......,||,..|||||||,}||{{{{.........||,||||||}}}}|||.,,}..........}}}})}})},})))}})}}}}}||,,,..}.,}}})})))}}}))}}.))).{{{{{.((((((......,{|{{{{{(({,({{(,,,{,.,,.,,...}}})...))))))))....(((((..{{......)}.))))).{(((((((((,{....,{{||,|{{{((,,....))))})}}))}.)))),.{((((((((....(({,{.,.......}}}..((((((((((......,.............))))))))))((.((((((((((...)))))))))).))....,(({{,{{(((((.......}}|||.,},)))}})||||,||||..{.((((((....(((.((({({....}}})))..}}}).)))....)))))).,{{{{,,,,)))))(((((((((((,......((((((((({..((({.,,||||{|||...}||}{,.{({(.(((((.....)))))...)))}||,|}}}|},((((..(((.({....)).)))...)))).....||||}..........,,})}},,..,}))))))))},}))))))))))).}))))))))}}))))).,,,,.)))))).))))).....))).,}})}))))))))),))))))...))))}}.,||||.,||}}},,.,,,,....}}}},})))),,,,,,.,,||{,...,,,))).}))))).............,.((((....)))),},,.....................

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000616.5 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 3049 nt 0.5451
NM_001195014.3 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 3093 nt 0.5493
NM_001195015.3 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 2781 nt 0.5466
NM_001195016.3 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 2768 nt 0.5459
NM_001195017.3 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 2746 nt 0.5466
NM_001382705.1 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 2931 nt 0.5476
NM_001382706.1 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 3212 nt 0.5467
NM_001382707.1 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 3135 nt 0.5448
NM_001382714.1 NCBI
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCC… 2884 nt 0.5489
Summary

This gene encodes the CD4 membrane glycoprotein of T lymphocytes. The CD4 antigen acts as a coreceptor with the T-cell receptor on the T lymphocyte to recognize antigens displayed by an antigen presenting cell in the context of class II MHC molecules. The CD4 antigen is also a primary receptor for entry of the human immunodeficiency virus through interactions with the HIV Env gp120 subunit. This gene is expressed not only in T lymphocytes, but also in B cells, macrophages, granulocytes, as well as in various regions of the brain. The protein functions to initiate or augment the early phase of T-cell activation, and may function as an important mediator of indirect neuronal damage in infectious and immune-mediated diseases of the central nervous system. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified in this gene. [provided by RefSeq, May 2020]

Forensic Context

A study in human skin tissue demonstrated that the proportion of CD4+ T cells was significantly higher in burn tissue compared to non-burn tissue [Labuz et al. DOI:10.7554/eLife.82626].