Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000616.5
Sequence Length
3049 nt
GC Content
0.5451
CUCUCUUCAUUUAAGCACGACUCUGCAGAAGGAACAAAGCACCCUCCCCACUGGGCUCCUGGUUGCAGAGCUCCAAGUCCUCACACAGAUACGCCUGUUUGAGAAGCAGCGGGCAAGAAAGACGCAAGCCCAGAGGCCCUGCCAUUUCUGUGGGCUCAGGUCCCUACUGGCUCAGGCCCCUGCCUCCCUCGGCAAGGCCACAAUGAACCGGGGAGUCCCUUUUAGGCACUUGCUUCUGGUGCUGCAACUGGCGCUCCUCCCAGCAGCCACUCAGGGAAAGAAAGUGGUGCUGGGCAAAAAAGGGGAUACAGUGGAACUGACCUGUACAGCUUCCCAGAAGAAGAGCAUACAAUUCCACUGGAAAAACUCCAACCAGAUAAAGAUUCUGGGAAAUCAGGGCUCCUUCUUAACUAAAGGUCCAUCCAAGCUGAAUGAUCGCGCUGACUCAAGAAGAAGCCUUUGGGACCAAGGAAACUUUCCCCUGAUCAUCAAGAAUCUUAAGAUAGAAGACUCAGAUACUUACAUCUGUGAAGUGGAGGACCAGAAGGAGGAGGUGCAAUUGCUAGUGUUCGGAUUGACUGCCAACUCUGACACCCACCUGCUUCAGGGGCAGAGCCUGACCCUGACCUUGGAGAGCCCCCCUGGUAGUAGCCCCUCAGUGCAAUGUAGGAGUCCAAGGGGUAAAAACAUACAGGGGGGGAAGACCCUCUCCGUGUCUCAGCUGGAGCUCCAGGAUAGUGGCACCUGGACAUGCACUGUCUUGCAGAACCAGAAGAAGGUGGAGUUCAAAAUAGACAUCGUGGUGCUAGCUUUCCAGAAGGCCUCCAGCAUAGUCUAUAAGAAAGAGGGGGAACAGGUGGAGUUCUCCUUCCCACUCGCCUUUACAGUUGAAAAGCUGACGGGCAGUGGCGAGCUGUGGUGGCAGGCGGAGAGGGCUUCCUCCUCCAAGUCUUGGAUCACCUUUGACCUGAAGAACAAGGAAGUGUCUGUAAAACGGGUUACCCAGGACCCUAAGCUCCAGAUGGGCAAGAAGCUCCCGCUCCACCUCACCCUGCCCCAGGCCUUGCCUCAGUAUGCUGGCUCUGGAAACCUCACCCUGGCCCUUGAAGCGAAAACAGGAAAGUUGCAUCAGGAAGUGAACCUGGUGGUGAUGAGAGCCACUCAGCUCCAGAAAAAUUUGACCUGUGAGGUGUGGGGACCCACCUCCCCUAAGCUGAUGCUGAGUUUGAAACUGGAGAACAAGGAGGCAAAGGUCUCGAAGCGGGAGAAGGCGGUGUGGGUGCUGAACCCUGAGGCGGGGAUGUGGCAGUGUCUGCUGAGUGACUCGGGACAGGUCCUGCUGGAAUCCAACAUCAAGGUUCUGCCCACAUGGUCCACCCCGGUGCAGCCAAUGGCCCUGAUUGUGCUGGGGGGCGUCGCCGGCCUCCUGCUUUUCAUUGGGCUAGGCAUCUUCUUCUGUGUCAGGUGCCGGCACCGAAGGCGCCAAGCAGAGCGGAUGUCUCAGAUCAAGAGACUCCUCAGUGAGAAGAAGACCUGCCAGUGUCCUCACCGGUUUCAGAAGACAUGUAGCCCCAUUUGAGGCACGAGGCCAGGCAGAUCCCACUUGCAGCCUCCCCAGGUGUCUGCCCCGCGUUUCCUGCCUGCGGACCAGAUGAAUGUAGCAGAUCCCCAGCCUCUGGCCUCCUGUUCGCCUCCUCUACAAUUUGCCAUUGUUUCUCCUGGGUUAGGCCCCGGCUUCACUGGUUGAGUGUUGCUCUCUAGUUUCCAGAGGCUUAAUCACACCGUCCUCCACGCCAUUUCCUUUUCCUUCAAGCCUAGCCCUUCUCUCAUUAUUUCUCUCUGACCCUCUCCCCACUGCUCAUUUGGAUCCCAGGGGAGUGUUCAGGGCCAGCCCUGGCUGGCAUGGAGGGUGAGGCUGGGUGUCUGGAAGCAUGGAGCAUGGGACUGUUCUUUUACAAGACAGGACCCUGGGACCACAGAGGGCAGGAACUUGCACAAAAUCACACAGCCAAGCCAGUCAAGGAUGGAUGCAGAUCCAGAGGUUUCUGGCAGCCAGUACCUCCUGCCCCAUGCUGCCCGCUUCUCACCCUAUGUGGGUGGGACCACAGACUCACAUCCUGACCUUGCACAAACAGCCCCUCUGGACACAGCCCCAUGUACACGGCCUCAAGGGAUGUCUCACAUCCUCUGUCUAUUUGAGACUUAGAAAAAUCCUACAAGGCUGGCAGUGACAGAACUAAGAUGAUCAUCUCCAGUUUAUAGACCAGAACCAGAGCUCAGAGAGGCUAGAUGAUUGAUUACCAAGUGCCGGACUAGCAAGUGCUGGAGUCGGGACUAACCCAGGUCCCUUGUCCCAAGUUCCACUGCUGCCUCUUGAAUGCAGGGACAAAUGCCACACGGCUCUCACCAGUGGCUAGUGGUGGGUACUCAAUGUGUACUUUUGGGUUCACAGAAGCACAGCACCCAUGGGAAGGGUCCAUCUCAGAGAAUUUACGAGCAGGGAUGAAGGCCUCCCUGUCUAAAAUCCCUCCUUCAUCCCCCGCUGGUGGCAGAAUCUGUUACCAGAGGACAAAGCCUUUGGCUCUUCUAAUCAGAGCGCAAGCUGGGAGCACAGGCACUGCAGGAGAGAAUGCCCAGUGACCAGUCACUGACCCUGUGCAGAACCUCCUGGAAGCGAGCUUUGCUGGGAGAGGGGGUAGCUAGCCUGAGAGGGAACCCUCUAAGGGACCUCAAAGGUGAUUGUGCCAGGCUCUGCGCCUGCCCCACACCCUCCCUUACCCUCCUCCAGACCAUUCAGGACACAGGGAAAUCAGGGUUACAAAUCUUCUUGAUCCACUUCUCUCAGGAUCCCCUCUCUUCCUACCCUUCCUCACCACUUCCCUCAGUCCCAACUCCUUUUCCCUAUUUCCUUCUCCUCCUGUCUUUAAAGCCUGCCUCUUCCAGGAAGACCCCCCUAUUGCUGCUGGGGCUCCCCAUUUGCUUACUUUGCAUUUGUGCCCACUCUCCACCCCUGCUCCCCUGAGCUGAAAUAAAAAUACAAUAAACUUAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1111.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1162.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 868.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.(((..((((((((((.((((........(((........))).))))..)))))))).))......((((.((((......)))).)))).(((((.(((..(((((...(((.(((....)))..)))..)))))((((((.(((((.......((.(((((((..((((......)))).))))....))).))((((((((((.....((((....((((((((.((((((((((.(((((.(((((((.(((((...........))))))))))))........((((((((((((((.((...(((.(..((((...))))..).)))..)).)))))))(((.....)))..(((((.......)))))....((((((((((((((........(((((.((((..((..(((((((.(((............)))....((((..(((....))))))).)))))))..))..(((......)))...(.(((((......))))).)...))))))))))))))))).(((((.........((((.(((((((.....))).)))))))).)))))...(((((.......)))))))))))....((((((((((((((...((.((((((.(.(.(......).).)...))))))....))...)))))))).......)))))))))))))....))))).))))(((((((.((........))))))))))))))).)))))))).(((.((((......((((((((..(((.(((..((....))..)))..)))..)).))))))..((((.((((((((.(((((.(((..........))))))))....(((((....(((((.(((.(((((.(((....((.((.(((.((((((((..((((..(((((...)))))(((....)))(((........))).(((((((((.....(((((......)))))...((((.....)))).....((((((((((.........(((.....((((((..((((...(((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((..((((((...((...((((........(((((.((((..((((((((((((..(((.........((((...))))..(((((......)))))....)))..)))))))..(((((((((((.(((((((((...(((((..(.((((((((..(((((((((((...(((((.(((.(..(((.(.((((((.((((((((((...)))))..)))).))))))).).)))..).))).))))).))))))).(((((.(((((((((((((...)))......))))))))))))....)))((((((.((((((.....(((((((((((((((((((......((((((.........))))))...((..(.(((.(((((.......)))))))).)..)))))))))))..)))).(((((.((..........)).))))).)))))).....)))))).)))))).((((((...((((((.........)))))))))))))))).)))))))).)..)))))........(.(((((....((((...))))....)))))))))))))..(((....((((.((.....((.((((...)))).))...)).))))....))))).)))))))))))....))))).)))))))))))))....))..))))))))))))))))).((((((................(((((((..((((...((((((.....(((...)))((((.((((((((((........(((((...((.(((((.(((.((.(.(((((..(((..(.((((((((.((((.(((....)))))))..(((((......))).))(((((((((.((..................(((((.......(((((....))))).......))))).)).)))...)))))))))))))).)..)))((((((((.....))))))))...))))).).)).))).))))).))....))))).))))))))))..)))).......((((((...(((((((((((...............))))))........)))))...))))))))))))...(((((.((((....))))..))))).............)))).)))))))))))))......((((.(((.((((..(.....)..)))))))))))((((((......))))))(((((((..((((..............))))...)))))))..(((....)))..........)))))).))))(((((.......)))))...)))))..))).))).)))))....)))).)))))).....))).........)))).((((((((((....................))))))))))((.((((((((((...)))))))))).))....(((..((((((((.......))))).)))))))))))))))))))))....(((((((....((((((....)))))).(((((((.......((((((((((((...))))).((((.((((((((...((((..((((...((((...)))).))))..))))...((((.(((((.....)))))...)))).......))))))))))))......))))))))))))))..(((((((..........)))))))....)))))))))))..)))))))).))).))))..))).))))).))))))))..)))))..)))))))).))))...)))).)))(((((.....((((.......)))))))))........))))...))))))))))....((.......))))))).))))))......)))))))).......))).))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,.....(((((({{{(((((.((({.,,,,,..,{,.,,,,..,|||||}}|,.,}})))))},},.....((((.((((......)))).)))).(({{((((((...((((((({,{(((((,((({..{||{...,}},|||||}{,({{{{{..||((.(((((((..((((......)))).))))....))).))||(({{{||{.....||||{,.}}},,,))}))),,...,||,}||}|.(((((({,(((((...........))))))))))))......,((((...((((((((.((...(((.,..((((...))))..}.)))..)).)))))))),.....})))..(((((.......)))))....,,((((((.((((((.......((({..,|,.{(((({....))).))),,,,.}))))).)))))},||||},,{({,..,,,}})}|||||,.||.,}.,|||,......,}.,,,,(((({......})))).|,|||((((({..,({(((((((((.(((.{((({{(({{(((({{({,,,,,|}}.}}}|||||.,.,,|,(((((((..(((((..((({(,.((,,((((((,,((((((((,,.{{.((((((.,.{,(......}.}.}...))))))....}}...)))))))|((((.((((((((((.{,{,.{(((,(((({({((({((({{((,,.,,,..|}||||}}|||}..,.,{{,.,,,..}})),,}}))...{{{{{{,,..{||||||.,||.|,,,}..))).,))),}}}.)})}}}......((((((((((.......))))))))))(((((.((((.,.(((((....)))))}.))))))))).}}}}},}}}}}),),))))))))))))))),.)))))))))..)).))).))))).)))))))....|))..|||||,{{.....(((((......)))))...{,((((((.((((.....{{||{,(({((({{{((((((...(((,(((..(({..{{...(((((((((({,.,{(((.((((((,.(((((((.((((..((((((...((.,.{(({.,.,,.,.|((({{((((..((((((((((((..(((.........{(({...}))}..(((((......)))))....)))..))))))),.(((((((((((.,,(((((((...((((,{{,.((((((((,.(((((((((((...(((((.(((.{..(((.(.((((((.((((((((((...)))))..)))).})))))).}.)))..}.))).))))).))))))).{{{{{.((((((((((({(,..}}}..,,.,))))))))))||,...)))((((((.((((((..,,.(((((((((((((((((((.{{{..((((((.........))))))..}}}..{.(((.(((((.......)))))))).}..,,)))))))))..)))).(((((.((..........)).))))).)))))).,...)))))).)))))).((((((...((((((..,......)))))))))))))))).)))))))).).})))))........,.(((((....((((...))))....))))),)))))))..(((,{..{{{|,||,....{(.((({...}))).)|,..||{|}}}..)})),,),))))))))))).,..))))).)))))))))))}),,..))..)))))))))))))))))....,,....................,,||....,,,,{{..........,})...))))))))).}})))))|||||}.},})),))).}}}))))))))).}))}}||,}|}||||..|||||,{(({.((({{(({....}))))))..|||(({{....||}.(((((((({((,((.............|....{(({{....,..(((((....)))))..,,|..||||}.}),))},,,)))))))),,))}},)),},,((((((((.....))))))))...|||},.,.,.,}})},,|,,||,,.....}}}}.}))))}|{{,,|{...,,,....|||{{...(((((((...})))))},|{{{{.,,||||,|,,.,......,||,..|||||||,}||{{{{.........||,||||||}}}}|||.,,}..........}}}})}})},})))}})}}}}}||,,,..}.,}}})})))}}}))}}.))).{{{{{.((((((......,{|{{{{{(({,({{(,,,{,.,,.,,...}}})...))))))))....(((((..{{......)}.))))).{(((((((((,{....,{{||,|{{{((,,....))))})}}))}.)))),.{((((((((....(({,{.,.......}}}..((((((((((......,.............))))))))))((.((((((((((...)))))))))).))....,(({{,{{(((((.......}}|||.,},)))}})||||,||||..{.((((((....(((.((({({....}}})))..}}}).)))....)))))).,{{{{,,,,)))))(((((((((((,......((((((((({..((({.,,||||{|||...}||}{,.{({(.(((((.....)))))...)))}||,|}}}|},((((..(((.({....)).)))...)))).....||||}..........,,})}},,..,}))))))))},}))))))))))).}))))))))}}))))).,,,,.)))))).))))).....))).,}})}))))))))),))))))...))))}}.,||||.,||}}},,.,,,,....}}}},})))),,,,,,.,,||{,...,,,))).}))))).............,.((((....)))),},,.....................
Back