Basic Information

Symbol
CD6
RNA class
mRNA
Alias
CD6 Molecule CD6 Antigen Tp120 T-Cell Differentiation Antigen CD6 T12 TP120
Location (GRCh38)
11:60971675-61020377
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006725.5
Sequence length
3252.0 nt
GC content
0.6199

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1414.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1461.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1086.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001254750.2 NCBI
ACUCACAGGUUGGGUUUGAUCGCAUGCGUGUCGGAGAGGAGAGAGCAGA… 3051 nt 0.6195
NM_001254751.2 NCBI
ACUCACAGGUUGGGUUUGAUCGCAUGCGUGUCGGAGAGGAGAGAGCAGA… 3024 nt 0.6194
NM_006725.5 NCBI
ACUCACAGGUUGGGUUUGAUCGCAUGCGUGUCGGAGAGGAGAGAGCAGA… 3252 nt 0.6199
Summary

This gene encodes a protein found on the outer membrane of T-lymphocytes as well as some other immune cells. The encoded protein contains three scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) domains and a binding site for an activated leukocyte cell adhesion molecule. The gene product is important for continuation of T cell activation. This gene may be associated with susceptibility to multiple sclerosis (PMID: 19525953, 21849685). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

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