Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006725.5
Sequence Length
3252 nt
GC Content
0.6199
ACUCACAGGUUGGGUUUGAUCGCAUGCGUGUCGGAGAGGAGAGAGCAGAGAGAGACACAGGAACAAGAACAGCAAAGGGUAGAGCAGACCUGCGCCAGGGGCGCACAACGGCCGUGUCCACCUCCCGGCCCCAAGAUGGUGCUUCCCACAGGCAGCCACGCGUAGCAGCCAGAGACAGCUCCAGACAUGUGGCUCUUCUUCGGGAUCACUGGAUUGCUGACGGCAGCCCUCUCAGGUCAUCCAUCUCCAGCCCCACCUGACCAGCUCAACACCAGCAGUGCAGAGAGUGAGCUCUGGGAGCCAGGGGAGCGGCUUCCGGUCCGUCUGACAAACGGGAGCAGCAGCUGCAGCGGGACGGUGGAGGUGCGGCUCGAGGCGUCCUGGGAGCCCGCGUGCGGGGCGCUCUGGGACAGCCGCGCCGCCGAGGCCGUGUGCCGAGCACUGGGCUGCGGCGGGGCGGAGGCCGCCUCUCAGCUCGCCCCGCCGACCCCUGAGCUGCCGCCCCCGCCUGCAGCCGGGAACACCAGCGUAGCAGCUAAUGCCACUCUGGCCGGGGCGCCCGCCCUCCUGUGCAGCGGCGCCGAGUGGCGGCUCUGCGAGGUGGUGGAGCACGCGUGCCGCAGCGACGGGAGGCGGGCCCGUGUCACCUGUGCAGAGAACCGCGCGCUGCGCCUGGUGGACGGUGGCGGCGCCUGCGCCGGCCGCGUGGAGAUGCUGGAGCAUGGCGAGUGGGGAUCAGUGUGCGAUGACACUUGGGACCUGGAGGACGCCCACGUGGUGUGCAGGCAACUGGGCUGCGGCUGGGCAGUCCAGGCCCUGCCCGGCUUGCACUUCACGCCCGGCCGCGGGCCUAUCCACCGGGACCAGGUGAACUGCUCGGGGGCCGAAGCUUACCUGUGGGACUGCCCGGGGCUGCCAGGACAGCACUACUGCGGCCACAAAGAGGACGCGGGCGCGGUGUGCUCAGAGCACCAGUCCUGGCGCCUGACAGGGGGCGCUGACCGCUGCGAGGGGCAGGUGGAGGUACACUUCCGAGGGGUCUGGAACACAGUGUGUGACAGUGAGUGGUACCCAUCGGAGGCCAAGGUGCUCUGCCAGUCCUUGGGCUGUGGAACUGCGGUUGAGAGGCCCAAGGGGCUGCCCCACUCCUUGUCCGGCAGGAUGUACUACUCAUGCAAUGGGGAGGAGCUCACCCUCUCCAACUGCUCCUGGCGGUUCAACAACUCCAACCUCUGCAGCCAGUCGCUGGCAGCCAGGGUCCUCUGCUCAGCUUCCCGGAGUUUGCACAAUCUGUCCACUCCCGAAGUCCCUGCAAGUGUUCAGACAGUCACUAUAGAAUCUUCUGUGACAGUGAAAAUAGAGAACAAGGAAUCUCGGGAGCUAAUGCUCCUCAUCCCCUCCAUCGUUCUGGGAAUUCUCCUCCUUGGCUCCCUCAUCUUCAUAGCCUUCAUCCUCUUGAGAAUUAAAGGAAAAUAUGCCCUCCCCGUAAUGGUGAACCACCAGCACCUACCCACCACCAUCCCGGCAGGGAGCAAUAGCUAUCAACCGGUCCCCAUCACCAUCCCCAAAGAAGUUUUCAUGCUGCCCAUCCAGGUCCAGGCCCCGCCCCCUGAGGACUCAGACUCUGGCUCGGACUCAGACUAUGAGCACUAUGACUUCAGCGCCCAGCCUCCUGUGGCCCUGACCACCUUCUACAAUUCCCAGCGGCAUCGGGUCACAGAUGAGGAGGUCCAGCAAAGCAGGUUCCAGAUGCCACCCUUGGAGGAAGGACUUGAAGAGUUGCAUGCCUCCCACAUCCCAACUGCCAACCCUGGACACUGCAUUACAGACCCGCCAUCCCUGGGCCCUCAGUAUCACCCGAGGAGCAACAGUGAGUCGAGCACCUCUUCAGGGGAGGAUUACUGCAAUAGUCCCAAAAGCAAGCUGCCUCCAUGGAACCCCCAGGUGUUUUCUUCAGAGAGGAGUUCCUUCCUGGAGCAGCCCCCAAACUUGGAGCUGGCCGGCACCCAGCCAGCCUUUUCAGCAGGGCCCCCGGCUGAUGACAGCUCCAGCACCUCAUCCGGGGAGUGGUACCAGAACUUCCAGCCACCACCCCAGCCCCCUUCGGAGGAGCAGUUUGGCUGUCCAGGGUCCCCCAGCCCUCAGCCUGACUCCACCGACAACGAUGACUACGAUGACAUCAGCGCAGCCUAGGCCGGGGCCAGCCGAGGCUCCUGGGGUGGCUCUGACCCUCUGGCCUCCUGCUCUACCUACUCCCUUUCCCCUUUCCCACCCUCCCAGCUCACCUCCCCAUGGAGCUGAGAGGCCUCCCUUGGAGAGAUGGAAGGAAACGUUAUACCUUGUACCCCUCGGUCUCCAUCCAUCAAGCCAAACCUGCUGCCACAGCCCUCCCCCGGCCCCAGAUAGCAGCCCCAGGGAGGAUGCUGCCUCCAAGAGGUGUGAGCCCUCUGUCUCGGGGAUGAACAAGCAGAGUCUGGGCUACCUCUUGACAGCUGGUGGAGGGGAGUUGGGGAGCUGGACUGGAUGACUCUGGAGGCCCCUUCCAAACCUCAAGUGUCCGGCGCUUUGAUUGCCUGAGUUUCUGACACUUCAGGGCCCAGAGGUCCUGCGAGGGGCAGAACUGGACCCCCAUGCCAGUGCUGCUGCAGGAGGGCCCAUAUACUAGGGUCUGCUGAGCUGUUGUCACUGAUCGGUGGGCGCUGGGGGGGUAGGGUAGCACACCAGCUGUCCCAGGCUUUGCUCCGGGCGGUAACUGCACUUGGGCAGGGAAUAUAGCCUUCCUGGGCACAACUAGCUGACAAUGACAGGUUGACUGUGUACCCCCAACCAAGGAGCUGGGGCCCAAGGCCAGUCCUGCCCCAGAGACACUCCAAGUCCGCCAGGGGCACAGACCAGUUCUGCAGUGACUGUCCCUGGACAAUGGGUCUUUAUUCUGAGUUUCCUAUGGUUUACAAAGAGGGCCCCAGCCCAGCCCCACCACAGAUCCCAGAGAUAGGGGCCCAGUCUCCAUGGGGGCAAGGAGCAUAGAGAUGUUUUCCAGGAAGGGGCUCAGAAGCUGCACUAGGCCCCGAGUCCCCAUGUGUCUCCUUGAAUUGAUGAGGAUGCUCCUGGGAGGGAUGCGUGACUAUGUGGUGUUGCACCCGGGGCUGCAAACGUCUCCGUGCAGCCCCCAGAGAGAGGCCCAUGGGCUCAGACCAGGCUUUGUUGUCCUGCUCUGAGUAUCCUGAGAUUAAACUGAAUUGCUGAAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1414.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1461.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 1086.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..((((.(((((((((.(((((((...(((((((.(((((..(((..........................(((((((((((...(((((.(((((.((.....(((((.(........))))))....((.((((((((((..(((.(((((((.((.(.(((........))).)..)).)))))))..)))..))))...(((.(((((((..(..(((....((((((.................))))))...)))...)..))))))).)))((((....))))(((..(((((((.(((((((((((((((.(((.((..((((.((.((((((.(((.(((.((((((.((((.((((.(((((((((((((.((((.......))))..))))))))..((((.((((((.((((..((((...))))..)))).)))))).)))).....)))))..)))))))))))))).)))))))))))).)).))))..))))).))))....((((.((.(((.....))).)).))))))))...(((((((.((((((((.(((((((......((((((((((......))))))).)))))))))).)).)))))))))))))((((.(((((.((((((.(.......).))))))..)))))))))..((((.(((((.((((((.((((((((((..(((.(.((((.((.(((((((((((((......))))).((((((.((((((..((((((((((((((((((....((.(((((((((((((((.((((((......)))))).)))....)))))))))))).))......((((((.(((((((...((((((...))).))))))))))((((....))))((((.(((((((((((((.((((((.((.(.........).)).)))))))))))..........))))))))))))((((((((((.(((...(((((.((.(((.(((((((((...(((((((.(((((((..((((...))))..)))........)))).))))))).(((((......((.((((((((((((....(((....)))....))))))).)))))))......))))).(((.(((((............(((.((((((((.......))))))))..)))))))).))).............))))))...))).))).)).)))))))).)))))))).))....)))))).))))))))).((((..((((..((.......))..))))..))))...((((((((((....)))))...))))).....((((........))))((((((....))))))........))).)))...))).....))))))..)).))))........(((((.....((((.((((...)))))))).....((((((..(((..((((((....................))))))..)))..))).)))...))))).....)))))))))).)))).)))).....)))))))))).)))......))).))))).))))(((((((((((((.(((((..(((((..((((.....))))..).......((((.((((((....))).))).))))...............(((((.((...((((((...((((.((..((((((....((((......((((........(((((...(((((...))))).....)))))..))))....)))).....)))))).)).))))...))))))....)))))))..(((.(......).)))))))......))))))))....)))))))))).((((((......)))))).......))))))))))).)))..)))...((.(((..((((((.((((....)))).)))))).)))))........(((((((((.(((.....))).)))...(((((.((....)).)))))....))))))))))))))....((((.(((((.............)))))..)))).)))))))((((.((((((....(((((...(((((......)))))))))))).)))).))))....((((.(......).)))).)))))(((.(((.((((((((.((.((....)).)).))))))))..)))..)))...))))))))))).))).))))).)))))))..(((((((((((((.((((....)))).)))).(((......(((((((((.((.((..(((........)))..)).)).)))))..))))....)))..(((.((((...((((((((((..(((..(.....)..)))...))))))..))))....((((((((...(((((((((.((.(........).))))))....))))))))))))).)))).)))...(((((.((((((..((((..((.(.(..((((..((((((((((...(((((((((((.((.((((.(.....).)))).)).)))))))(((((((....))))))).)))).((((((((((((((((...(((((((((((.(((..((((((........)))))).))))))......((((....)))))))))))))))))).(((((((......)))).)))...((.((((((.(((((..(((....((((...(((.((((((.(..(((((((.......)))........))))..).)))))).)))....))))(((((((((((...(((.....)))))))))).....)))).)))))))).)))))).)).))))))))))......((((((((((...(((((((((((((((.(..((...((((.........((((....))))......))))..))..))))).)))))))))))...)))..))))))).(((((((....))))..))).))))))))))))))..)).)))))).)))))).)))))....((.(((((........))))).))..)))))))))))))))).(((((.(((.((......((((((((..(((....)))))))))))......)).))))))))(((((((.(((((......).)))).))))))).......))))))))).))))..)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((,,((((.(((((((((.((,(({(,{.(((((,({(,((({.(((.{{{...,.{{,....{,,{{,,..,(((,,((((((,,,{(((({{(((({(({{..{(,((({({{{......,||||.,.,(.{(((((({{((..,(({((((,((.((,(,((({.,.,..,|||.{,.}}.}}|})}},,|||..}}},,|.|||}|||||||..{||{{{{{{{{((((({,,{{,,.....,{{{{{|,||,{{{((({..,.,{||||||,|||{{,{|{{|||||((({{((,{{{{.,{|||||||||{(((.(((.((..((((.((.((((((.(((.(((.((((((.((((.((((.(((((((((((((.((((......,)))).)))))))))..((((.((((((.((((..((((...))))..)))).)))))).)))).....)))))..)))))))))))))).)))))))))))).)).))))..))))).)))}....((((,((.(((,,...}}|.}|.}}|}|{{|{(,((((((({((((((((.(((((((......((((((((((......))))))).)))))))))).)).}))))))))))))||{|,|||||,{|||||.|...,|,,}|)))))}..)))),}}|}.{({{{,|||{|}||||||,||||||{{{|}}|||,|}{|||}|,}|||||,{,{(({{,.,,,,))})},||||||||||||{.,((((((,(((({((,(((..,{(({(((((((((((((((.((((((......)))))).}))....))))))))))))}))}..{{.{{{||,.((({{{,.,,||||||,,,))},.)),))))))}))).}}})}))||||}|||,|||,|||||}||||,|}||.,.....}}}})})).)),,)))))))..........}})))))))}|{({((((((((.(((...(((((.((.(((.((((((((....}}}|}{({(((({(({,{(((...))))..}}|((((((((((((.(((({...(((((.{....(,{((((((((((((....(((....)))....))))))))))))))}....}.)))))))))}..))..))))))))))},,..{(((((((......,)))))))}{{||||,,,}))))},......,)))}}))))},,.|}}.})).)),))}))))).)))))))),)),|{{{{..(((((..({{.....}))..))))).)}))}}})}},..,))}}},.|,.{((((,,,(({....))))))}}.))}}.....((((........))))((((((....))))))....|,,.,,...}},,}))}...,,)))))),.})})),)}}.}}}}}|||||..,..{{{{.{|||...,,}})))}.....,{((((..(((..((((((....................))))))..))).,))){||....))).......}}},,}},||{||||{||,..,{,,|}}}|||||},||},.,,..|||,|}|||,},|}|(((((((({{{{.{{{{{.||{{,|,,||{,.....))})}.,..,,...((((.((((((....))).))).))))...............(((((.((.,,((((((...((((.((..((((((....((((..,...((((......,,(((((...(((({...))))).....)))))..))))....)))).....)))))).)).))))...))))))....)})))))|{(((.,.......,))})||}..,,..}})))})),..,})}}}))))|.((((((......}))))).....,,,,}}}))}}}}.})),.,,}}}}||.||||{{{|{,|.|||({{{{||||{|||||,..{{{{(({....{(((((((((.(({..,,.))),))}...,,,{{.(({{{{{|{|,{({{{{{{||{||{{{|||{{....,((({(,(((.{{{({...{{{{||||,{.||{{{{||||{{((((.(((({({,..(((((...(((((......))))))))))}),)))).)))}....((((.(......).)))),|,||{(,..((({((((((((.((.((....)).)).))))))},..,,,,,))))}.))))})),,}..,}}.,,,||.||,,,,|..,((((.((((((.,........})))))).)))){{{{{.,,||||,((((((.(({.(({........,}}..,...},)),))).))))))...|}..{{(.((((...((((((((((..(((..,.....)..)))...))))))..))))....((((((((...(((((((((,((,{........).,)))))....))))))))))))).)))).)))))))))),)}|)))).},|)).}}))}.|..||||}.,|||,|||}}...(((,(((((((.((.((((.{.....}.)))).)).))))))),|||{{{..,,))|||||{}}|,{((((.(((((.{......,))))},))|))}}}}}}{(((((........))))))))))))))))))))}||}.,,||||||,|||||||||||.(((((((......)))).))),{{(({(({(({((((((,.,||||.|{{|||},{({.{{{{{(.(..{{{(||{.......}}}........|||)..}.)))))).))),,..}},,}{{(((((((((,.,||}|.,{||{({||{,|.({{.......)})|.,}.)))))}.,},}}})))))))}},.}}))|})|{{((|..(((({(((,,,{{{|,|..,|||.|{||.........||||}}},)))),}}}}}))),.,)},},}}},}}),)))))))),.,))))}))))))..,((((((....))))}))))}))))))||||},|..,||.,,}}.))),,))),))}},.,},|,}|||||}...,},})))))})),}))))))))))))}))),(((((.(((.((.,.,..((((((((,.,((....)))))))))))..,.,.)).))))))))(((((((.(((((......).)))).)))))))....}}.))))))))).))))..)))......
Back