Basic Information

Symbol
CD74
RNA class
mRNA
Alias
CD74 Molecule DHLAG CLIP CD74 Antigen (Invariant Polypeptide Of Major Histocompatibility Complex, Class II Antigen-Associated) CD74 Molecule, Major Histocompatibility Complex, Class II Invariant Chain HLA Class II Histocompatibility Antigen Gamma Chain Class II MHC-Associated Invariant Chain Peptide HLA-DR Antigens-Associated Invariant Chain Gamma Chain Of Class II Antigens Ia-Associated Invariant Chain MHC HLA-DR Gamma Chain HLA-DR-Gamma Ia Antigen-Associated Invariant Chain CD74 Antigen Ia-GAMMA HLADG P33 II Ii
Location (GRCh38)
5:150401637-150412969
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001025159.3
Sequence length
1653.0 nt
GC content
0.5783

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-587.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -613.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 361.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001025158.3 NCBI
AUCCUGCCCCGCAAAAGGCAGCUUCACCAAAGUGGGGUAUUUCCAGCCU… 1277 nt 0.5803
NM_001025159.3 NCBI
AUCCUGCCCCGCAAAAGGCAGCUUCACCAAAGUGGGGUAUUUCCAGCCU… 1653 nt 0.5783
NM_001364083.3 NCBI
AUCCUGCCCCGCAAAAGGCAGCUUCACCAAAGUGGGGUAUUUCCAGCCU… 1398 nt 0.5773
NM_001364084.3 NCBI
AUCCUGCCCCGCAAAAGGCAGCUUCACCAAAGUGGGGUAUUUCCAGCCU… 1373 nt 0.5783
NM_004355.4 NCBI
AUCCUGCCCCGCAAAAGGCAGCUUCACCAAAGUGGGGUAUUUCCAGCCU… 1461 nt 0.5756
Summary

The protein encoded by this gene associates with class II major histocompatibility complex (MHC) and is an important chaperone that regulates antigen presentation for immune response. It also serves as cell surface receptor for the cytokine macrophage migration inhibitory factor (MIF) which, when bound to the encoded protein, initiates survival pathways and cell proliferation. This protein also interacts with amyloid precursor protein (APP) and suppresses the production of amyloid beta (Abeta). Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CD74 was upregulated in monocytes from septic animals compared to sham controls and was selected as a key gene (rank 2.2) in a final eight-gene machine learning model for sepsis identification, which achieved high diagnostic accuracy with AUROC values of 0.904 and 0.924 in independent test datasets [Li et al. DOI:10.1007/s00011-025-02068-7]. In human skin, the CD74 was identified as an MHC class II chaperone marker expressed in endothelial cell clusters within a comprehensive spatiotemporal atlas of acute and chronic wound healing [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013].