Basic Information

Symbol
CD83
RNA class
mRNA
Alias
CD83 Molecule HB15 BL11 CD83 Antigen (Activated B Lymphocytes, Immunoglobulin Superfamily) B-Cell Activation Protein Cell Surface Protein HB15 CD83 Antigen HCD83 Cell-Surface Glycoprotein CD83 Molecule
Location (GRCh38)
6:14117256-14140682
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004233.4
Sequence length
2328.0 nt
GC content
0.4609

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-716.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -763.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 569.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001040280.3 NCBI
ACAGCUCUGCAGCUCGUGGCAGCGGCGCAGCGCUCCAGCCAUGUCGCGC… 2302 nt 0.4605
NM_001251901.1 NCBI
GAUUAUCACAGAUUCUGGAGAAGAGUGAGGACUUGGGUUCACCACCUAC… 2307 nt 0.4521
NM_004233.4 NCBI
ACAGCUCUGCAGCUCGUGGCAGCGGCGCAGCGCUCCAGCCAUGUCGCGC… 2328 nt 0.4609
Summary

The protein encoded by this gene is a single-pass type I membrane protein and member of the immunoglobulin superfamily of receptors. The encoded protein may be involved in the regulation of antigen presentation. A soluble form of this protein can bind to dendritic cells and inhibit their maturation. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011] CIViC Summary for CD83 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CD83 was significantly upregulated at 14 days post-injury in microglia isolated from brains after controlled cortical impact, identifying it as part of the IFNγ pathway during a specialized inflammatory state [Izzy et al. DOI:10.3389/fncel.2019.00307].