Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_004233.4

Sequence Length

2328 nt

GC Content

0.4609

ACAGCUCUGCAGCUCGUGGCAGCGGCGCAGCGCUCCAGCCAUGUCGCGCGGCCUCCAGCUUCUGCUCCUGAGCUGCGCCUACAGCCUGGCUCCCGCGACGCCGGAGGUGAAGGUGGCUUGCUCCGAAGAUGUGGACUUGCCCUGCACCGCCCCCUGGGAUCCGCAGGUUCCCUACACGGUCUCCUGGGUCAAGUUAUUGGAGGGUGGUGAAGAGAGGAUGGAGACACCCCAGGAAGACCACCUCAGGGGACAGCACUAUCAUCAGAAGGGGCAAAAUGGUUCUUUCGACGCCCCCAAUGAAAGGCCCUAUUCCCUGAAGAUCCGAAACACUACCAGCUGCAACUCGGGGACAUACAGGUGCACUCUGCAGGACCCGGAUGGGCAGAGAAACCUAAGUGGCAAGGUGAUCUUGAGAGUGACAGGAUGCCCUGCACAGCGUAAAGAAGAGACUUUUAAGAAAUACAGAGCGGAGAUUGUCCUGCUGCUGGCUCUGGUUAUUUUCUACUUAACACUCAUCAUUUUCACUUGUAAGUUUGCACGGCUACAGAGUAUCUUCCCAGAUUUUUCUAAAGCUGGCAUGGAACGAGCUUUUCUCCCAGUUACCUCCCCAAAUAAGCAUUUAGGGCUAGUGACUCCUCACAAGACAGAACUGGUAUGAGCAGGAUUUCUGCAGGUUCUUCUUCCUGAAGCUGAGGCUCAGGGGUGUGCCUGUCUGUUACACUGGAGGAGAGAAGAAUGAGCCUACGCUGAAGAUGGCAUCCUGUGAAGUCCUUCACCUCACUGAAAACAUCUGGAAGGGGAUCCCACCCCAUUUUCUGUGGGCAGGCCUCGAAAACCAUCACAUGACCACAUAGCAUGAGGCCACUGCUGCUUCUCCAUGGCCACCUUUUCAGCGAUGUAUGCAGCUAUCUGGUCAACCUCCUGGACAUUUUUUCAGUCAUAUAAAAGCUAUGGUGAGAUGCAGCUGGAAAAGGGUCUUGGGAAAUAUGAAUGCCCCCAGCUGGCCCGUGACAGACUCCUGAGGACAGCUGUCCUCUUCUGCAUCUUGGGGACAUCUCUUUGAAUUUUCUGUGUUUUGCUGUACCAGCCCAGAUGUUUUACGUCUGGGAGAAAUUGACAGAUCAAGCUGUGAGACAGUGGGAAAUAUUUAGCAAAUAAUUUCCUGGUGUGAAGGUCCUGCUAUUACUAAGGAGUAAUCUGUGUACAAAGAAAUAACAAGUCGAUGAACUAUUCCCCAGCAGGGUCUUUUCAUCUGGGAAAGACAUCCAUAAAGAAGCAAUAAAGAAGAGUGCCACAUUUAUUUUUAUAUCUAUAUGUACUUGUCAAAGAAGGUUUGUGUUUUUCUGCUUUUGAAAUCUGUAUCUGUAGUGAGAUAGCAUUGUGAACUGACAGGCAGCCUGGACAUAGAGAGGGAGAAGAAGUCAGAGAGGGUGACAAGAUAGAGAGCUAUUUAAUGGCCGGCUGGAAAUGCUGGGCUGACGGUGCAGUCUGGGUGCUCGCCCACUUGUCCCACUAUCUGGGUGCAUGAUCUUGAGCAAGUUCCUUCUGGUGUCUGCUUUCUCCAUUGUAAACCACAAGGCUGUUGCAUGGGCUAAUGAAGAUCAUAUACGUGAAAAUUAUUUGAAAACAUAUAAAGCACUAUACAGAUUCGAAACUCCAUUGAGUCAUUAUCCUUGCUAUGAUGAUGGUGUUUUGGGGAUGAGAGGGUGCUAUCCAUUUCUCAUGUUUUCCAUUGUUUGAAACAAAGAAGGUUACCAAGAAGCCUUUCCUGUAGCCUUCUGUAGGAAUUCUUUUGGGGAAGUGAGGAAGCCAGGUCCACGGUCUGUUCUUGAAGCAGUAGCCUAACACACUCCAAGAUAUGGACACACGGGAGCCGCUGGCAGAAGGGACUUCACGAAGUGUUGCAUGGAUGUUUUAGCCAUUGUUGGCUUUCCCUUAUCAAACUUGGGCCCUUCCCUUCUUGGUUUCCAAAGGCAUUUUAUUGCUUGAGUUAUAUGUUCACUGUCCCCCUAAUAUUAGGGAGUAAAACGGAUACCAAGUUGAUUUAGUGUUUUUACCUCUGUCUUGGCUUUCAUGUUAUUAAACGUAUGCAUGUGAAGAAAGGGUGUUUUUCUGUUUUAUAUUCAACUCAUAAGACUUUGGGAUAGGAAAAAUGAGUAAUGGUUACUAGGCUUAAUACCUGGGUGAUUACAUAAUCUGUACAAUGAACCCCCAUGAUGUAAGUUUACCUAUGUAACAAACCUGCACUUAUACCCAUGAACUUAAAAUGAAAGUUAAAAAUAAAAAACAUAUACAAAUAAAAAAAUCCCGACUUUGGGAUGAGUGCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-716.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -763.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 569.80

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((.((((.(((...))).)))).))(((((((......(((.(((((((.((.(((....)))...)))))))))..)))((((((((((((.(...(((((((((.((((.(((.(((.((((((((((((((((..((((((((......((((.(((.(((...)))...)))..))))(((((...(((((((.(((((.......((.(((((.(...(((((((.......)))..))))....).))))).)).((((((((......))))))))..))))))))))))..)))))..(((((..(((((((.........(((((((((.((((....(((..((((...((((((.....((....))))))))..))))..)))...((((((....((.....((((((((((.....(((((((.((((((((((....(((....(((((((((.....))).))).)))..))))))).))))))........(((((........(((((.....(((.(((((..((((.((((....))))..))))..))))))))....)))))(((((((((.((((((...(((((((....)))).)))...))))))......((((.((((((.(((.(((......)))))).))))))))))(((((.((....)))))))((((((.(.....).))))))...))))))))).)))))..))))))).....))))))))))....))..)))))).((((((((..(((((.(((.((((....(((((.....)))))..((((((...........................))))))...(((((.....(((.((..........)).)))...))))).....))))..))).)))))....))))))))((((.......)))).)))).)))))))))....))))))))))))........((((((((((((((...((.((.(((((((((((....)))))).(((((....((((((....((.((((........((((((..(((((((((((((((((...)))))))))......(.((((......)))).).(((.((((((((((((...)))).)))))))).)))...(.((((..........)))).)...))).)))))..)))))).....)))).)).....)))))))))))((((((((.....))))))))...((((.(((....(((((((.(((((...))))).))))))).))).))))..(((((((.......((((..(((((((.(((((....(((....((((.((.((...((...))...)).))..))))...))).....))))).)))))))..)))).....)))))))..)).))))).))....)))))))))).......))))...))))))))..((((((..(((((.((((((((...((((((((((((((((((.(((((...((((.((((...(((..........))).)))).))))...)))).........).))))))))...........((((.((....)).)))).)))))...))))).((((((.(((((..(((((..........)))))))))).)))))))))))))).))))).))))))((((((((.(((((((.............((((((((((...(((....)))..)))))))))).............)))))))))))))))..))))))))).))))....))).)))))).))))..))).)))).......))...).)))))))))..)))((((((((.....(.((((.(((.((((.......(((((....))))).....))))))))))).).....)))))))).(((....(((((((((..((((((((.((....((((.(((....(((((....))))))))..))))...)))))).))))..)))))))))))).....(((..(((((((((............))))).))))..)))((((((((.((((((((.((((.....((((....(((((((((.....((.......(((((((((((((...(.((((.(.((.(((..........))))).))))).)...))))....)))).))))).......))))))).))))....))))...)))).))..))))))))))))))..............((((((....))))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((.((((.(((,..||},}}}}.}}{((((({,{,,,.||,.((((((|,{{.{((....)))...)))))))))..,||(({,((((((((.(...(((((((((.((((.(({{(((.(((((((((((((((({.(((((((({{{,,.((((.(((.{{(...))}...}))..})}}(((((...(((((((.(((((.......({.(((((.{...(((({{(.......}}),.))))....}.))))).)).((((((((......))))))))..))))))))))))..)))))..(((((..(((((((.........(((((((((.((((,{..({{.,((((...{(((({.,..|{|.,.,||}}||}}..}}}}..|||...((((((....{{,,.{.((((((((((.,...(((((((,(({((((({{....(((....((((((((,,....}))}))).)))..)))}},,.,))))).,,,....(((((..,,,,,.(((((.....(((.(((((..((((.((((....))))..))))..))))))))....))))){((((((((.{(((((..,(({((((....)))).)))...)))))|,{||.,..((((({{(.(((((,.((((,...,)))).{|....,}|{((((,{((....)))))))},,))))).)))))))..,,}))}))))))))).}))))..))))))).....)))))))))).,..))..)))))),|||{{{{{..||||{.,(({(,.,{,..(((((.....)))))..||||||,....,,.,,...{{{{{,.{{{{{.,||||||{..({{({.....{{{.({..........)).)))...))})),,,.)))))..}}},|||||....,})))))}{{{{.......)))).}))).)))))))))....)))))))))))}........(({{((((((((((..{{{.{(.{{{..((((((....)))))).(((..{(((((...((.(((((((((.((((((.(.((((..(((.(((((((((((((...)))))))))......,.((((,{{..{||||.,.|||||(((((({{{{,...|}}}..||||||((((.((((((((((((.,,,,,..{{||||,|{{,,,.,,...,......,,.|},,,.,,..},}))}..)))))))))))).))}).,)))}}{{{{..((((.(((....(((((((.(((((...))))).))))))).))).))))..,,|}}}......,}}}}}),|}))})},||,,,....,|||{{(((,,.,..}}}},{{.,{{{...,,.)))))),,.)))))))..)))).).))))))..)))))))))))..))))))}}})))}}..},...)))))))))).......)))).,.))))))))..((((((..(((((.((((((((...(((((((((((((((((((((((.,..((....))....)))))..,(((,,((((.((....))...))))))))}......))))))))....,,.....,{{{.{{....)}.})},.)))))...))))).((((((.(((((..(((((..........)))))))))).)))))))))))))).))))).))))))((((((((.{((((((..,,......,..((((((((((.{.(({....))).})))))))))).............))))))}))))))))).)))))))))},)))....))).)))))).))))..))).)))).......))...).))))))))),,)))((((((((.....(.((((.{((.,,((..,....(((((....)))))..,,,,,}}))})))).).....))))))))|{{|..|||{((((({{..{{|{((((.({.,,.((((.,{(..,.(((((....))))),}}..}}}),},))))))}.}}}..}))))}}}||{(,{{.((((.((.,.((((({....,}}}},,).,.)).)))).)))||{(((((,{{(((({,.{({,.....{{{{....{||||||||.....{({({....((({{(((({(({.,,{.(((({{,(((((,....,,,...,},,,..}}}}.,,}})))}.,,,)))).)))}}...,}}.,}))))).))))...,}})}...}}}},}}}.,,},,,}))))))}..............((((({....})))))))))))).