Basic Information

Symbol
CDC42EP3
RNA class
mRNA
Alias
CDC42 Effector Protein 3 BORG2 CEP3 Binder Of Rho GTPases 2 UB1 CDC42 Effector Protein (Rho GTPase Binding) 3 MSE55-Related Cdc42-Binding Protein CRIB-Containing BORG2 Protein Cdc42 Effector Protein 3 MSE55-Related Protein
Location (GRCh38)
2:37641882-37738468
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006449.5
Sequence length
5096.0 nt
GC content
0.4213

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1388.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1482.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1605.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270436.2 NCBI
ACUUGCGCCUCGUCGCGCGUCUGGGGCAGCCGCCACCGGCUUGCCCCAG… 4982 nt 0.4107
NM_001270437.2 NCBI
AGAACGCGACCCUCCCCCUCCGCGCCCACCGGAGCCCGGGCUGAGAGGG… 5038 nt 0.4170
NM_001270438.2 NCBI
AGAACGCGACCCUCCCCCUCCGCGCCCACCGGAGCCCGGGCUGAGAGGG… 5014 nt 0.4158
NM_001371569.1 NCBI
ACUUCACCUUAAAGUCAGCCUGGGUUUACAACAUCGGCUUAAGGCGCAC… 5000 nt 0.4092
NM_001371570.1 NCBI
AGUCGCGCGCACCUUCUCUCGCGGCCGGGGGACCGCAGCGCGGGGCUAG… 4987 nt 0.4139
NM_006449.5 NCBI
AGUCGCGCGCACCUUCUCUCGCGGCCGGGGGACCGCAGCGCGGGGCUAG… 5096 nt 0.4213
Summary

This gene encodes a member of a small family of guanosine triphosphate (GTP) metabolizing proteins that contain a CRIB (Cdc42, Rac interactive binding) domain. Members of this family of proteins act as effectors of CDC42 function. The encoded protein is involved in actin cytoskeleton re-organization during cell shape changes, including pseudopodia formation. A pseudogene of this gene is found on chromosome 19. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CDC42EP3 gene was downregulated in common in spleen leukocytes across three distinct models of systemic inflammation and injury—trauma/hemorrhage, burn injury, and lipopolysaccharide infusion—when analyzed via microarray at a 2-hour post-injury time point [Brownstein et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00213.2005].