Basic Information

Symbol
CDC42EP3
RNA class
mRNA
Alias
CDC42 Effector Protein 3 BORG2 CEP3 Binder Of Rho GTPases 2 UB1 CDC42 Effector Protein (Rho GTPase Binding) 3 MSE55-Related Cdc42-Binding Protein CRIB-Containing BORG2 Protein Cdc42 Effector Protein 3 MSE55-Related Protein
Location (GRCh38)
Forensic tag(s)
Other applications

MANE select

Transcript ID
NM_006449.5
Sequence length
5096.0 nt
GC content
0.4213

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1388.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1482.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1605.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
ACUUGCGCCUCGUCGCGCGUCUGGGGCAGCCGCCACCGGCUUGCCCCAG… 4982 nt 0.4107
AGAACGCGACCCUCCCCCUCCGCGCCCACCGGAGCCCGGGCUGAGAGGG… 5038 nt 0.4170
AGAACGCGACCCUCCCCCUCCGCGCCCACCGGAGCCCGGGCUGAGAGGG… 5014 nt 0.4158
ACUUCACCUUAAAGUCAGCCUGGGUUUACAACAUCGGCUUAAGGCGCAC… 5000 nt 0.4092
AGUCGCGCGCACCUUCUCUCGCGGCCGGGGGACCGCAGCGCGGGGCUAG… 4987 nt 0.4139
AGUCGCGCGCACCUUCUCUCGCGGCCGGGGGACCGCAGCGCGGGGCUAG… 5096 nt 0.4213
Summary

This gene encodes a member of a small family of guanosine triphosphate (GTP) metabolizing proteins that contain a CRIB (Cdc42, Rac interactive binding) domain. Members of this family of proteins act as effectors of CDC42 function. The encoded protein is involved in actin cytoskeleton re-organization during cell shape changes, including pseudopodia formation. A pseudogene of this gene is found on chromosome 19. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CDC42EP3 gene was downregulated in common in spleen leukocytes across three distinct models of systemic inflammation and injury—trauma/hemorrhage, burn injury, and lipopolysaccharide infusion—when analyzed via microarray at a 2-hour post-injury time point [Brownstein et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00213.2005].